一、纯血马mtDNAD-Loop高变区序列分析(英文)(论文文献综述)
何美升[1](2016)在《伊犁马DMRT3、MSTN、ACTN3基因多态性与运动性能的相关性分析》文中指出本试验以伊犁马为研究对象,选取DMRT3、MSTN以及ACTN3基因作为运动马运动性能候选基因,利用PCR-SSCP、PCR-RFLP和DNA测序技术检测基因的多态性,筛选影响伊犁马运动性能的分子标记,研究DMRT3、MSTN、ACTN3基因与马匹运动性能的关系,为进一步从分子水平探索伊犁马品种的运动性能遗传机制提供前期研究基础和技术支持,试验研究结果如下:1、伊犁马DMRT3基因遗传多态性及其与步法性状的相关性分析对不同类型伊犁马DMRT3基因第1外显子遗传多态性检测,其中伊犁马DMRT3基因多态性研究属首次。研究发现该基因存在多态性,测序结果显示,DMRT3基因的SNP位置g.22999655C>A,该突变为无义突变,该突变导致了其编码的氨基酸提前终止而缩短了蛋白序列,产生了3种基因型:CC、CA和AA,C为优势等位基因。经关联分析,对侧步型个体速度快于快步型(P<0.05);该突变与伊犁马步法类型不关联;但对对伊犁马速步赛速度有显着影响(P<0.05)。伊犁马DMRT3基因突变与速度之间存在关联性,且可能是伊犁马步法性状的重要位点。2、伊犁马MSTN基因多态性及其与中长比赛距离的相关性分析对4组参赛伊犁马MSTN基因第1内含子遗传多态性检测,研究发现MSTN基因存在多态性,测序结果显示,MSTN基因的SNP位置g.66493737C>T,产生了3种基因型:CC、CT和TT,在2km和15km组中,C为优势等位基因;在3km和5km组中,T为优势等位基因。经关联分析,在5km组中,该突变对速度有显着影响(P<0.05)。伊犁马MSTN基因突变与速度之间存在关联性,且可能是伊犁马中长比赛距离重要位点。3、伊犁马ACTN3基因遗传多态性研究对不同类型伊犁马ACTN3基因遗传多态性检测,研究发现该基因的第10、11以及16外显子不存在多态性。
张敬敬[2](2012)在《采用线粒体Cytb基因研究九个马品种的系统发育》文中进行了进一步梳理对9个品种(伊犁马、吉林马、张北马、伊吾马、渤海马、哈萨克马、焉耆马、百色马、柯尔克孜马)31个个体的线粒体Cytb (Cytochrome b)基因全序列进行测定分析家马的遗传多样性与母系起源。利用PCR-RFLP方法检测9个品种共369个个体Cytb基因的多态性,主要研究结果如下。(1)中国9个家马品种31个个体的Cytb基因序列长度均为1140bp。A、T、C、G四种碱基的平均含量分别为28.14%(28.0%-28.2%)、26.44%(26.3%-26.5%)、32.22%(32.1%-32.3%)、13.2%(13.1%-13.3%),A+T的含量(54.58%)高于G+C含量(45.42%)。(2)在测得的31条Cytb基因全序列中检测到33个多态信息位点,其中包括20个简约信息位点(Parsimony informative polymorphic sites)和13个单突变位点(Singleton sites),31个个体检测到21个单倍型。将本试验所测的Cytb基因与GenBank公布的Cytb基因序列(243条)比对,共检测到84个多态信息位点,其中包括40个简约信息位点和44个单突变位点,274个个体检测到85个单倍型。(3)分析了四个地理单元(亚洲、欧洲、北美、中东)马Cytb基因的单倍型多样度(Hd,0.894-0.927)和核苷酸多样度(Pi,0.00322-0.00461)。其中北美(NA)地理单元内的H和Pi最低,欧洲地理单元内的H和Pi值最高。274条序列的85个单倍型间的网络关系图显示这些单倍型聚成了7个单倍型群(A-G),其中中国家马在7个单倍群中都有分布,表明中国家马有多个母系起源。(4)检测9个家马品种369个个体Cytb基因A630G和C684T两个SNP位点的基因型发现,A630G位点存在AA、AG、GG三种基因型,其基因型频率分别为0.897、0.098和0.005;C684T位点检测到CC、CT和TT三种基因型,其基因型频率分别为0.986、0.011和0.003。在群体中,这6种基因型归结为5种单倍型,以单倍型Ⅰ为优势单倍型。在9个马品种中,只有伊吾马检测到了最多的单倍型(4种),表明在伊吾马中的酶切多态性更丰富一些,这可能与伊吾马的育种过程中有多个马品种参与有关。
凌英会[3](2010)在《中国主要地方马群体遗传多样性及系统进化研究》文中指出中国拥有丰富的马种资源,长期以来与我国农业生产息息相关,但对中国马种遗传多样性和起源进化的研究还不够系统和深入。本文采用基因组微卫星标记、线粒体D-loop高变区序列和Y染色体DNA三类DNA分子标记分别从全基因组、母系及父系三个方面对中国地方马群体的遗传多样性和起源驯化进行系统的分析,从而为马种遗传资源的保护和开发利用提供科学依据。1.应用世界粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的27对微卫星引物,对26个中国地方马群体和2个引进品种,共1273份样品进行了遗传多态性检测。通过统计各种遗传多样性参数、分析群体遗传分化程度和系统聚类,研究了中国地方马群体遗传多样性和群体间遗传关系。结果显示:中国地方马群体具有较高的等位基因数、多态信息含量和遗传杂合度等遗传参数,表明中国地方马群体具有丰富的遗传多样性。其中,平均观察杂合度(Ho)为0.743,各群体的平均PIC都在0.69以上。中国地方马群体遗传多样性参数明显高于纯血马。中国地方马群体遗传多样性存在着一定的群体间差异。部分马群体具有较多的特有等位基因(NPA)。但总体遗传分化程度较低,群体间的遗传变异仅占2.4%。系统发育树将中国地方马种分成五个主要类群。这五大类群基本上与中国马种的五大地理区域分布相一致,包括长江流域及以南类群;青藏高原类群;西北类群;东北类群和内蒙古类群。主成分分析和Structure分析进一步支持了系统聚类结果。2.通过测序所获得659条家马和28条普氏野马mtDNA D-loop区序列。统计显示,共发现82个变异位点,定义出178个家马单倍型。在普氏野马序列中仅发现了2种单倍型。中国地方马群体的单倍型多样度和核苷酸多样度都表明中国家马群体mtDNA具有较丰富的遗传多样性。178个家马单倍型定义了9个支系(A-I),新定义H和I两个支系。中国地方马群体的单倍型在A、D和F三大支系中占有明显的优势。NETWORK网络关系分析支持中国家马群体存在9个主要进化分枝(A-I)。中国家马9个支系分布存在着地理偏倚性。F支系个体在长江以北地区含量比较高,在长江以南地区比较低。G支系在长江以南的大部分地方马群体中所占比例比其它地区地方马群体的比例明显要高。中国家马具有丰富的遗传多样性和广泛的支系分布表明,中国很有可能是家马驯化中心之一,并支持中国家马具有多个母系起源。联合GenBank中家马序列(增加334条序列,共1021条序列)分析发现,来自欧洲、中东、亚洲各个区域家马群体mtDNA,支系分布存在比较明显的差异性。远东地区马mtDNA类型与F支系具有显着的相关性,新定义的I支系马在亚洲地区分布具有明显的优势,这两个支系很有可能与中国马种最早的驯化事件相关。3.六个Y-DNA微卫星标记,在家马、普氏野马及家驴雄性样本中得到很好的扩增,形成明显的微卫星峰图,并在家马、普氏野马及家驴之间显示出等位基因差异。总体上,家马的Y-DNA遗传变异非常有限。本研究在家马的Y染色体非重组区首次发现的遗传变异信息——在Eca.YA16位点上,发现了一种新的单倍型(单倍型B),通过两种测序方法获得变异序列并证实其可靠性。统计发现单倍型B个体主要分布在中国的西南及长江流域以南区域。
姚全福[4](2010)在《六个品种马CKM基因遗传多样性研究》文中提出中国蒙古马是世界上最古老的马品种之一,经历了遗传变异和自然选择的长期进化过程,在内蒙古自治区逐渐分化形成了地方品种如锡尼河马、巴尔虎马、乌审马、乌珠穆沁马和培育品种三河马等优良类群。蒙古马具有抗严寒、耐粗饲、抗病力、持久力和适应性强等特性,是人类宝贵的遗传资源。但国内外关于中国蒙古马遗传多样性、起源进化、亲缘关系等方面的系统研究还很少。本研究以上述6个品种马共109个样品为研究对象,利用PCR技术,首次克隆测序了6个品种马的肌酸激酶(CKM)基因第二内含子612bp的DNA片断序列,检测、分析了CKM基因的多态性,得出以下结论:(1)109匹马的CKM基因第二内含子所检测序列均为612bp,共检测到23个多态位点,18个单倍型。所获得的CKM基因单倍型序列已提交到GenBank,登录号分别是:HM151343-HM151360。(2)CKM基因第二内含子核苷酸变异类型均为插入/缺失、转换和颠换。转换频率明显高于颠换,呈现较强的转换偏倚。(3)根据CKM基因序列构建的系统发育关系树表明,中国家马具有多个起源,经过多次驯化。推测纯血马和蒙古马起源关系比较远。(4)109匹马的612 nt序列的17号位点处均有1个In/Del (插入删除位点),共产生2种单倍型,其单倍型多样性为0.071,每个位点的In/Del多样性为0.00012,其中性检验的Tajima’s D值为-0.70376,差异不显着(P > 0.10)。(5)109匹马的612 nt序列,不计插入删除In/Del位点,共发生23个碱基替换,其序列保守性(Sequence Conservation)为0.962,保守区域为175-27(7P=0.0132)和338-497(P=0.0008)之间的序列。(6)分子变异分析表明,蒙古马各类群与纯血马之间的差异显着,而蒙古马各类群间的差异不显着。本研究首次对几个品种马CKM基因序列及其多态性进行了初步研究,研究结果对今后合理利用、开发和保护我国马品种的遗传资源以及赛马的选材与选拔提供了理论依据。
秦芳[5](2009)在《中国家马mtDNA Cyt b基因遗传多样性与母系起源研究》文中进行了进一步梳理本文利用PCR和生物信息学技术对我国13个家马品种(宁强马、哈萨克马、贵州马、关中马、蒙古马、焉耆马、河曲马、柴达木马、巴里坤马、玉树马、利川马、大通马和岔口驿马)共计323个个体的线粒体DNA (mtDNA) Cyt b基因1140 bp全序列的遗传多样性与母系起源进行分析,获得的主要研究结果如下:(1)获得了中国13个家马品种323个个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1140bp全序列和核苷酸的组成比例。在所分析的13个家马品种323条Cyt b基因序列中,T、C、A、G 4种核苷酸的平均比例分别为26.5%、32.2%、28.1%、13.2%。A+T含量为54.6%,G+C含量为45.4%,A+T含量明显高于G+C含量,符合哺乳动物线粒体DNA碱基组成的基本比例。(2)获得了13个家马品种323个个体Cyt b基因全序列的单倍型和多态位点。13个家马品种323条Cyt b基因序列中,检测到73种单倍型,74个核苷酸多态位点,没有发现碱基的插入与缺失,其中包括35个简约信息位点,39个单一多态信息位点,约占所测核苷酸长度的6.49%,其中有69个转换,3个颠换,2个转换与颠换共存。(3)中国家马具有丰富的mtDNA Cyt b基因遗传多样性。13个家马品种单倍型多样度和核苷酸多样度在各品种中的分布分别为0.7060.975和0.002790.00488,均以宁强马最小,蒙古马最大,平均单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.917和0.00409,表明中国家马具有丰富的遗传多样性。(4)中国家马mtDNA Cyt b基因密码子使用不均衡。由于密码子兼并现象,导致家马mtDNA Cyt b基因氨基酸替代的数量不多,20个氨基酸突变只有2个是由于密码子第三位碱基替换引起的;密码子使用非常不均衡,同义密码子的使用表现出强烈的偏倚性。(5)中国家马具有7个mtDNA Cyt b基因支系。mtDNA Cyt b序列的NJ系统发育树表明,中国家马分为Ⅰ-Ⅶ7个支系,表明为多母系起源。Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ为主要分布支系,这4个支系的单倍型占总单倍型的78%以上;贵州马和哈萨克马在7个支系中都有分布。
王兆龙[6](2009)在《实验动物贵州白香猪母系及父系遗传检测》文中认为为了研究实验用动物贵州白香猪的遗传结构和遗传背景,本研究采用PCR测序技术对贵州白香猪Ⅰ系和Ⅱ系30个个体线粒体DNA D-loop区全序列和10个雄性个体Y染色体上的SRY基因编码区序列进行了序列测定,并结合GenBank上已发表的同源序列,进行了群体遗传结构及分子系统发育分析,得到如下结果:1.贵州白香猪线粒体D-loop区全长为1118、1128和1138bp三种不同长度。A、T、G、C碱基的平均含量分别为31.6%、24.7%、17.1%和26.6%,A+T含量(56.3%)明显高于G+C含量(43.7%)。D-loop区核苷酸多样性(Pi)为0.00119,平均核苷酸差异数(k)为1.333。2.贵州白香猪两品系的30个个体共检测到3种线粒体单倍型,GZWXI8、GZWXI12和GZWXII230。Ⅰ系15个被检测个体占有全部这三种单倍型,Ⅱ系15个被检测个体只占有其中的一种单倍型GZWXII230。在30个个体中,有4个个体共享单倍型GZWXI12,10个个体共享单倍型GZWXI8,16个个体共享单倍型GZWXII230,其中包含1个Ⅰ系个体。3.贵州白香猪Ⅱ系15个被检测个体当中只存在1种线粒体单倍型GZWXII230。Ⅰ系116号个体共享单倍型GZWXII230,这与Ⅱ系猪是从Ⅰ系猪当中选育出来的培育事实相符。Ⅰ系猪中检测到较多单倍型,需进一步选育提纯。4.Ⅰ系、Ⅱ系猪线粒体D-loop序列与GenBank上收录的49个猪品种同源序列比对,检测到42个多态位点,界定了57种单倍型。贵州白香猪的两个品系与中国其它地方猪品种没有共享单倍型,说明贵州白香猪在母系遗传上具有独特的遗传结构。5.通过进一步系统发生育分析,从构建的NJ系统树和UPGMA系统树来看,57种单倍型可分为A、B两大类型:以中国猪种单倍型为主的A类和以欧洲猪种单倍型为主的B类。贵州白香猪处于A类,并单独聚为一小类。6.本研究还检测了国内外14个家猪品种(类群)及中国野猪,共计75个雄性个体的Y染色体SRY基因,结果表明该基因编码区序列长为711bp,检测到6个多态位点,界定了6种单倍型。贵州白香猪Ⅰ系和Ⅱ系的10个样本在SRY基因编码区未观察到核苷酸序列变异。与国内其它地方猪品种、5头中国野猪的SRY基因同源序列进行比对,除个别个体有差异外,绝大多数个体共享1种单倍型GZWXI,表明中国家猪具有共同的父系起源。7.约克夏(Yorkshire)、杜洛克(Duroc)、长白(Landrace)和汉普夏(Hampshire)4个欧洲猪种绝大多数个体共享1种单倍型Yorkshire。单倍型GZWXI与单倍型Yorkshire在136bp和638bp处有2个主要变异位点,分别为G/C颠换和C/G颠换。8.根据检测到的SRY基因单倍型,利用MEGA软件构建分子系统树,结果显示中国猪种(包括5头野猪)与欧洲猪种可聚为A、B两大支。
赛娜[7](2008)在《中国西南马mtDNA序列进化与群体遗传结构分析》文中认为本研究从中国贵州黔西南州册亨县、广西百色德保地区、云南丘北县、大理、文山州和陕西宁强地区等省、市地区采集了贵州马(GZ,30匹)、德保马(DB,34匹)、丘北马(YN,30匹)、文山马(WS,18匹)、大理马(DL,10匹)、宁强马(NQ,20匹)、建昌马(LC,2匹)七个西南马品种,并在山东济南动物园采集到了外来纯种设特兰矮马(ST,3匹)作为对照。共计147个马品种的样品,基于PCR-SSCP和DNA测序技术,利用自行设计的3对引物(MT2、MT3、MT5)和参照Stephen Paul Harrison等(2006)[50]的两对引物(MT1、MT4)对以上马品种线粒体DNA编码区进行多态性分析,从而进一步探讨了群体内和群体间的mtDNA的遗传变异,目的是为了西南马遗传资源的合理利用及保护提供科学的依据。研究结果如下:1.五对引物中,只有三对引物扩增片段出现多态性。MT2、MT4多态位点上存在两种单倍型(即A和B),而且B单倍型出现频率均高于A单倍型;在MT3位点上,共检测到四种单倍型,其中A单倍型占优势。2.所测序的线粒体ND4和ND4L基因的部分核苷酸序列平均GC含量在74.3%~47.1%之间,核苷酸组成偏倚不严重,但密码子使用存在偏倚。3.西南马品种内核苷酸多样性(Pi)较高(0.00467~0.00737),其中大理马的核苷酸多样性(Pi)最低,为0.00467,贵州马、德保马、文山马和宁强马均为0.00649,丘北马最高,为0.00737。各品种间的遗传距离小(0.003~0.007),遗传相似度高(0.998~0.999)。4.各品种间的核苷酸分化系数(Nst)在-0.35665至0.01694之间,丘北马与其它马种的核苷酸分化系数均较大。5.丘北马独立性最高,可作为独立的管理单元;大理马核苷酸歧异度最低,分化最小,保持着品种的特有的遗传特质,应该得到良好的保护。
孙伟丽[8](2007)在《中国四个地方驴品种mtDNA D-环部分序列分析与系统进化研究》文中研究指明通过对分布区域具有典型代表的中国4个驴品种德州驴、关中驴、凉州驴和新疆驴95个个体mtDNA D-环的研究,旨在分子水平上探讨中国家驴的起源和遗传多样性,为家驴品种遗传资源的保护和利用提供科学理论依据。本研究采用clustalX软件进行同源序列比对;Dnasp4.10软件用于遗传多样性分析、计算单倍型多样度、核苷酸多样度,平均核苷酸差异;MEGA3.1软件用于采用邻接法和平均数不加权的组对法构建系统发育树,并进行系统发育关系分析;NETWORK软件用于网络关系分析,对中国4个家驴品种95个个体的mtDNA D-环部分序列进行测序,以欧洲家驴线粒体基因组为对照进行分析,结果表明:中国家驴4个品种95个个体385bp序列共检测到核苷酸多态位点32个,其中30个位点为转换,1个位点为颠换,1个位点有插入现象。95个序列由30个单倍型组成,单倍型比例为31.6%。德州驴单倍型比例最高为88.9%,新疆驴单倍型比例最低为36.3%。30个单倍型构建系统发育树和网络关系均表明,30个单倍型聚为两支。引用Genbank已登录的13条序列,包括亚洲野驴6个,非洲野驴索马里分支3个,克罗地亚驴3个,欧洲家驴1个,30个单倍型结合13条引用的序列信息,分别构建系统发育树和网络亲缘关系图,结果表明:中国4个家驴品种同样分为两大分支,说明中国家驴可能有两个母系起源同时揭示了更详细的遗传信息,中国4个家驴品种与非洲野驴亲缘关系更近一些。本研究涉及的中国家驴品种与非洲野驴的进化亲缘关系较亚洲野驴近,支持中国家驴起源于非洲野驴的观点,没有发现亚洲野驴对中国家驴品种起源有贡献的证据,并且通过引用欧洲家驴序列信息从分子水平推断中国家驴可能起源于非洲野驴中的索马里野驴分支。另外,德州驴保种效果好,新疆驴需要加强保护。
王建光[9](2007)在《马业科学网络数据库的建立及其初步应用》文中研究表明现代生物学的发展促进了生物信息学的产生。生物信息学是将信息学的理论技术应用于生物数据的管理和分析,是数学、物理学、计算机科学、化学、生命科学等多学科的交叉学科。生物信息学研究的范围十分广泛,其中数据库的构建就是一个重要方面。本课题通过自编程序建立了以中国马品种资源为主的马业科学网络数据库。并在建立数据库的基础上,初步实现了数据库应用,包括基于Web的文献数据库的网络化查询等。它将为建立马品种资源的科学研究平台打下基础。本研究的主要内容及结果如下:1.建立了专门化的马业科学数据库。序列数据库中以核酸数据库和蛋白质数据库为主,非序列数据库以文献数据库和图片数据库为主。其中,马的核酸数据库中的记录量超过了40万。2.建立了中国马与其它物种资源数据库。包括马、猪、牛、羊、家禽在内的500多个中国物种品种被收入了数据库,涉及这些品种的外貌、类型、典型特征等多个性状,为从事中国物种品种遗传资源的利用与保护提供了参考。3.建立了马生物信息学研究平台。可以对基因和蛋白质进行相关生物信息学研究,对于进行科研和教学具有一定价值。4.建立了马业科学实验室网站。可以通过互联网进行数据库的检索,提高了数据库的应用效率。网站的建设还可以为数据库的更新带来方便,也为本研究领域内的交流与合作起到桥梁作用。
包文斌[10](2007)在《中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析》文中研究指明本试验使用多重PCR结合全自动电泳技术,利用29对国际通用的微卫星引物对仙居鸡、茶花鸡、鹿苑鸡、白耳鸡、藏鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡等14个中国家鸡品种以及红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种和Gallus gallus gallus亚种的570个个体进行扫描,讨论样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响以及近缘物种间微卫星引物的适用性,同时对中国家鸡和红色原鸡的256个个体mtDNA D-loop序列进行系统分析,利用微卫星DNA和mtDNA共同评估群体的遗传结构和遗传关系,分析群体间和群体内的遗传变异,探讨中国家鸡和红色原鸡的亲缘关系。主要研究结果如下:1.利用29对微卫星标记对16个群体内和群体间的遗传多样性进行分析,共检测到286个等位基因,平均值为9.86±6.36,所有群体的期望杂合度为0.6708±0.0251,PIC值为0.52,29个微卫星位点均具有较高的多态性。单个位点偏离Hardy-Weinberg平衡的群体数从0到7不等。群体间平均遗传分化为16.7%(P <0.001),所有的位点都极显着地贡献于这一结果(P <0.001);杂合子缺失的水平很高,为0.015(P <0.01);中国家鸡和红色原鸡16个群体间存在着极显着的遗传分化。群体间的Reynolds’遗传距离从0.036(萧山鸡-鹿苑鸡)到0.371(泰国红色原鸡-河南斗鸡)不等,而Nm值变异范围从0.583(泰国红色原鸡-河南斗鸡)到5.833(萧山鸡-鹿苑鸡)。2.利用29对微卫星标记对16个群体的亲缘关系进行分析,NJ系统发生树及Structure程序运行结果显示, 16个群体可以分成轻体型的鸡种(包括8个群体:泰国红色原鸡、中国红色原鸡、茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡、白耳鸡和泰和乌骨鸡)和重体型的鸡种(包括8个群体:皖南三黄鸡、淮南麻黄鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡)两大类。藏鸡、皖南三黄鸡和淮南麻黄鸡遗传基础非常复杂,鹿苑鸡和萧山鸡彼此之间遗传基础十分类似。茶花鸡和藏鸡与中国红色原鸡存在着较近的亲缘关系,与泰国红色原鸡亲缘关系相对较远。中国家鸡和红色原鸡两个亚种的亲缘关系从近到远的排序是:进化型品种-原始型品种(茶花鸡与藏鸡)-中国红色原鸡(Gallus gallus spadiceus亚种)-泰国红色原鸡(Gallus gallus gallus亚种)。3.利用微卫星DNA和mtDNA遗传标记分析15个中国鸡种遗传距离与地理距离的关联性,对于特定的群体而言,微卫星DNA和mtDNA遗传距离与地理距离表现出相当程度的关联性,但15个鸡种间遗传距离和地理距离回归公式:FST/(1-FST) =–1.0283–0.0407ln(d)以及Mantel’s检验的结果(P=0.596)并不能为遗传距离与地理距离之间的显着联系提供足够的证据。线粒体D-loop序列的差异与群体间的地理分布也没有相关。中国地方鸡种的形成过程中,各自的地理分布可能并不是影响其群体遗传结构的决定因素。4.以实际测定的29个微卫星座位的基因频率为基础,分析样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响。结果表明:当样本量超过20后,期望杂合度值趋于稳定,样本量以20-25较为适宜,样本量与期望杂合度无显着相关,而与平均等位基因数呈正相关;微卫星位点多态性的高低直接影响到检测所需的样本量,在使用平均等位基因数分析群体遗传多样性时,应该充分考虑样本量对检测结果的影响;期望杂合度受样本量变动的影响较小,可作为度量群体遗传多样性的一个最适参数;在微卫星分析中性别对群体遗传多样性指标不表现出显着影响;随着微卫星数目的增多,遗传距离估测精确度精度也随着升高。5.对近缘物种间微卫星引物的适用性进行尝试,利用29对鸡微卫星标记对孔雀基因组DNA进行种间扩增,发现14对引物能扩增出特异性条带,每对引物扩增的平均等位基因数为1.71,有7对引物具有较丰富的多态性,其中MCW0080和MCW0098最为理想。蓝孔雀和绿孔雀群体间和群体内的遗传分析结果表明,绿孔雀和蓝孔雀两个群体的期望杂合度分别为0.7422和0.6943,群体间的遗传分化系数为0.078,Reynolds’遗传距离和基因流分别为0.0603和3.896,结果显示这两个孔雀群体的杂合度和遗传多样性水平都很低,且有相互混杂的趋势。6.对中国家鸡和红色原鸡的256个个体mtDNA D-loop序列进行系统分析,测定16个群体线粒体D-loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为25.00%、37.40%、4.40%和33.20%。A+T含量58.20%,G+C含量41.80%, A+T含量高于G+C含量;共发现44个变异位点,约占分析位点总数的7.86%,没有观测到插入/缺失,颠换和转换之比为0.13;共具有32种单倍型,9种为共享单倍型,其它23个单倍型均为各群体所特有;16个群体内单倍型多样度差异很大,从0到0.964,单倍型变异度总体为0.909±0.014,固始鸡的核苷酸多样度最低,淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡的核苷酸多样度较高,红色原鸡两个亚种和14个中国地方鸡种整体的平均核苷酸差异数为7.276,核苷酸多样度为1.851%。16个群体表现出较高水平的遗传多态性。群体间核苷酸分歧度(Dxy)在0.747%~3.125%之间变化,核苷酸净遗传距离(Da)为-0.015%~2.633%,核苷酸分歧度(Dxy)和核苷酸净遗传距离差异均较大。红色原鸡2个亚种和14个中国地方鸡种间kimura双参数距离变异范围为0.007~0.031。mtDNA D-loop环序列群体间(Va)的方差组分占总变异的23.83%,Fst=0.38155,差异显着(P<0.05)。红色原鸡两个亚种和14个中国地方鸡种间表现出显着的遗传分化。7.对16个群体mtDNA D-loop单倍型进行分子系统树和网络关系分析,以日本鹌鹑(Coturnix japonica)为外群(Genbank登录号:D82924),16个鸡种mtDNA D-loop区32种单倍型的NJ、ME和UPGMA分子系统树均分为明显的4个类群,单倍型类群A中包含有泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种的单倍型;单倍型类群B和单倍型类群C中包含有中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种的单倍型;单倍型类群D中同时含有这两个红色原鸡的单倍型。单倍型网络关系图中序列明显也聚为4个聚类簇,与单倍型系统发生树的结果完全一致。利用Kimura双参数模型构建D-loop区的分子系统树中,固始鸡、仙居鸡始终与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种聚在一起,茶花鸡、藏鸡、泰和乌骨鸡、河南斗鸡和白耳鸡也始终出现在一个类群。8.对中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种微卫星DNA和mtDNA的多态性进行分析,中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种与泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种的微卫星DNA遗传距离为0.167,Nm值为1.040。没有表现出较近的遗传距离和较大的基因流动,群体的遗传分化系数为0.194(P<0.01),所有位点都极显着地贡献于这一结果(P<0.01)。红色原鸡两个亚种没有共享单倍型,它们各自具有不同的单倍型,群体间mtDNA D-loop Fst值差异显着(P=0.0360)。Gallus gallus spadiceus亚种和Gallus gallus gallus亚种群体具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这两个亚种并非实际上是同一个亚种的观点。9.综合分析中国家鸡和红色原鸡微卫星DNA和mtDNA多态性和亲缘关系的结果,推测泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种被驯化后,有部分群体演化形成了一些中国家鸡的群体如固始鸡和仙居鸡,而中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种被驯化后,也演化形成了一些中国家鸡的群体如茶花鸡和藏鸡等。泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种中性检验的Tajima’s D值为-1.79995(P< 0.05),不符合中性突变。在泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种群体一段时间内的群体扩张过程中,对一些在中国本地起源的家鸡群体中的一些亚群产生了影响,因此在一些中国地方鸡种同时具有这两种红色原鸡的遗传贡献。本研究认为中国家鸡起源于泰国或单纯起源于中国的观点都是不全面的,支持红色原鸡的驯化是多次、多地、长期的人类活动的结果这一观点。
二、纯血马mtDNAD-Loop高变区序列分析(英文)(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、纯血马mtDNAD-Loop高变区序列分析(英文)(论文提纲范文)
(1)伊犁马DMRT3、MSTN、ACTN3基因多态性与运动性能的相关性分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 文献综述 |
1.1 运动马产业发展概述 |
1.2 马匹性能概述 |
1.3 伊犁马运动特点 |
1.4 马匹的调教训练 |
1.5 马运动候选基因的研究 |
1.6 本研究意义 |
第2章 伊犁马DMRT3基因多态性与步法的相关性研究 |
2.1 试验材料 |
2.2 试验方法 |
2.3 结果与分析 |
2.4 讨论 |
2.5 小结 |
第3章 伊犁马MSTN基因多态性与中长比赛距离的相关性研究 |
3.1 试验材料 |
3.2 试验方法 |
3.3 结果与分析 |
3.4 讨论 |
3.5 小结 |
第4章 伊犁马ACTN3基因多态性研究 |
4.1 试验材料 |
4.2 试验方法 |
4.3 结果与分析 |
4.4 讨论 |
4.5 小结 |
第5章 结论 |
参考文献 |
致谢 |
个人简介 |
(2)采用线粒体Cytb基因研究九个马品种的系统发育(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
常用词语缩写 |
1 文献综述 |
1.1 mtDNA概述 |
1.1.1 哺乳动物mtDNA的特点 |
1.1.2 哺乳动物mtDNA的基本结构 |
1.1.3 Cytb基因 |
1.1.3.1 Cytb及基因的结构 |
1.1.3.2 线粒体Cytb基因与马属动物系统发育研究 |
1.1.3.3 线粒体Cytb基因与其他动物系统发育研究 |
1.1.4 mtDNA多态性研究的分析方法 |
1.1.4.1 限制性酶切片段长度多态性标记 |
1.1.4.2 DNA单链构象多态性 |
1.1.4.3 DNA序列测定 |
1.2 家马遗传多样性研究进展 |
1.2.1 细胞水平(染色体)的遗传多样性研究 |
1.2.2 生化水平的遗传多样性研究 |
1.2.3 基因组DNA上遗传多样性研究 |
1.2.4 线粒体DNA遗传多样性研究 |
1.2.5 Y染色体DNA遗传多样性研究 |
1.3 中国家马的起源及品种资源概况 |
1.3.1 中国家马的起源与驯化 |
1.3.2 中国家马的类型与分布 |
1.4 本研究的目的和意义 |
2 材料与方法 |
2.1 试验材料 |
2.1.1 样品采集 |
2.1.2 常用试剂的配制 |
2.1.2.1 提取基因组DNA所需试剂的配制 |
2.1.2.2 琼脂糖电泳有关试剂的配制 |
2.1.3 主要仪器设备 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 马全基因组DNA的提取 |
2.2.2 血液基因组DNA的检测 |
2.2.3 引物的设计 |
2.2.4 引物的稀释与保存 |
2.2.5 PCR扩增反应与产物的检测 |
2.2.6 mtDNA Cytb基因全序列(1140bp)的测序 |
2.2.7 mtDNA Cytb部分序列(610bp)的PCR-RFLP的分析 |
2.2.8 酶切产物琼脂糖电泳检测与基因型判断 |
2.3 数据分析 |
2.3.1 序列分析 |
2.3.2 构建单倍型网络关系图 |
2.3.3 等位基因频率和基因型频率计算 |
3 结果与分析 |
3.1 马mtDNA Cytb基因的多态性分析 |
3.1.1 马血液样品DNA提取结果 |
3.1.2 马mtDNA Cytb基因的PCR扩增结果及序列特征 |
3.1.2.1 马mtDNA Cytb基因的PCR扩增结果 |
3.1.2.2 马mtDNA Cytb基因全序列的特征 |
3.1.2.3 9个马品种间mtDNACytb基因全序列的遗传距离 |
3.1.2.4 马mtDNA Cytb基因的单倍型分布特征 |
3.1.2.5 四个地理单元马Cytb基因的单倍型多样度和核苷酸多样度分析 |
3.1.3 不同品种马单倍型间的系统发育分析 |
3.1.4 中国家马及四个地理单元在7个单倍型分支分布 |
3.2 马mtDNA Cytb基因部分序列的PCR-RFLP分析 |
3.2.1 马mtDNA Cytb基因序列的酶切位点分析 |
3.2.2 马mtDNA Cytb基因部分序列的PCR扩增结果 |
3.2.3 马mtDNA Cytb基因部分序列的PCR-RFLP分析 |
3.2.3.1 BamHⅠ的RFLP分析 |
3.2.3.2 EcoRⅤ的RFLP分析 |
3.2.3.3 BamHⅠ和EcoRⅤ酶切的不同基因型(基因)频率的分布 |
3.2.3.4 BamHⅠ和EcoRⅤ酶切单倍型组合及频率分布 |
4 讨论 |
4.1 中国家马的遗传多样性 |
4.1.1 9个马品种的mtDNA单倍型分布特点 |
4.1.2 利用PCR-RFLP研究马mtDNA的多态性 |
4.2 中国家马的母系起源 |
4.3 中国家马与世界马种起源与驯化 |
5 结论 |
参考文献 |
致谢 |
附件 |
(3)中国主要地方马群体遗传多样性及系统进化研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 绪论 |
1.1 遗传多样性与畜禽遗传资源保护 |
1.1.1 遗传多样性与畜禽遗传资源的概述 |
1.1.2 畜禽遗传多样性研究方法与保护方法 |
1.2 中国家马起源及品种资源概况 |
1.2.1 中国家马起源与进化 |
1.2.2 中国家马遗传资源概况 |
1.3 家马遗传多样性研究进展 |
1.3.1 染色体及血液蛋白遗传多样性研究 |
1.3.2 基因组DNA 上遗传多样性研究 |
1.3.3 线粒体DNA 遗传多样性研究 |
1.3.4 Y 染色体DNA 遗传多样性研究 |
1.4 本研究的总体内容和意义 |
1.4.1 研究目标 |
1.4.2 研究内容 |
1.4.3 研究方案 |
第二章 运用微卫星标记分析中国地方马种遗传多样性 |
2.1 实验材料与研究方法 |
2.1.1 样品收集 |
2.1.2 微卫星标记 |
2.1.3 主要仪器设备 |
2.1.4 主要试剂 |
2.1.5 配制主要试剂 |
2.1.6 主要实验步骤 |
2.1.7 数据统计与分析方法 |
2.2 结果与分析 |
2.2.1 基因组DNA 的提取与检测 |
2.2.2 单一PCR 与多重PCR 结合 |
2.2.3 等位基因数据收集与分析 |
2.2.4 微卫星位点多态信息 |
2.2.5 品种遗传多样性分析 |
2.2.6 遗传距离与聚类 |
2.2.7 遗传分化与遗传结构 |
2.3 讨论 |
2.3.1 微卫星位点遗传变异与群体遗传多样性 |
2.3.2 群体遗传分化分析 |
2.3.3 中国地方马群体遗传结构推测 |
第三章 中国家马及普氏野马线粒体DNA 多样性研究 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 试验样品 |
3.1.2 试验方法 |
3.1.3 数据分析 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 mtDNA D-loop 区扩增及测序结果 |
3.2.2 mtDNA D-loop 高变区碱基组成及多态位点分析 |
3.2.3 中国家马mtDNA 遗传多样性参数统计与分析 |
3.2.4 系统进化分析 |
3.3 讨论 |
3.3.1 线粒体DNA 遗传变异与中国家马遗传多样性 |
3.3.2 中国家马遗传分化 |
3.3.3 中国家马与世界马种起源与驯化 |
第四章 中国家马及普氏野马Y 染色体DNA 多态性研究 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 试验样品 |
4.1.2 Y 染色体特异微卫星DNA 标记的选取及荧光标记组合 |
4.1.3 Y 染色体微卫星DNA PCR 扩增 |
4.1.4 PCR 扩增产物检测及A813130 测序仪毛细管电泳 |
4.1.5 Y 染色体微卫星突变样本的测序 |
4.2 实验结果 |
4.2.1 Y 染色体微卫星DNA PCR 扩增产物及检测 |
4.2.2 Y 染色体微卫星标记等位基因 |
4.2.3 中国家马Y-DNA 多态性标记分析 |
4.2.4 中国家马多态性的统计及地理分布 |
4.3 讨论 |
第五章 全文结论 |
5.1 所选微卫星标记多态性 |
5.2 中国地方马群体遗传多样性 |
5.3 中国地方马群体的遗传分化与遗传结构 |
5.4 中国家马mtDNA D-loop 高变区的遗传变异状态 |
5.5 中国家马母系遗传分化及主要支系 |
5.6 中国家马各支系区域分布 |
5.7 中国家马与世界马其它地区马种进化关系 |
5.8 中国家马父系遗传信息发掘 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
作者简历 |
(4)六个品种马CKM基因遗传多样性研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1 引言 |
1.1 耐力素质相关基因的研究进展 |
1.2 六个马品种概况简介 |
1.3 六个马品种遗传多样性研究进展 |
1.3.1 细胞水平遗传多样性的研究 |
1.3.2 生化水平的遗传多样性研究 |
1.3.3 马的起源与驯化 |
1.3.4 分子水平(微卫星)的遗传多样性研究 |
1.3.4.1 有关染色体基因的研究 |
1.3.4.2 有关线粒体基因的研究 |
1.3.4.3 有关微卫星的研究 |
1.4 本项研究的目的和意义 |
2 实验材料和方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 实验样品 |
2.1.2 实验仪器 |
2.1.3 主要试剂(盒)及其来源 |
2.1.3.1 分子生物学试剂 |
2.1.3.2 普通化学试剂 |
2.1.4 主要试剂和溶液的配制 |
2.1.4.1 动物基因组 DNA 提取所用溶液 |
2.1.4.2 琼脂糖凝胶电泳所用试剂 |
2.1.5 主要分子生物学软件及相关网站 |
2.1.5.1 主要分子生物学软件 |
2.1.5.2 相关网站 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 基因组 DNA 提取及浓度检测方法 |
2.2.1.1 基因组 DNA 提取方法 |
2.2.1.2 用琼脂糖凝胶电泳检测基因组 DNA |
2.2.1.3 用分光光度计检测基因组 DNA 的浓度 |
2.2.2 PCR 过程 |
2.2.2.1 PCR 反应基本原理 |
2.2.2.2 引物设计与合成 |
2.2.2.3 PCR 反应体系的建立及反应条件的优化 |
2.2.2.4 琼脂糖凝胶电泳 |
2.2.3 马 CKM 基因的测序 |
2.2.3.1 PCR 扩增产物的纯化与回收 |
2.2.3.2 CKM 基因测序 |
3 结果与分析 |
3.1 马 CKM 基因的多态性分析 |
3.1.1 马 CKM 基因的扩增与鉴定 |
3.1.1.1 马基因组 DNA 提取与检测结果 |
3.1.1.2 马 CKM 基因的PCR 扩增结果 |
3.1.1.3 马 CKM 基因的PCR 产物胶回收结果 |
3.1.1.4 马 CKM 基因的测序及比对结果 |
3.1.2 马 CKM 基因序列的核苷酸变异分析 |
3.1.2.1 马 CKM 基因序列变异位点 |
3.1.2.2 马 CKM 基因的单倍型多样性 |
3.1.2.2.1 马 CKM 基因的单倍型分布 |
3.1.2.2.2 马 CKM 基因序列位点的变异类型 |
3.1.2.2.3 马 CKM 基因单倍型分布和频率 |
3.1.2.2.4 马 CKM 基因序列的单倍型多样度 |
3.1.2.3 分子变异分析 |
3.2 系统发育分析 |
3.2.1 不同类型马 CKM 基因核苷酸序列数据系统发育分析 |
3.2.2 基于 CKM 基因核苷酸序列数据进行网络聚类分析 |
3.2.3 基于 CKM 基因数据构建不同物种间系统发育树 |
3.2.4 不同类型马 CKM 基因数据构建系统发育树 |
4 讨论 |
4.1 关于实验方法 |
4.1.1 关于样本的筛选 |
4.1.2 基因组 DNA 的提取 |
4.1.3 PCR 反应条件的优化 |
4.2 CKM 基因遗传多样性及序列的变异分析 |
4.3 由 CKM 基因序列构建系统发育树和网络聚类结果的分析 |
4.4 基于 CKM 基因分析蒙古马与纯血马的差异 |
5 结论 |
致谢 |
参考文献 |
作者简介 |
(5)中国家马mtDNA Cyt b基因遗传多样性与母系起源研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 文献综述 |
1.1 中国家马的种质资源特点 |
1.1.1 我国马种的分布和生态特点 |
1.1.2 马品种资源的特点 |
1.1.3 马遗传资源管理 |
1.2 线粒体 DNA 研究进展 |
1.2.1 动物线粒体 DNA 概述 |
1.2.2 mtDNA 在家畜遗传育种中的应用 |
1.2.3 Cyt b 基因 |
1.3 家马遗传多样性研究进展 |
1.4 系统树构建 |
1.4.1 UPGMA 法 |
1.4.2 NJ 法 |
1.4.3 最大简约法 MP |
1.4.4 最大似然法 ML |
1.4.5 贝叶斯推论法 |
1.5 家马的起源分化研究 |
第二章 试验部分 |
2.1 试验材料 |
2.2 试剂与仪器 |
2.2.1 试剂 |
2.2.2 仪器 |
2.3 试验方法 |
2.3.1 基因组 DNA 的提取与检测 |
2.3.2 线粒体 Cyt b 区的扩增 |
2.3.3 PCR 产物的检测 |
2.3.4 线粒体 DNA 的测序 |
2.3.5 数据处理 |
2.4 结果与分析 |
2.4.1 中国家马线粒体 Cyt b 区序列变异 |
2.4.2 中国家马单倍型间的系统发育分析 |
2.5 讨论 |
2.5.1 mtDNA Cyt b 基因的选择 |
2.5.2 Cyt b 基因中密码子使用偏倚性 |
2.5.3 中国家马的遗传多样性 |
2.5.4 中国家马的母系起源 |
结论 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
(6)实验动物贵州白香猪母系及父系遗传检测(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
前言 |
第一章 文献综述 |
1.小型猪在医学实验中的应用 |
1.1 小型猪的医学价值 |
1.2 小型猪研究现状 |
1.3 贵州白香猪实验动物化选育 |
1.4 贵州白香猪的医学应用前景 |
1.5 国内其它几个小型猪品种 |
1.5.1 贵州小型猪 |
1.5.2 五指山小型猪 |
1.5.3 广西巴马小型猪 |
1.5.4 西藏小型猪 |
1.5.5 版纳微型猪 |
1.5.6 甘南蕨麻小型猪 |
2.实验动物遗传检测意义及方法 |
2.1 遗传检测的意义 |
2.2 遗传检测方法 |
2.2.1 形态学检测法 |
2.2.2 染色体带型检测法 |
2.2.3 生化标记检测法 |
2.2.4 免疫学技术检测法 |
2.2.5 分子生物学标记技术检测法 |
3.线粒体DNA分子遗传标记 |
3.1 线粒体的结构和功能 |
3.1.1 线粒体及线粒体DNA |
3.1.2 mtDNA的特点 |
3.1.3 mtDNA的组成 |
3.1.4 mtDNA D-loop非编码区 |
3.2 畜禽mtDNA遗传变异的研究方法 |
3.2.1 限制性内切酶法 |
3.2.2 序列测定法 |
3.3 mtDNA遗传变异在猪上的研究进展 |
4.Y染色体遗传标记 |
4.1 Y染色体的结构 |
4.1.1 人Y染色体的结构 |
4.1.2 猪Y染色体的结构 |
4.2 Y染色体的功能 |
4.3 Y染色体的遗传特性 |
4.4 Y染色体上的SRY基因 |
4.4.1 SRY基因 |
4.4.2 SRY基因作为TDF的证据 |
4.4.3 SRY基因的结构、定位、转录 |
4.4.4 SRY基因的表达 |
4.4.5 SRY蛋白质 |
4.5 Y染色体遗传标记研究进展 |
4.6 Y染色体遗传标记的发展趋势 |
5.本研究的目的和意义 |
第二章 实验材料与方法 |
1.实验材料 |
1.1 实验样品 |
1.2 实验仪器 |
1.3 药品和酶 |
1.4 试剂配制 |
2.实验方法 |
2.1 技术路线 |
2.2 样品采集 |
2.3 基因组DNA的提取 |
2.4 DNA浓度和纯度的检测 |
2.4.1 琼脂糖凝胶电泳检测 |
2.4.2 紫外分光光度法 |
2.5 引物的设计与合成 |
2.5.1 mtDNA D-loop PCR引物的设计与合成 |
2.5.2 SRY基因引物的设计与合成 |
2.6 PCR反应体系及其条件 |
2.6.1 线粒体D-loop区PCR反应体系及其条件 |
2.6.2 SRY基因PCR反应体系及其条件 |
2.7 PCR产物检测 |
2.8 PCR产物的纯化 |
2.9 纯化回收产物的检测及测序 |
2.10 数据处理 |
2.10.1 序列编辑 |
2.10.2 序列比对 |
2.10.3 Mega(4.1)软件的应用 |
2.10.4 DNASP(4.9)软件的应用 |
第三章 结果与分析 |
1.线粒体D-loop区结果与分析 |
1.1 基因组DNA的提取检测 |
1.2 PCR扩增产物检测 |
1.3 D-loop区测序结果 |
1.3.1 测序胶图 |
1.3.2 mtDNA D-loop区碱基组成 |
1.3.3 mtDNA D-loop区变异位点分析 |
1.3.4 mtDNA D-loop区单倍型频率 |
1.3.5 mtDNA D-loop区单倍型系统发育树的构建 |
1.4 贵州白香猪D-loop区系统发育分析 |
1.5 贵州白香猪D-loop区遗传多样性分析 |
2. SRY基因实验结果与分析 |
2.1 基因组DNA的提取检测 |
2.2 PCR扩增产物检测 |
2.3 SRY测序结果 |
2.4 SRY基因碱基组成比较及序列长度 |
2.5 多态位点分布 |
2.6 SRY基因多态位点分析 |
2.7 构建SRY基因单倍型系统树 |
2.7.1 NJ系统树 |
2.7.2 UPGMA系统树 |
2.8 SRY基因系统发育树分析 |
第四章 讨论 |
1.贵州白香猪的母系遗传结构 |
1.1 mtDNA D-loop区长度异质性 |
1.2 贵州白香猪两品系的母系遗传背景 |
1.3 贵州白香猪与其它猪品种(类群)的系统发生分析 |
1.4 中国猪种与欧洲猪种间的基因渗透 |
2.贵州白香猪的父系遗传结构 |
3.PCR条件的优化 |
第五章 小结 |
致谢 |
参考文献 |
附录Ⅰ |
作者在读期间发表的研究论文 |
论文的基金项目资助 |
附录Ⅱ 英文缩略词表 |
图版 |
(7)中国西南马mtDNA序列进化与群体遗传结构分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1 引言 |
1.1 马的起源进化 |
1.1.1 马属动物的起源与驯化 |
1.1.2 西南马的形成、类型和分布 |
1.1.3 西南地区矮马 |
1.1.4 西南马研究现状 |
1.2 线粒体基因组特征与进化速率 |
1.2.1 动物mtDNA 基因组的基本特征 |
1.2.2 线粒体基因组的各基因的进化速率 |
1.3 NADH 脱氢酶亚基基因在动物分子遗传学中的研究动态 |
1.4 线粒体 DNA 在保护生物学中的运用及研究动态 |
1.5 线粒体 DNA 在建立分子钟的运用及研究动态 |
1.6 本研究的目的与意义 |
2 材料和方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 材料来源 |
2.1.2 实验仪器设备 |
2.1.3 主要实验试剂及工具酶 |
2.1.4 主要试剂和溶液的配制 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 DNA 的提取与分离 |
2.2.2 琼脂糖凝胶电泳检测 DNA |
2.2.3 分光光度法检测 DNA |
2.2.4 DNA 扩增及其扩增产物的琼脂糖检测 |
2.2.5 聚丙烯酰胺凝胶的制备、电泳、染色和图象分析 |
2.2.6 马mtDNA 各位点 PCR 产物纯化回收以及测序 |
2.2.7 统计分析 |
3 结果与分析 |
3.1 马基因组 DNA 提取与检测 |
3.2 马线粒体 DNA ND4 基因(上游)PCR-SSCP 结果和序列分析 |
3.2.1 ND4 亚基上游PCR 扩增结果 |
3.2.2 ND4 亚基上游PCR-SSCP 分析 |
3.2.3 ND4 亚基上游序列分析 |
3.3 马线粒体 DNA 的ND4 基因(下游)PCR-SSCP 结果和序列分析 |
3.3.1 ND4 亚基下游 PCR 扩增结果 |
3.3.2 ND4 亚基下游PCR-SSCP 分析 |
3.3.3 ND4 亚基下游序列分析 |
3.4 马线粒体 DNA 的ND4L 基因PCR-SSCP 结果和序列分析 |
3.4.1 ND4L 基因PCR 扩增结果 |
3.4.2 ND4L 基因PCR-SSCP 分析 |
3.4.3 ND4L 基因序列分析 |
3.5 马线粒体 DNA 的 ND3 和 Ctyb 基因 PCR-SSCP 结果和序列分析 |
3.5.1 ND3 基因PCR-SSCP 结果 |
3.5.2 Ctyb 基因PCR-SSCP 结果 |
3.6 MT2、MT3 和MT4 三对引物所扩增片断单倍型分布 |
3.7 西南马品种遗传结构分析 |
3.7.1 ND4 基因序列单倍型分析 |
3.7.2 种群遗传多样性、品种间 DNA 差异 |
3.7.3 群体间的遗传分化和遗传距离 |
3.7.4 系统进化树 |
4 讨论 |
4.1 关于实验方法 |
4.1.1 基因组 DNA 的提取 |
4.1.2 PCR 扩增条件摸索 |
4.1.3 PCR-SSCP 条件摸索 |
4.2 ND4 基因作为分子遗传标记在马系统发育关系研究中的探讨 |
4.3 NADH 脱氢酶亚基基因密码子使用偏倚和碱基替换模式 |
4.4 ND3 和 ctyb 基因部分片断的多态分析 |
4.5 中国西南马 mtDNA 遗传多样性和种群遗传结构 |
4.6 保护和管理建议 |
4.7 需要进一步研究和解决的问题 |
5 结论 |
致谢 |
参考文献 |
作者简介 |
(8)中国四个地方驴品种mtDNA D-环部分序列分析与系统进化研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 文献综述 |
1.1 中国家驴和野驴遗传资源概况 |
1.1.1 家驴遗传资源概况 |
1.1.2 野驴遗传资源概况 |
1.2 驴起源研究进展 |
1.2.1 中国驴起源研究 |
1.2.2 国外驴起源研究 |
1.3 驴遗传多样性研究现状 |
1.4 研究家驴起源对其遗传资源多样性保护利用的意义 |
1.5 家畜线粒体DNA在遗传多样性研究中的应用 |
1.5.1 线粒体的结构 |
1.5.2 mtDNA的遗传特性 |
1.5.3 线粒体DNA在细胞内的数目与大小 |
1.5.4 线粒体DNA的结构与组成 |
1.5.5 线粒体DNA的遗传特性 |
1.6 利用线粒体DNA研究物种起源和亲缘关系的优势与不足 |
1.6.1 线粒体DNA的特征 |
1.6.2 线粒体DNA用于该研究的不足 |
1.6.3 分子进化学研究的发展过程 |
1.7 系统发育树及其构建方法 |
1.8 本研究的目的和意义 |
第二章 试验研究 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.1.1 样品的采集 |
1.1.2 主要仪器设备 |
1.1.3 主要试剂及工具酶 |
1.2 试验方法 |
1.2.1 基因组DNA的提取 |
1.2.2 扩增引物设计 |
1.2.3 PCR反应体系及其参数 |
1.2.4 PCR反应产物的检测 |
1.2.5 PCR反应产物的回收 |
1.3 序列测定 |
1.4 序列分析 |
2 结果与分析 |
2.1 mtDNA D-环部分序列的PCR扩增、纯化和测序 |
2.1.1 基因组DNA的提取、纯化与检测 |
2.1.2 PCR产物纯化后检测 |
2.1.3 PCR产物的测序 |
2.1.4 序列信息递交到GenBank |
2.1.5 从GenBank下载的序列信息 |
2.2 四个驴品种线粒体DNA D-环的序列多态性 |
2.2.1 碱基含量分析 |
2.2.2 核苷酸位点变异 |
2.3 单倍型和单倍型特征 |
2.3.1 家驴线粒体DNA单倍型分析 |
2.3.2 单倍型分布 |
2.4 四个家驴品种的系统发育分析 |
2.4.1 构建系统发育树 |
2.4.2 Network网络关系分析 |
2.5 中国家驴与非洲野驴、亚洲野驴的系统进化分析 |
2.5.1 系统发育树分析 |
2.5.2 网络关系图分析 |
3 讨论 |
3.1 mtDNA D-环序列多态性 |
3.1.1 四种碱基含量比较 |
3.1.2 碱基变异比较 |
3.1.3 单倍型及遗传多样性 |
3.2 中国家驴品种起源分析 |
3.3 加强驴品种资源多样性保护的重要性 |
4 结论 |
参考文献 |
附图1 |
附表 |
附图2 |
附图3 |
附图4 |
致谢 |
作者简历 |
(9)马业科学网络数据库的建立及其初步应用(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1 引言 |
1.1 马业科学简介 |
1.1.1 马属动物及其分类 |
1.1.2 马业科学及其研究内容 |
1.2 生物信息学概述 |
1.2.1 生物信息学的定义及其主要研究内容 |
1.2.2 生物信息学的发展 |
1.2.3 生物信息学的重要性 |
1.3 生物学数据库 |
1.3.1 数据库基本知识 |
1.3.2 数据库管理系统(DBMS) |
1.3.3 数据库处理系统与文件处理系统的区别 |
1.3.4 关于数据库定义的说明 |
1.3.5 生物数据库的分类及其基本数据库 |
1.4 www.mayekexue.com.cn—马业科学数据库的网络化实践 |
1.4.1 超文本标记语言(HTM |
1.4.4 超文本传输协议 |
1.4.5 ASP 访问数据库 |
1.4.6 Microsoft Acce |
1.5 本研究的目的与意义 |
1.5.1 本研究的目的 |
1.5.2 本研究的意义 |
2 材料与方法 |
2.1 马中文硕士博士论文数据库的建立 |
2.1.1 数据来源 |
2.1.2 数据库的录入 |
2.1.3 检索系统的建立与运行 |
2.2 中国马与其它物种遗传资源数据库的建立 |
2.2.1 中国马与其它物种遗传资源 |
2.2.2 建立目标 |
2.2.3 数据库的基本构建过程 |
2.2.4 数据库的录入 |
2.2.5 检索系统的建立 |
2.3 其它数据库的建立 |
2.4 马业科学网站的建立 |
2.4.1 建立网站目的 |
2.4.2 建立方法 |
3 结果与分析 |
3.1 马业科学数据库大小 |
3.2 中国马与其它物种资源数据库 |
3.3 马业科学数据库的录入 |
3.4 马业科学数据库的检索系统 |
3.5 马业科学实验室网站 |
3.6 马生物信息学研究平台 |
3.7 数据的网络更新和提交 |
4 讨论 |
4.1 马业科学数据库的安全 |
4.2 马业科学数据库的可扩展性和可维护性 |
4.3 马业科学数据库的应用前景及其功能作用 |
致谢 |
参考文献 |
附录 马业科学课题组2000 年以来的主要科研成果 |
1、学术论文 |
2、学术专着 |
3、马业科学课题组在 NCBI 的登陆序列清单 |
作者简介 |
(10)中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
第一章 文献综述 |
1.动物遗传多样性研究的意义、内容和方法 |
1.1 动物遗传多样性的涵义 |
1.2 国内外动物遗传多样性概况 |
1.2.1 国外动物遗传多样性概况 |
1.2.2 国内动物遗传多样性概况 |
1.2.3 动物遗传多样性受威胁概况 |
1.3 动物遗传多样性保护的意义 |
1.4 动物遗传多样性评价的内容 |
1.5 动物遗传多样性的研究方法 |
1.5.1 形态学方法 |
1.5.2 细胞遗传学方法 |
1.5.3 蛋白质检测方法 |
1.5.4 分子生物学方法 |
1.6 动物遗传多样性评价指标 |
1.6.1 平均数和变异系数 |
1.6.2 基因和基因型频率 |
1.6.3 遗传平衡检验 |
1.6.4 遗传变异的度量参数 |
1.6.5 遗传距离估计数学模型 |
1.6.6 系统发育分化推断方法 |
2 微卫星标记与遗传多样性研究 |
2.1 微卫星标记概述 |
2.2 微卫星的类型 |
2.3 微卫星在基因组中的作用 |
2.4 微卫星突变 |
2.5 微卫星标记的优点 |
2.6 微卫星标记的局限性 |
2.7 微卫星标记在群体遗传多样性研究中的应用 |
2.7.1 构建遗传连锁图谱 |
2.7.2 制作DNA 指纹图 |
2.7.3 QTL定位和标记辅助选择(marker assisted selection MAS) |
2.7.4 个体及亲缘关系的鉴定 |
2.7.5 监测遗传操作效应和保种效果 |
2.7.6 品种或品系遗传关系确定 |
3 线粒体 DNA(mtDNA)标记与遗传多样性研究 |
3.1 动物线粒体 DNA 的结构 |
3.2 动物线粒体基因组的遗传特征 |
3.2.1 母系遗传 |
3.2.2 父系渗入现象 |
3.2.3 具有明显的核质基因互作关系 |
3.2.4 mtDNA 进化速度快 |
3.3 动物mtDNA 的多态性 |
3.4 动物mtDNA 的异质性 |
3.5 mtDNA 多态性的研究方法 |
3.6 对mtDNA 各片段的研究 |
3.6.1 细胞色素b(Cyt26)基因片段 |
3.6.2 mtDNA 控制区(D-loop) |
3.6.3 16srRNA、12srRNA |
3.6.4 NADH 降解酶基因 |
3.7 动物mtDNA 标记在群体遗传多样性研究中的应用 |
3.7.1 分析种间多态性 |
3.7.2 分析种内品种间及品种内多态性 |
3.7.3 动物品种的起源与分化研究 |
3.7.4 动物品种及类型的分类研究 |
3.7.5 动物群体遗传结构及基因流动的研究 |
3.7.6 标记经济性状,开展标记辅助选择 |
4 中国地方鸡品种的起源及演化 |
4.1 考古学研究 |
4.2 历史记录 |
4.3 形态学特征 |
4.4 生化及分子生物学研究 |
5.本研究的目的与意义 |
第二章 中国家鸡和红色原鸡微卫星 DNA 遗传多样性及亲缘关系分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.1.1 样品采集 |
1.1.2 主要试剂及其配制 |
1.1.3 主要实验仪器 |
1.1.4 微卫星引物 |
1.2 试验方法 |
1.2.1 基因组 DNA 提取 |
1.2.2 多个引物的组合优化 |
1.2.3 多重 PCR 扩增和基因型判定 |
1.3 统计方法 |
1.3.1 群体内遗传多样性的分析 |
1.3.2 群体间遗传关系 |
1.4 统计分析(软件应用) |
1.4.1 遗传多样性 |
1.4.2 遗传分化 |
1.4.3 品种聚类 |
1.4.4 遗传距离与地理距离的相关性 |
2 结果与分析 |
2.1 DNA 提取结果和PCR 扩增产物检测 |
2.2 引物组合及多重PCR反应条件的优化 |
2.3 多重 PCR 电泳检测结果 |
2.4 群体内的遗传变异 |
2.5 群体间的遗传分化 |
2.6 遗传距离与地理距离的相关性 |
2.7 聚类分析 |
2.7.1 PHYLIP聚类分析 |
2.7.2 Structure 程序分析群体遗传结构 |
3 讨论 |
3.1 多重 PCR 及其产物的自动化检测 |
3.2 群体内的遗传多样性 |
3.3 群体间的遗传分化 |
3.4 15 个中国鸡种间的遗传关系 |
3.5 品种间遗传距离与地理距离的关联性 |
3.6 红色原鸡与中国家鸡的亲缘关系 |
第三章 样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 群体遗传多样性指标的选择与统计分析 |
1.3 遗传距离的估测精度统计尺度 |
2 结果与分析 |
2.1 样本量对期望杂合度的影响 |
2.2 样本量对有效等位基因数的影响 |
2.3 性别对群体遗传多样性指标的影响 |
2.4 不等微卫星座位数目对遗传距离的影响 |
2.5 5 个水平 t 检验结果 |
3 讨论 |
3.1 样本量对群体遗传多样性指标的影响 |
3.2 微卫星分析群体遗传多样性时样本量的确定 |
3.3 性别对群体遗传多样性指标的影响 |
3.4 微卫星座位的数目对遗传距离的估测精度的影响 |
第四章 近缘物种间微卫星引物的适用性分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验动物 |
1.2 基因型测定 |
1.3 统计方法 |
1.3.1 遗传多样性计算 |
1.3.2 遗传分化的计算 |
1.3.3 基因流动(Nm)的计算 |
2 结果与分析 |
2.1 鸡微卫星引物在孔雀中的 PCR 扩增结果 |
2.2 群体内的遗传变异 |
2.3 群体间的遗传分化 |
3 讨论 |
3.1 近缘物种间微卫星引物的适用性 |
3.2 绿孔雀和蓝孔雀群体内的遗传分析 |
3.3 绿孔雀和蓝孔雀群体间的遗传分析 |
第五章 中国家鸡和红色原鸡mtDNA 遗传多样性及亲缘关系分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.1.1 样品采集 |
1.1.2 主要试剂及其配制 |
1.1.3 主要实验仪器 |
1.1.4 引物 |
1.2 试验方法 |
1.2.1 基因组DNA 提取 |
1.2.2 PCR 扩增 |
1.2.3 测序 |
1.3 统计方法及软件应用 |
1.3.1 核苷酸序列多态性分析 |
1.3.2 单倍型间的系统进化分析 |
1.3.3 单倍型间的网络分析 |
2 结果与分析 |
2.1 DNA 提取结果和PCR 扩增产物检测 |
2.2 16 个鸡群mtDNA D-loop 区部分序列的遗传多态性 |
2.2.1 群体mtDNA D-loop 区部分序列的序列长度与碱基组成 |
2.2.2 序列的核苷酸多态位点变异 |
2.2.3 序列的核苷酸多态位点的变异类型 |
2.2.4 16 个鸡群体mtDNA D-loop 单倍型 |
2.3 16 个鸡群体mtDNA D-loop 区部分序列的遗传结构 |
2.3.1 16个鸡群体内单倍型多样度 |
2.3.2 16个鸡群体内核苷酸多样度 |
2.3.3 16 个鸡群体间核苷酸多态性 |
2.3.4 16 个鸡群体历史动态分析 |
2.3.5 16 个鸡群体间遗传距离 |
2.3.6 分子方差分析(Analysis of Molecular Variance,AMOVA) |
2.4 mtDNA D-loop 单倍型的分子系统树 |
2.5 16 个鸡群体D-loop 序列单倍型网络图 |
2.6 16 个群体的分子系统树 |
3 讨论 |
3.1 16 个鸡群mtDNA D-loop 区部分序列的遗传多态性 |
3.2 16 个鸡群体内mtDNA D-loop 遗传多样性 |
3.3 16 个鸡群体间mtDNA D-loop 遗传多样性 |
3.4 地理距离与群体间mtDNA 遗传距离的关系 |
3.5 中国家鸡的起源探讨 |
全文结论 |
参考文献 |
致谢 |
攻读学位期间发表的学术论文目录 |
攻读学位期间已正式录用的学术论文目录 |
四、纯血马mtDNAD-Loop高变区序列分析(英文)(论文参考文献)
- [1]伊犁马DMRT3、MSTN、ACTN3基因多态性与运动性能的相关性分析[D]. 何美升. 新疆农业大学, 2016(03)
- [2]采用线粒体Cytb基因研究九个马品种的系统发育[D]. 张敬敬. 四川农业大学, 2012(04)
- [3]中国主要地方马群体遗传多样性及系统进化研究[D]. 凌英会. 中国农业科学院, 2010(10)
- [4]六个品种马CKM基因遗传多样性研究[D]. 姚全福. 内蒙古农业大学, 2010(11)
- [5]中国家马mtDNA Cyt b基因遗传多样性与母系起源研究[D]. 秦芳. 西北农林科技大学, 2009(S2)
- [6]实验动物贵州白香猪母系及父系遗传检测[D]. 王兆龙. 贵州大学, 2009(S1)
- [7]中国西南马mtDNA序列进化与群体遗传结构分析[D]. 赛娜. 内蒙古农业大学, 2008(11)
- [8]中国四个地方驴品种mtDNA D-环部分序列分析与系统进化研究[D]. 孙伟丽. 中国农业科学院, 2007(06)
- [9]马业科学网络数据库的建立及其初步应用[D]. 王建光. 内蒙古农业大学, 2007(03)
- [10]中国家鸡和红色原鸡遗传多样性及亲缘关系分析[D]. 包文斌. 扬州大学, 2007(06)