一、MTA1基因在鼻咽癌中表达与肿瘤转移和EB病毒感染的关系(论文文献综述)
蔡曌[1](2021)在《1、DNA拷贝数异常改变作为膀胱癌预后判断相关分子标志物的研究 2、EB病毒相关上皮性恶性肿瘤中病毒miRNA与宿主相互作用的分子机制及其意义》文中研究指明这一博士学位课题由相对独立的两部分研究工作构成。第一章DNA拷贝数异常改变作为膀胱癌预后判断相关分子标志物的研究膀胱癌的高复发率为患者带来了长期的身体和经济负担。目前对于膀胱癌的诊断已有多种基于不同技术平台的生物标志物,然而,对于患者复发风险的评估和预测还较少有相关标志物的报道。尽管在膀胱癌肿瘤的发生发展过程中存在大量基因组序列的改变,但目前对于膀胱癌肿瘤预后风险评估还尚未有获得广泛认可的生物标志物可供临床使用。本项研究旨在膀胱癌组织和尿液中探索与膀胱癌患者预后相关的分子标志物,评估其在患者预后评估中的临床应用价值。本实验室前期工作中对65例膀胱癌肿瘤组织DNA进行了基于芯片的比较基因组杂交实验,发现并通过real-time PCR验证了在膀胱癌组织中高频出现的5个高频拷贝数变异的基因CEP63、FOSL2、GHR、PAQR6、ZFAND3。本项研究对候选的5个拷贝数高频变异的基因在219例于中国医学科学院肿瘤医院初治的膀胱癌患者手术切除的新鲜肿瘤组织样本和123例初治膀胱癌患者术前尿沉渣脱落细胞样本中的拷贝数变异与患者临床特征的相关性进行了进一步分析。为分析候选拷贝数变异与患者预后的相关性,研究中对所有入组患者均开展了术后随访,获得其无瘤生存期。研究应用Kaplan-Meier生存曲线、Cox风险比例回归、Logestic线性回归分析候选拷贝数变异与患者肿瘤复发风险的关系,并分别对非肌层浸润性和肌层浸润性膀胱癌构建了预后预测模型。为提高在尿液中检测拷贝数变异的准确性,研究中采用了高灵敏的3D数字PCR技术,并运用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC 曲线)比较了 real-time PCR 与 3D 数字PCR在尿沉渣脱落细胞中对拷贝数变异基因的检测效能,建立了尿样本中膀胱癌的诊断模型。在5个候选拷贝数变异的基因中,CEP63(p<0.01)、FOSL2(p<0.01)、PAQR6(p<0.01)在219例肿瘤组织中相比于健康人外周血白细胞中的基因拷贝数显着增加。CEP63(p<0.01)和FOSL2(p<0.01)的拷贝数在肌层浸润性膀胱癌肿瘤组织中显着高于非肌层浸润性膀胱癌肿瘤组织。CEP63(p<0.01)和FOSL2(p=0.047)的拷贝数在高级别肿瘤中显着高于低级别肿瘤。在发生淋巴结转移患者的肿瘤组织中CEP63的拷贝数显着增加(p<0.01)。研究中对所有病例进行了随访,随访时间为3个月至188个月,中位随访时间为61个月。所有入组患者的5年无瘤生存率为48.3%;10年无瘤生存率为22.7%。基于219例肿瘤组织中CEP63、FOSL2、PAQR6的拷贝数变异,分别对非肌层浸润性膀胱癌患者和肌层浸润性膀胱癌患者进行生存分析,发现CEP63和FOSL2的拷贝数增加是非肌层浸润性膀胱癌的独立预后因素(p<0.05)。FOSL2和PAQR6的拷贝数增加是肌层浸润性膀胱癌的独立预后因素(p<0.05)。基于CEP63、FOSL2的拷贝数变异构建非肌层浸润性膀胱癌的肿瘤复发预测模型计算预后指数(Prognostic Index,PI),预测模型为PI=1.5095×CEP63+1.47123×FOSL2,结果显示,预后指数高的非肌层浸润性膀胱癌患者肿瘤复发风险是预后指数低的患者的3.434倍(p=0.0003)。基于FOSL2和PAQR6拷贝数变异,构建肌层浸润性膀胱癌的肿瘤复发预测模型计算预后指数,预测模型为PI=2.0440×FOSL2+2.2079×PAQR6,结果显示预后指数高的肌层浸润性膀胱癌患者发生肿瘤复发的风险是预后指数低的患者的5.443倍(p=0.0001)。对于基于传统危险分层中的高风险非肌层浸润性膀胱癌患者,生存分析结果显示,预后指数高的患者无瘤生存期更短(p=0.00056)。在膀胱癌患者尿沉渣脱落细胞中CEP63(p=0.036)与FOSL2(p<0.01)的拷贝数相比于正常对照尿沉渣脱落细胞样本显着增加。应用3D数字PCR检测,发现肌层浸润性膀胱癌尿沉渣脱落细胞样本中CEP63(p<0.01)与FOSL2(p=0.046)的拷贝数显着高于非肌层浸润性膀胱癌样本,CEP63的拷贝数在发生淋巴结转移的膀胱癌患者中显着增加(p=0.042)。生存分析结果显示非肌层浸润性膀胱癌患者尿沉渣脱落细胞中CEP63的拷贝数增加(p<0.01)或FOSL2的拷贝数增加(p=0.018)预示着更大的肿瘤复发风险。基于尿样本中CEP63、FOSL2的拷贝数变异在训练集(n=41)中构建非肌层浸润性膀胱癌12个月内发生肿瘤复发的预测模型并在验证集(n=41)中进行验证,预测模型为PIL=-2.679+2.083×CEP63+1.827×FOSL2,结果显示,预后指数高的非肌层浸润性膀胱癌患者12个月内发生肿瘤复发的风险是预后指数低的患者的6.612倍(p=0.002)。ROC曲线分析结果显示3D数字PCR检测尿沉渣脱落细胞样本中CEP63和FOSL2拷贝数变异的曲线下面积分别为0.848和0.803,灵敏度分别为0.750和0.650,阴性预测值分别为0.786和0.708。而real-time PCR检测CEP63和FOSL2拷贝数变异的曲线下面积分别为0.601和0.685,灵敏度分别为0.475和0.425,阴性预测值分别为0.644和0.646。进一步基于3D数字PCR联合尿样本中CEP63与 FOSL2 的拷贝数变异构建膀胱癌患者诊断型:L=-1.817+2.267×CEP63+2.695×FOSL2,该模型的 ROC 曲线下面积为 0.858,灵敏度为85.0%,阴性预测值为83.8%。本项研究发现CEP63、FOSL2、PAQR6在膀胱癌中拷贝数增加,前两者与膀胱癌肿瘤的分期和病理分级显着相关。CEP63、FOSL2的拷贝数变异能够对非肌层浸润性膀胱癌患者的肿瘤复发风险进行评估和预测,FOSL2、PAQR6的拷贝数变异可应用于肌层浸润性膀胱癌患者肿瘤复发的预测。在膀胱癌患者尿样本中CEP63、FOSL2的拷贝数显着增加,并与肿瘤分期相关。尿样本中CEP63和FOSL2拷贝数增加的非肌层浸润性膀胱癌患者1年内发生肿瘤复发风险更高。研究中应用的3D数字PCR相比于real-time PCR检测效能更高,基于3D数字PCR的尿样本诊断模型能够较好的区分膀胱癌与正常人,为未来膀胱癌尿液检测提供了新途径。第二章EB病毒相关上皮性恶性肿瘤中病毒miRNA与宿主相互作用的分子机制及其意义EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)属于疱疹病毒科γ亚科,是双链DNA病毒。EB病毒是人类普遍且长期感染的病毒。在世界人口中大约有95%存在终生的无症状感染。EB病毒参与了人类多种恶性肿瘤的形成,包括Burkitt’s淋巴瘤、鼻咽癌、霍奇金氏淋巴瘤、NK/T细胞淋巴瘤、胃癌等。EB病毒的发现距今已有50余年,但病毒的致癌机制目前仍然尚未清楚。miRNA是基因表达转录后调控的重要因子,在多种复杂的细胞生物学进程,例如细胞发育和分化中扮演着十分重要的作用。越来越多的研究发现某些特定miRNA的负调控作用能够引起多种器官的癌变发生。EB病毒是第一个发现的能够编码miRNA的病毒,已有研究发现部分EB病毒编码的miRNA能够调控宿主基因的表达。但对于其他EB病毒编码的miRNA在癌变过程中的作用机制目前还尚未完全了解。本项研究旨在通过miRNA表达谱芯片和转录组测序分析,构建EB病毒相关上皮性恶性肿瘤即EB病毒相关胃癌和鼻咽癌中病毒miRNA的表达谱,分析病毒miRNA在宿主细胞中对宿主基因表达的调控作用,进而探索病毒miRNA对宿主细胞生物学功能的影响,以及在癌变发生和发展过程中所起到的作用。EB病毒相关胃癌在亚洲胃癌患者中约占6%,需要通过EBER原位杂交检测证实肿瘤组织中存在EB病毒的感染,由于EBER原位杂交尚未作为胃癌患者的常规病理检测项目,受到样本收集难度的限制,以及RNA较容易降解的特性,目前国内还尚未有基于EB病毒相关胃癌新鲜组织的转录组测序分析研究。在本项研究中,我们对8例EB病毒相关胃癌新鲜冻存组织、2株EB病毒相关胃癌细胞系SNU719、YCCEL1和2株EB病毒阴性胃癌细胞系AGS、HGC27进行了miRNA表达谱芯片和转录组测序分析宿主基因、宿主miRNA和EB病毒miRNA的表达情况。通过生物信息学分析,联合公共数据库中38例EB病毒相关胃癌的基因表达数据,探索EB病毒miRNA与宿主miRNA以及宿主基因的关系。为验证数据分析结果,进一步对筛选出的病毒miRNA进行体外细胞功能实验,探索其对胃癌细胞增殖能力、细胞周期以及细胞迁移能力的影响。为了解筛选出的在EB病毒相关胃癌中能够显着影响细胞生物学功能的病毒miRNA在另一种EB病毒相关上皮性恶性肿瘤即鼻咽癌中的作用。我们对33例鼻咽癌新鲜冻存组织进行了转录组测序。并通过体外细胞功能实验探索候选病毒miRNA在鼻咽癌细胞中对细胞增殖能力、细胞周期以及细胞迁移能力的调控作用。在本项研究中,我们通过对miRNA表达谱芯片和转录组测序数据分析获得了 EB病毒相关胃癌中病毒miRNA的表达谱,筛选出在肿瘤组织和EB病毒相关胃癌细胞系中均高表达的4个病毒miRNA。对其进行靶基因预测,我们发现在EB病毒相关胃癌中高表达的4个病毒miRNA靶基因主要富集于细胞迁移、细胞周期调控、细胞间信号转导和DNA复制等重要生物学功能上。而对于肿瘤组织和EB病毒相关胃癌细胞系中宿主miRNA的差异表达分析水平的分析发现,4个宿主miRNA在肿瘤组织与细胞系中的表达水平与EB病毒miRNA的表达成正相关关系,相关系数大于等于0.9。进一步分析这4个宿主miRNA与EB病毒miRNA的序列,发现 EB 病毒 miRNA miR-BARTl-3p 与宿主 miRNA hsa-miR-29a-3p 具有相同的5’端种子区序列;而miR-BART7-3p则与宿主miRNA hsa-miR-154-3p具有相同的5’端种子区序列。由此推测上述病毒miRNA与宿主miRNA的调控功能具有一定的相似性。为进一步探索“EB病毒miRNA-宿主miRNA”关系对中的病毒miRNA与宿主miRNA是否协同作用共同参与调控细胞生物学功能。首先联合TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库中转录组数据和 GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中表达谱芯片数据,以及本项研究中的转录组测序数据,分析共计46例EB病毒相关胃癌中肿瘤与癌旁组织的差异宿主基因,结合在EB病毒相关胃癌相比于EB病毒阴性胃癌细胞中差异的宿主基因,以此对“EB病毒miRNA-宿主miRNA”关系对中的病毒miRNA与宿主miRNA的交集靶基因进行筛选,结果显示,在EB病毒相关胃癌肿瘤组织中差异表达,并与EB病毒感染相关的宿主靶基因,其信号通路主要富集于涉及细胞生长、迁移、分化等重要功能的2个信号通路。说明候选的病毒miRNA可能与其相关的宿主miRNA共同参与到对细胞生长、迁移等重要功能的调控中。进一步的体外细胞功能实验也表明了miR-BART1-3p和miR-BART7-3p能够抑制胃癌细胞的增殖和迁移,对细胞的生长起负向调控作用。此外,在另一种EB病毒相关上皮性恶性肿瘤,鼻咽癌中,我们也构建了 EB病毒miRNA的表达谱,与EB病毒相关胃癌不同的是,miR-BART1-3p在鼻咽癌中的表达水平较低而miR-BART7-3p在鼻咽癌中的表达水平也仅处于中等。但通过体外细胞功能实验,我们发现miR-BART7-3p在鼻咽癌细胞中,仍具有对细胞增殖和迁移功能的抑制作用。在上述研究中,我们构建了 EB病毒相关胃癌和鼻咽癌中病毒miRNA的表达谱。通过生物信息学分析获得了具有相同种子区序列的病毒和宿主miRNA,两者共同参与了涉及细胞增殖、迁移、分化等重要生物学功能的信号通路调控。体外细胞实验结果表明了病毒miRNA对于胃癌和鼻咽癌细胞在增殖、细胞周期和细胞迁移能力的抑制作用。本项研究对病毒miRNA miR-BART1-3p和miR-BART7-3p在胃癌细胞中的作用及其可能的机制进行探索,发现了miR-BART7-3p在两种EB病毒相关恶性肿瘤中具有相似的生物学功能,研究从新的视角提供了 EB病毒影响肿瘤进展的可能机制,有助于促进对于上皮性恶性肿瘤中EB病毒感染在癌变中作用的理解。
赵爽[2](2021)在《基于转录组测序分析的鼻咽癌相关EB病毒变异亚型及预后模型的研究》文中研究说明背景:EB病毒(Epstein-Barrvirus,EBV)广泛感染人类,引发多种疾病包括恶性肿瘤,其中与鼻咽癌发病密切相关——在约98%的鼻咽癌患者的肿瘤组织中,可以检测到EBV的核酸。目前,已有多种EBV毒株的基因序列发表,不同肿瘤来源的EBV毒株携带不同的基因变异。EBV的变异可能在其致瘤过程中发挥作用,从而影响特定类型肿瘤的生物学行为。然而,对与鼻咽癌相关的EBV基因变异尚缺乏系统性研究。鼻咽癌是一种具有高度侵袭性和转移性的恶性肿瘤,目前,TNM分期系统是鼻咽癌治疗决策和预后评估的主要依据。然而,该系统对于评估鼻咽癌预后的价值有限,已经不能完全满足临床需求。目的:这一博士学位课题的研究工作基于转录组测序数据分析,目的有二,①发现、鉴定与鼻咽癌相关的EBV基因变异,解析不同EBV亚型与鼻咽癌临床特征的关系,初步揭示鼻咽癌相关EBV基因变异的生物学功能。②筛选、构建鼻咽癌预后分子模型。方法:本项研究共纳入两组鼻咽癌患者;第一组67个病例,主要参加转录组测序及相关分析;第二组32个病例,主要参加EBV基因变异的验证分析。此两组鼻咽癌病例互为独立样本。针对第一组67例鼻咽癌患者的肿瘤和癌旁组织进行转录组测序。对测序数据进行生物信息学分析,从中发现鼻咽癌相关EBV的基因变异。采用RNA原位杂交技术BaseScope联合免疫组化共染色的方法,在第二组32例鼻咽癌组织样本中对测序发现的EBV基因变异进行验证。将上述在鼻咽癌中发现、鉴定的EBV变异位点,与公共数据中非鼻咽癌来源的EBV序列进行聚类分析;从中找出鼻咽癌相关的EBV亚型,并分析不同病毒亚型与鼻咽癌患者临床特征及预后的关系。另外,采用常规细胞分子生物学方法,建立稳定表达上述EBV变异基因的鼻咽癌细胞株,通过体外实验探索鼻咽癌相关EBV变异基因的基本生物学功能。构建鼻咽癌预后分子模型的工作,从第一组参加转录组测序的67例鼻咽癌患者之中选择随访信息完善的60例入组,分为“复发转移组”和“非复发转移组”两组。通过对测序数据的分析,采用随机森林和极限梯度提升的机器学习方法,筛选出宿主的与鼻咽癌预后相关的特征基因。基于这一组特征基因,进一步采用Cox 比例风险回归模型构建鼻咽癌预后模型。继而采用GSEA和相关性分析,评价该模型的医学生物学功能。结果:①转录组测序结果显示,入组的鼻咽癌组织中存在EBV基因变异。其中,EBER2和LMP2基因具有最高的变异频率,分别在65/66和64/66例鼻咽癌组织中被检测到。②采用BaseScope和免疫组化共染技术,在独立样本32个鼻咽癌病例中以单细胞原位的方式验证了测序检出的EBER2的变异;并且证明携带病毒变异的细胞为肿瘤(上皮)细胞,而不是肿瘤组织中的浸润免疫细胞,由此明确了 EBV变异活跃转录的组织细胞来源。③根据EBER2的变异位点,将测序获得的EBV序列与已发表的EBV序列进行聚类分析,可将EBV分为两种亚型:EB-1和EB-2。其中,根据EBER2 7123位点,可进一步将EB-2细分为A>T和A>G两种亚型。EB-1基因型EBV显着富集于鼻咽癌(卡方检验,p<0.0001);而EB-2亚型富集于中国北方鼻咽癌患者,且与肿瘤T分期相关(卡方检验,p<0.05)。生存分析显示,相较于EB-1亚型和EB-2-A>G,感染EB-2-A>T亚型EBV的患者预后最差(Log-rank,p=0.026)。④结合宿主mRNA表达谱数据进行差异表达基因分析和富集分析发现,EB-1和EB-2亚型参与影响宿主细胞不同的生物学过程。其中,EB-1亚型主要激活“Epithelial mesenchymal transition”,而 EB-2 亚型则主要激活“MYC targets v1”等。⑤针对另一个发生高频率变异的病毒基因LMP2变异的体外实验分析发现,相较于对照组,变异的LMP2B有显着促进鼻咽癌细胞增殖、迁移,抑制凋亡的作用。构建鼻咽癌预后分子模型的工作,对于转录组测序数据重点关注宿主的基因表达。⑥采用机器学习方法筛选出“复发转移组”和“非复发转移组”之间的特征基因,共 13 个:CES4A、GIMAP1.GIMAP5、GLB1L、LGR5、LOC730098、MLF1、MTHFD1L、MYLPF、NUP160、SIRPB1、TCN2、TMEM265、U2AF1L5。⑦基于这些特征基因构建Cox风险比例模型,得到一个4-mRNA signature,包括U2AF1L5、TMEM265、GLB1L和MLF1基因。根据这一模型计算每个患者的风险评分,并将患者分为高风险组和低风险组。⑧Kapan-Meier生存曲线和ROC曲线分析显示,这一预后模型能较好地评估鼻咽癌患者的预后,高风险组患者预后显着差于低风险组(Log-Rank,总生存:p=0.00126,无病生存:p=0.000059)。这一 4-mRNA signature在评估患者总生存以及无病生存的效果(AUC分别为0.893和0.86,)优于T分期(AUC为0.619和0.538)及N分期(AUC:0.582和0.622)。⑨多因素Cox分析结果显示,风险评分是鼻咽癌的独立预后因素(总生存,HR=14.501,p=0.012,无病生存:HR=13.752,p<0.001)。⑩GSEA 富集分析发现 4-mRNA signature 与细胞增殖和宿主免疫应答密切相关。结论:鼻咽癌组织中存在EBV基因变异。其中EBER2和LMP2基因具有最高的变异频率。鼻咽癌组织内发生基因变异的EBV存在于肿瘤细胞而非浸润免疫细胞中。根据EBER2的变异模式,可将EBV分为两种亚型:EB-1和EB-2;它们与鼻咽癌患者的临床特征、预后相关,并可能与宿主发生不同的相互作用。通过对转录组数据的分析挖掘,构建了包含4个基因的4-mRNA signature模型,可用于鼻咽癌预后评估。
郭伟茜[3](2021)在《鼻咽癌相关非编码RNA的筛选和生物信息学分析》文中指出第一部分鼻咽癌相关miRNA-mRNA调控网络的筛选和生物信息学分析目的:基于生物信息学分析构建鼻咽癌微小核糖核酸(miRNA)调控网络从而筛选与鼻咽癌发病相关的标志物。方法:(1)从基因表达数据库(GEO)数据库下载鼻咽癌miRNA芯片数据GSE70970和基因芯片数据GSE12452,通过R软件筛选出差异表达的miRNA和mRNA。(2)通过Fun Rich软件和R软件分别对差异表达的miRNA和mRNA进行功能富集分析。(3)通过Fun Rich软件预测差异miRNA的转录因子及靶基因,将靶基因与差异基因取交集获得核心基因,并通过Cytoscape软件构建miRNA-mRNA调控网络。(4)通过KM plotter数据库对核心基因进行生存分析。结果:(1)数据集GSE70970和GSE12452通过R软件一共筛选出了47个差异表达miRNA和797个差异表达基因。(2)功能富集分析表明差异表达的miRNA主要参与信号转导、转录调控等过程,差异表达基因主要参与细胞因子受体相互作用、细胞周期、小细胞肺癌等信号通路。(3)差异表达miRNA的靶基因与差异表达基因取交集后一共筛选出23个核心基因,构建了miRNA-mRNA调控网络。(4)生存分析显示其中4个核心基因对鼻咽癌患者的预后有影响(P<0.05),包括多聚磷酸肌醇磷酸酶1(MINPP1)、锌指环指蛋白3(ZNRF3)、纤毛顶结构蛋白(SNTN)、β微管蛋白2A(TUBB2A),其相对应的miRNA分别为miR-199b-5p,miR-520e,miR-107和miR-421。结论:通过构建miRNA-mRNA调控网络同时结合生存分析,筛选鼻咽癌相关的分子标志物,为鼻咽癌诊断、治疗提供检测靶点。第二部分基于生物信息学分析circPVT1在鼻咽癌中的分子机制研究目的:基于生物信息学分析建立环状RNA PVT1(circPVT1)在鼻咽癌中潜在的调控网络,探索其下游分子在鼻咽癌(NPC)中的表达和临床意义,为下一步研究鼻咽癌的分子机制指引新方向。方法:(1)先通过实时荧光定量PCR(q RT-PCR)检测circPVT1在鼻咽癌细胞中的RNA水平,再通过Circular RNA Interactome和Circbank数据库探索与circPVT1可能具有潜在调控关系的miRNA,并取得这两个数据库交集部分的miRNA。(2)通过Targetscan和miRDB数据库探索与交集部分miRNA可能具有潜在调控关系的靶基因。(3)鼻咽癌芯片数据GSE12452由GEO数据库中获得,R软件对数据进行差异性分析获得差异表达基因(DEGs),将DEGs与miRNA的靶基因进行相交性分析后获得核心基因,使得鼻咽癌的circ RNA-miRNA-mRNA调控网络被建立起来。(4)通过KM plotter数据库分析核心基因的表达对鼻咽癌患者总体生存的影响。(5)通过q RT-PCR检测miRNA和核心基因在鼻咽癌细胞和正常细胞中的RNA水平。结果:(1)通过RNA水平检测发现circPVT1在鼻咽癌细胞中高表达(P<0.05),通过Circular RNA Interactome和Circbank数据库预测miR-526b-5p可能与circPVT1具有潜在调控关系。(2)通过Targetscan和miRDB数据库一共筛选出了432个miR-526b-5p下游的靶基因。(3)数据集GSE12452通过差异表达分析筛选出了797个DEGs,其中包括291个上调基因和506个下调基因,将上调基因与miR-526b-5p的靶基因取交集后获得8个核心基因,然后建立circ RNA-miRNA-mRNA调控网络。(4)生存分析发现其中2个核心基因高表达时鼻咽癌患者的总体生存率(OS)降低,包括小窝蛋白1(CAV1)和脂蛋白酯酶(LPL)(P<0.05)。(5)通过q RT-PCR研究发现CAV1在鼻咽癌细胞中的表达高于其在正常鼻咽上皮细胞中的表达(P<0.05),miR-526b-5p在两种细胞中的表达情况与之相反(P<0.05),而LPL在两种细胞中的表达无显着差异(P>0.05)。结论:(1)通过综合分析多个数据库建立了circPVT1-miRNA-mRNA调控网络。(2)生存分析揭示了核心基因CAV1和LPL的表达对鼻咽癌患者的生存不利,可能成为有研究前途的鼻咽癌预后的标志物。(3)circPVT1和CAV1在鼻咽癌细胞中高表达,miR-526b-5p在鼻咽癌细胞中低表达,这些分子可能是驱动鼻咽癌进展的新调控分子,为下一步探索鼻咽癌发病的分子机制指引了方向。
霍少芬[4](2020)在《EBV-EBNA1通过募集Treg细胞构建鼻咽癌免疫抑制微环境的机制研究》文中指出研究背景及研究目的:鼻咽癌是一种起源于鼻咽上皮并好发于广东地区的恶性肿瘤,EBV感染是鼻咽癌发生、发展过程中的重要病原学因素。EBNA1是EBV编码的核抗原,在EBV基因组的维持、复制、有丝分裂后的EBV基因组分离等方面起着关键作用。EBNA1在所有EBV相关性疾病中均表达,为宿主细胞提供生存能力。然而,EBNA1抗原蛋白在鼻咽癌构建免疫抑制微环境中发挥何种作用?Treg细胞是限制抗肿瘤免疫反应的重要因素,然而Treg细胞是如何募集到鼻咽癌微环境中构建抑制性免疫微环境的机制尚不明确,本课题将就此切入点进行深入探讨。研究方法及研究内容:原位杂交(ISH)检测组织EBER以明确EBV感染;二代测序(NGS)及生物信息学分析筛选EBNA1过表达前后的差异表达基因;qRT-PCR、WB、IHC、transwe11、流式细胞术、裸鼠成瘤实验在体内、体外及患者组织水平验证EBV-EBNA1-TGFβ 1-SMAD3-PI3K-AKT-c-JUN-miR-200a-CXCL12-CXCR4 反馈环路调控Treg细胞向鼻咽癌微环境趋向性迁移;共聚焦共定位分析和Co-IP实验验证SMAD3和c-JUN形成蛋白复合体介导TGF β1信号;ChIP实验和双荧光素酶报告实验验证c-JUN作用于miR-200a启动子;双荧光素酶报告实验还用于验证miR-200a靶向CXCL12 3’UTR;肝癌裸鼠成瘤实验及C57BL/6小鼠成瘤实验验证CXCL12-CXCR4-Treg轴构建抑制性免疫微环境的作用在实体瘤中具有普遍适用性。研究结果:1、EBNA1表达水平与鼻咽癌Treg细胞浸润密度呈正相关关系;EBNA1高表达是鼻咽癌构建免疫抑制微环境和预后不良的重要预测指标。2、EBNA1通过激活TGF β 1-SMAD3通路促进Treg细胞向鼻咽癌微环境迁移。3、EBV-EBNA1-TGF β 1-SMAD3轴通过抑制miR-200a来募集Treg细胞构建鼻咽癌免疫抑制微环境。4、miR-200a直接靶向调控CXCL12 3’UTR区域,并与CXCL12形成CXCL12-miR-200a-CXCL12负性反馈调控环路,共同调节Treg细胞趋向性迁移。5、c-JUN直接靶向抑制miR-200a启动子区域并与CXCL12互为正性调控。EBNA1通过 CXCL12-PI3K-AKT-c-JUN-miR-200a-CXCL12反馈调控环路调节 Treg 细胞募集,构建以Treg细胞介导的免疫抑制微环境。6、TGFβ 1通过促进c-JUN表达及增强SMAD3/c-JUN蛋白-蛋白复合体的相互作用程度来抑制miR-200a转录。7、TGF β 1以miR-200a依赖性方式正性调控CXCL12表达及由CXCL12介导的Treg细胞趋向性迁移。8、CXCL12通过上调Treg细胞的CXCR4受体来招募Treg向鼻咽癌微环境富集,且CXCL12-CXCR4-Treg轴在实体瘤免疫抑制微环境的构建中具有普遍适用性。研究结论:EB病毒EBNA1 抗原蛋白通过上调鼻咽癌细胞内部的TGF β1-SMAD3-PI3K-AKT-c-JUN-CXCL12 信号轴及抑制 miR-200a 表达,并诱导 Treg 细胞表面的CXCR4受体表达上调,增强由CXCL12-CXCR4配体受体调控轴介导的趋化作用,从而促进Treg细胞向鼻咽癌微环境迁移,形成了 EBV-EBNA1-TGFβ1-SMAD3-PI3K-AKT-c-JUN-miR-200a-CXCL12-CXCR4-Treg 这种病毒—肿瘤-免疫三位一体的反馈调控机制,构建以Treg细胞介导的免疫抑制微环境,促进鼻咽癌免疫逃逸。本研究创新性:我们发现并证明了 EB病毒如何建立病毒-肿瘤-免疫三位一体的反馈调控机制为鼻咽癌创造免疫抑制微环境,促进鼻咽癌免疫逃逸。
韩艳艳[5](2020)在《PIK3CA基因在鼻咽癌发生发展及放疗抵抗中的作用机制研究》文中进行了进一步梳理目的:分析PIK3CA基因在鼻咽癌组织中表达差异及表观遗传学甲基化水平,阐述鼻咽癌组织中PIK3CA表达与鼻咽癌临床恶性表型、预后的关系;探讨PIK3CA表达模式对于鼻咽癌细胞增殖、迁移、侵袭等生物学行为的影响。在此基础上进一步探究PIK3CA上游调控PVT1/mi R-515-5p-PIK3CA轴对鼻咽癌细胞增殖、凋亡和放疗抵抗的作用及其内在调控机制,为揭示鼻咽癌发生发展及放疗抵抗分子机制和个体化治疗靶点的筛选奠定科学基础。方法:第一部分:(1)组织水平,利用免疫组织化学SP染色法检测鼻咽癌及鼻咽正常粘膜组织标本PIK3CA表达水平差异,并分析鼻咽癌组织内PIK3CA表达水平与临床病理参数间的相关性,采用Kaplan-Meier法分析PIK3CA表达水平对鼻咽癌预后的影响;(2)体外细胞水平通过特异性si RNA转染鼻咽癌细胞下调PIK3CA表达,检测PIK3CA表达水平对鼻咽癌细胞增殖、侵袭、迁移等细胞功能的影响;(3)利用焦磷酸盐测序法检测鼻咽癌及正常鼻咽粘膜组织中PIK3CA基因启动子区甲基化水平差异。第二部分:(1)利用star Base生物信息学分析预测PIK3CA和mi R-515-5p之间的潜在靶位点,构建载有mi R-515-5p结合位点PIK3CA 3’UTR的野生型序列插入p GL3载体,采用双荧光素酶报告基因验证mi R-515-5p调控PIK3CA基因表达结合位点,并通过抗Ago2进行RIP检测并分析mi R-515-5p与PIK3CA的相互作用。(2)组织水平利用q RT-PCR法检测鼻咽癌和正常鼻咽粘膜组织中PIK3CA的m RNA表达水平,并在细胞水平采用western blot法分析PIK3CA基因在鼻咽癌细胞系及正常鼻咽粘膜细胞系中蛋白表达差异;并采用western blot法分析mi R-515-5p敲减后的NPC细胞中PIK3CA蛋白表达调控。(3)用CCK8法检测转染PIK3CA+mi R-515-5p的NPC细胞监测细胞增殖趋势。采用细胞克隆形成实验及流式细胞仪分析不同辐照剂量(0、2、4、6、8 Gy)下转染PIK3CA+mi R-515-5p的NPC细胞相较PIK3CA的存活分数及凋亡情况,并通过western blot法检测不同辐照剂量(0和8Gy)下以上两种细胞的细胞周期蛋白D1和Bax的蛋白水平,从而揭示mi R-515-5p调控PIK3CA对鼻咽癌细胞放疗抵抗水平影响。第三部分:(1)组织水平采用q RT-PCR检测NPC和正常组织中PVT1的表达及不同TNM分期的PVT1表达差异,并分析其表达与预后相关性;细胞水平采用q RT-PCR检测正常粘膜细胞系和NPC细胞系中的PVT1水平差异。(2)采用携带sh RNA的慢病毒转染敲减PVT1,通过q RT-PCR验证PVT1的敲减效率;使用CCK8法评估PVT1表达对细胞增殖水平影响。进行细胞克隆形成能力检测、细胞周期蛋白检测、流式细胞仪检测及western blot法,分析鼻咽癌细胞在不同辐照剂量(0,2,4,6,8Gy)下的存活分数、凋亡情况及细胞周期蛋白水平。(3)用star Base预测了PVT1与mi R-515-5p结合位点;采用双荧光素酶报告基因和抗Ago2法进行混合靶点阳性候选基因的单靶点验证。构建慢病毒载体,采用q RT-PCR评估NPC组织和细胞中转染mi R-515-5p和PVT1表达调控关系。(4)采用CCK8法检测转染mi R-515-5p、mi R-515-5p+PVT1的鼻咽癌细胞增殖情况,采用细胞克隆形成实验及流式细胞仪分析不同辐照剂量下(0、2、4、6、8 Gy)转染PVT1+mi R-515-5p的NPC细胞相较PIK3CA的存活分数及凋亡情况,并通过western blot法检测不同辐照剂量下(0和8 Gy),以上两种细胞的细胞周期蛋白D1和Bax的蛋白水平,从而揭示PVI1调控mi R-515-5p对鼻咽癌细胞放疗抵抗水平影响。(5)通过western blot检测转染sh-PVT1、sh-PVT1+Anti-mi R-515-5p的鼻咽癌中PIK3CA、AKT和p-AKT的蛋白质水平,确定PVT1/mi R-515-5p-PIK3CA轴调节关系。(6)为了验证PVT1在体内的功能,通过转染sh-PVT1或sh-Control的C666-1细胞建立异种移植小鼠模型,动态监测瘤体在裸鼠皮下成瘤及生长情况,验证PVT1对鼻咽癌细胞在体内生长的影响。结果:第一部分:(1)PIK3CA蛋白在71例鼻咽癌组织中的表达率为81.69%,高于正常鼻咽粘膜组织31.25%,差异具有统计学意义;PIK3CA在鼻咽癌中的表达与鼻咽癌患者的性别、年龄、病理类型、Ki-67等均无统计学相关性,与肿瘤T分期(P=0.000)、N分期(P=0.008)及临床分期(P=0.002)有相关性,经Kaplan-Meier生存曲线分析发现PIK3CA蛋白强表达的鼻咽癌患者的生存率低于低表达及中等表达的患者(Log Rank检验结果:?2=7.995,P<0.05);(2)敲减PIK3CA的si RNA转染鼻咽癌细胞后,MTT实验显示鼻咽癌细胞的增殖活性受抑制;细胞划痕和transwell小室实验显示,CNE1细胞的迁移和侵袭能力在敲减PIK3CA后受到了的抑制(P<0.05)。(3)焦磷酸盐测序检测PIK3CA基因启动子甲基化水平,在启动子区发现4个甲基化位点,其中3个位点鼻咽癌组甲基化水平高于正常鼻咽粘膜组织组(P<0.05)。第二部分:(1)利用star Base预测mi R-515-5p和PIK3CA之间的潜在靶位点,双荧光素酶报告基因和RIP检测证实了mi R-515-5p是通过该结合位点调控鼻咽癌细胞中PIK3CA基因的表达;使用western blot法分析其调控关系,结果显示转染mi R-515-5p的鼻咽癌细胞较正常鼻咽粘膜细胞中PIK3CA的蛋白水平下调(P<0.05),提示mi R-515-5p在体外负性调控PIK3CA的表达。(2)CCK8法检测结果提示,转染mi R-515-5p后鼻咽癌细胞较PIK3CA组增殖下降(P<0.05),提示mi R-515-5p逆转了PIK3CA对细胞增殖的促进作用。(3)转染mi R-515-5p后,鼻咽癌细胞随辐射量的增加细胞存活分数降低,PIK3CA组较对照组存活分数下降幅度小,差异具有统计学意义(P<0.05),PIK3CA促进鼻咽癌细胞的放疗抵抗,mi R-515-5p的上调逆转了PIK3CA诱导的对放疗抵抗的增强作用。流式细胞仪和western blot检测结果提示,PIK3CA过表达可抑制放疗导致的NPC细胞凋亡(P<0.05),而转染mi R-515-5p后PIK3CA抑制放射线所致的凋亡作用被消除(P<0.05)。综上所述,PIK3CA促进NPC细胞的增殖和放疗抵抗,抑制NPC细胞的凋亡,而mi R-515-5p在调节NPC细胞增殖、凋亡和放疗抵抗中与PIK3CA起着相反的作用。第三部分:(1)组织水平,与配对正常对照组织相比,NPC组织中PVT1上调,晚期(III+IV)的PVT1表达水平高于早期(P<0.05);而细胞水平,鼻咽癌中PVT1较鼻咽上皮细胞中上调,PVT1水平越高,细胞存活率越低(P<0.05),以上结果提示PVT1可能是鼻咽癌的癌基因,其高表达导致了NPC的预后不良。(2)通过sh-PVT1瞬时转染鼻咽癌细胞,细胞增殖CCK8试验提示鼻咽癌细胞中PVT1下调抑制NPC癌细胞的增殖;细胞克隆形成实验显示,细胞随辐照剂量(0,2,4,6,8Gy)的增高sh-PVT1组较sh-Control组存活分数下降(P<0.05),提示敲减PVT1后明显促进NPC细胞的辐射敏感性。流式细胞仪和western blot法检测发现,不同辐照剂量(0和8 Gy)下PVT1敲减后鼻咽癌细胞凋亡率升高,sh-Control组较sh-PVT1组细胞周期蛋白D1的增加、Bax水平的下降(P<0.05),PVT1沉默降低了细胞周期蛋白D1的水平,增加了放疗后Bax在NPC细胞中的表达。综上所述,敲减PVT1在体外抑制NPC细胞的增殖和放疗抵抗,并诱导细胞凋亡。(3)通过star Base发现mi R-515-5p载有PVT1的靶位点,双荧光素酶报告基因和RIP检测证实mi R-515-5p是PVT1的靶点。经q RT-PCR证实mi R-515-5p在体外受到NPC细胞中PVT1的负调控。(4)CCK8法检测结果提示,鼻咽癌细胞转染mi R-515-5p后增殖水平下降(P<0.05),但转染mi R-515-5p+PVT1后的鼻咽癌细胞较mi R-515-5p组增殖增加(P<0.05),PVT1的表达逆转mi R-515-5p对细胞增殖抑制。克隆形成实验及流式细胞仪检测同样提示,PVT1通过反向调控mi R-515-5p的作用,促进NPC细胞的增殖和放疗抵抗,抑制NPC细胞的凋亡。(5)经western blot检测发现,在鼻咽癌细胞水平,sh-PVT1组较对照组PIK3CA和p-AKT的蛋白质表达水平低(P<0.05),PVT1的下调降低了PIK3CA和p-AKT的水平;转染sh-PVT1+Anti-Control组较sh-PVT1+Anti-mi R-515-5p组逆转了这种作用(P<0.05)。结果表明,通过与NPC细胞中mi R-515-5p相互作用,PVT1在体外诱导了AKT通路。(6)裸鼠异种移植瘤模型实验证实,敲减PVT1在体内通过与PIK3CA发生作用,抑制了肿瘤的生长。结论:(1)PIK3CA蛋白在鼻咽癌组织中高表达,并与鼻咽癌的不良预后相关,PIK3CA基因表达下调能抑制鼻咽癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力;鼻咽癌中PIK3CA存在异常甲基化,且其甲基化水平高于鼻咽正常粘膜组织。(2)mi R-515-5p在体外靶向调控PIK3CA,并负性调节PIK3CA的表达。PIK3CA促进NPC细胞的增殖及放疗抵抗,抑制了NPC细胞的凋亡,而Mi R-515-5p逆转了PIK3CA的作用。(3)PVT1在NPC组织中高表达,并与NPC的不良预后相关。mi R-515-5p是PVT1的靶点,并且在体外受到NPC细胞中PVT1的负调控。PVT1通过与mi R-515-5p相互作用,促进NPC细胞的增殖和放疗抵抗,抑制NPC细胞的凋亡。在体外PVT1通过与NPC细胞中mi R-515-5p相互作用,诱导了AKT通路,促进鼻咽癌细胞增殖和放疗抵抗。敲减PVT1在体内通过与PIK3CA发生作用,抑制了肿瘤的生长。PVT1/mi R-515-5p-PIK3CA轴能够促进肿瘤细胞增殖、侵袭和迁移,并诱导鼻咽癌细胞放疗抵抗,导致鼻咽癌预后不良,本研究为鼻咽癌的发病机制和个体化靶向治疗关键分子筛查提供了新的靶点和思路。
欧阳颖[6](2020)在《向心组装蛋白STIL基因敲除用于鼻咽癌治疗的探索研究》文中提出鼻咽癌是一种发生在鼻咽粘膜内层的上皮性癌,发作多由EBV感染、遗传易感性以及环境等多因素引发的。鼻咽癌的全球分布极其不平衡,尽管鼻咽癌的发生率和致死率在逐渐下降,但鼻咽癌仍然是中国最常见的原发恶性肿瘤之一。目前鼻咽癌的治疗主要以放化疗为主,分子靶向治疗和免疫治疗为辅。放化疗联合分子靶向治疗的方案,明显的提高了鼻咽癌晚期患者的存活率,提示了我们分子靶点在鼻咽癌治疗中的重要作用。前期研究中我们使用m RNA芯片鉴定了20个可能在鼻咽癌增殖中发挥重要作用的基因,高通量sh RNA筛选和q PCR验证结果表明STIL对鼻咽癌细胞增殖率的影响最大。STIL敲除的CNE-2Z细胞生物学特性分析结果表明STIL敲除抑制了细胞的增殖和诱导细胞凋亡,且影响了细胞周期。本研究进一步研究STIL对鼻咽癌增殖、侵袭和远处转移的影响,可能有助于开发以STIL为靶点的新治疗策略或更准确的预后预测。在前期研究的基础上,我们分析了肿瘤基因组图谱(TCGA)公共数据库中STIL基因与多种肿瘤类型的关系,并在动物水平上进一步验证了前期的结论。再对STIL敲除的CNE-2Z细胞进行了转录组芯片的检测,包括STIL相关差异基因的分析以及细胞侵袭迁移能力测定。还对鼻咽癌转移样本的血清进行了质谱检测及差异蛋白的ELISA测定。结果如下:1)TCGA数据库的STIL基因表达分析表示,STIL在多种肿瘤如鼻咽癌、多形性胶质母细胞瘤等中均表达上调,生存率分析表示STIL的高表达导致了肾透明细胞癌(p=0.00024)和肝脏肝细胞癌(p=0.0003)的不良预后。2)BALB/c小鼠成瘤实验中,sh STIL组的小鼠肿瘤平均重量为0.116g,sh Ctrl组的小鼠肿瘤重量为1.117g,sh STIL组的小鼠肿瘤比sh Ctrl组的体积小且重量轻,表明STIL的敲除抑制了肿瘤的生长;3)sh STIL细胞转录组分析构建差异基因的相互作用网络,包括ITGA2、ITGAV、SMAD2、JAK1、PTEN五个基因。Western Blot检测以上基因的蛋白表达,均发现表达下调。q PCR检测以上基因的m RNA表达,发现ITGA2、SMAD2、JAK1、CD44、ITGAV均表达下调,PTEN表达上调;4)用sh Ctrl细胞做校正,sh STIL细胞的转移侵袭能力分别为0.1和0.16,细胞的侵袭迁移能力受到显着的抑制(p<0.05);5)质谱分析筛选出鼻咽癌转移样本血清中8个差异蛋白,对HBD、KRT1以及SERPINA4蛋白进行了ELISA检测,未发现蛋白有显着差异,与数据分析结果不一致,后续需进一步验证。综上所述,我们的研究证实STIL是促进鼻咽癌增殖、转移和侵袭的关键调控因子,为鼻咽癌的分子机制研究提供了思路,并提出了一种新的治疗策略。
徐文瑞[7](2020)在《侵袭转移相关标志物ELMO1、ROCK1和ROCK2在鼻咽癌组织中的表达及临床意义》文中进行了进一步梳理目的细胞迁移是通过多种蛋白相互协作调控完成的,是癌细胞侵袭性和转移性的基础。近年的研究发现吞噬和运动蛋白1(Engulfment and cell motility 1,ELMO1)、Rho相关卷曲螺旋形蛋白激酶1(Rho-associated coiled coil-containing protein kinase 1、ROCK1)和Rho相关卷曲螺旋形蛋白激酶2(Rho-associated coiled coil-containing protein kinase 2,ROCK2)在细胞迁移中发挥重要的信号传递作用,并与肺癌、肝癌、胃癌等恶性肿瘤的侵袭性、转移性相关。在鼻咽癌方面,上述蛋白研究尚少。本研究通过检测ELMO1、ROCK1、ROCK2在鼻咽癌组织中的表达情况,分析其与鼻咽癌临床病理特征之间的关系,初步探讨ELMO1、ROCK1、ROCK2的表达水平是否与鼻咽癌的发生、发展及侵袭转移过程存在联系,期望为鼻咽癌的诊疗及预后提供新的依据。方法实验组:收集2015年10月至2019年10月在青岛大学附属医院耳鼻咽喉头颈外科行鼻咽部活检并诊断为鼻咽癌的病理组织石蜡标本65例。对照组:收集同期诊断为慢性鼻咽炎的组织石蜡标本28例。应用免疫组化链霉菌抗生物素蛋白-过氧化物酶连结(Streptavidin-perosidase,SP)染色法检测ELMO1、ROCK1、ROCK2在鼻咽癌组与对照组中的表达情况。采用SPSS 26.0 for Mac统计软件对数据进行处理,分析鼻咽癌组与对照组ELMO1、ROCK1、ROCK2表达情况以及上述蛋白与鼻咽癌患者的性别、年龄、T分级、有无颈淋巴结转移等临床特征之间的关系,并对鼻咽癌患者进行生存分析。结果1.ELMO1、ROCK1、ROCK2在鼻咽癌组的阳性率高于对照组的阳性率,差异有统计学意义(χ2=21.343,P<0.05;χ2=19.323,P<0.05;χ2=9.347,P<0.05)。2.在T分级方面,ELMO1、ROCK2在鼻咽癌组T3、T4病变组织的阳性率高于T1、T2病变组织的阳性率,差异存在统计学意义(P<0.05;χ2=5.149,P<0.05);ROCK1在T1、T2的阳性率为71.7%,在T3、T4的阳性率为78.9%,差异无统计学意义(χ2=0.085,P>0.05)。3.在颈淋巴结转移方面,ELMO1、ROCK1、ROCK2在发生颈淋巴结转移的鼻咽癌的阳性率高于未发生颈淋巴结转移的阳性率,差异存在统计学意义(χ2=6.871,P<0.05;χ2=6.414,P<0.05;χ2=7.017,P<0.05)。4.在临床分期方面,ELMO1、ROCK1、ROCK2在鼻咽癌组III、IV期病变组织的阳性率高于I、II期病变组织的阳性率,差异有统计学意义(χ2=6.904,P<0.05;χ2=4.392,P<0.05;χ2=25.147,P<0.05)。5.生存分析结果提示,应用Kaplan-Meier生存曲线估算的ROCK2阳性表达的鼻咽癌患者0.5年、1年、3年无病生存率高于阴性表达患者的无病生存率,差异存在统计学意义(χ2=6.221,P<0.05)。虽然ELMO1、ROCK1阳性表达的鼻咽癌患者0.5年、1年、3年无病生存率高于阴性表达患者的无病生存率,但差异不存在统计学意义(χ2=2.969,P>0.05;χ2=2.888,P>0.05)。6.ELMO1、ROCK1、ROCK2的阳性表达与鼻咽癌组患者的性别无关(χ2=0.975,P>0.05;χ2=1.171,P>0.05;χ2=0.595,P>0.05),与年龄无关(P>0.05;χ2=1.789,P>0.05;χ2=0.176,P>0.05)。结论1.ELMO1、ROCK1、ROCK2在鼻咽癌组织中呈阳性表达。2.ELMO1、ROCK1、ROCK2的表达水平与鼻咽癌是否发生颈淋巴结转移和临床分期相关;ELMO1、ROCK2的表达水平与鼻咽癌的T分级有相关性。3.ROCK2与鼻咽癌患者预后有一定关系。4.ELMO1、ROCK1、ROCK2可作为肿瘤标志物,用于观察鼻咽癌的侵袭性、转移性。
冯睡,尹金淑,谢洪,姬巍,刘艾竹,彭洪[8](2020)在《血清EGFL7、MTA1表达与鼻咽癌患者临床特征及预后的关系》文中提出目的探究鼻咽癌患者血清表皮生长因子样结构域7(EGFL7)、肿瘤转移性相关基因1(MTA1)蛋白表达及与临床特征及预后的相关性。方法选取本院2014年1月至2016年1月收治的鼻咽癌患者病毒组织60例,其中转移患者22例作为转移组,未转移患者38例作为未转移组,以同期20例正常鼻咽部组织作为对照组,对比3组血清EGFL7、MTA1蛋白水平、微血管密度(MVD)、淋巴管密度(LVD)水平,比较不同临床特征患者EGFL7、MTA1水平,Spearman相关性分析血清EGFL7、MTA1蛋白与MVD、LVD相关性,Kaplan-meier生存函数分析EGFL7、MTA1与患者预后的关系。结果 3组血清EGFL7、MTA1蛋白及MVD、LVD水平比较结果:鼻咽癌患者转移组>鼻咽癌患者未转移组>对照组,差异具有统计学意义(P<0.05)。不同性别、年龄、EB病毒相关抗体阴阳性血清EGFL7、MTA1蛋白水平比较,差异无统计学意义(P>0.05);不同TNM肿瘤分期、有无淋巴结转移、浸润深度、分化程度患者血清EGFL7、MTA1蛋白水平比较差异具有统计学意义(P<0.05)。相关性分析结果显示,EGFL7及MTA蛋白分别与MVD、LVD存在显着正相关性(P<0.05)。以鼻咽癌患者血清EGFL7、MTA1平均值为中位数,分为低EGFL7组、高EGFL7组及低MTA1组、高MTA1组,Kaplan-meier生存函数结果显示,低EGFL7组的MST高于高EGFL7组的MST,差异具有统计学意义(P<0.05)。低MTA1组MST高于高MTA1组的MST,差异有统计学意义(P<0.05)。结论血清EGFL7、MTA1表达水平与鼻咽癌患者临床分期及淋巴结转移存在密切关系,血清EGFL7、MTA1高表达鼻咽癌患者预后较差。
刘祎祎[9](2020)在《EBV-miR-BART22通过靶向MAP2K4促进MYH9/GSK-3β/β-catenin信号通路诱导鼻咽癌顺铂耐药》文中研究指明研究背景与目的鼻咽癌是起源于鼻咽粘膜内膜的一种上皮性的恶性肿瘤。鼻咽癌的恶性程度高,易发生早期器官远处转移及复发。其危险因素包括遗传易感性,环境暴露的空气粉尘污染及EB病毒的感染等。EB病毒是人类疱疹病毒4(HHV4)家族的成员,可以编码丰富的miRNA,在与EB病毒相关的肿瘤中表达丰富,并参与肿瘤的发生发展过程。因此,EB病毒相关重要基因或miRNA及其介导的信号通路研究将有助于进一步揭示鼻咽癌的发病机理过程。肿瘤细胞对化疗药物耐药是肿瘤患者死亡的主要原因。细胞内药物有效浓度的降低、DNA损伤的修复障碍、基因的突变及异常表达、信号转导通路的异常等都参与了肿瘤细胞的多药耐药。在本次研究中,我们确定了 EBV-miR-BART22能够通过MAP2K4/GSK3β/β-catenin信号通路介导的肿瘤干性和EMT信号来诱导顺铂耐药,为鼻咽癌发生发展的分子机制研究提供新思路。研究内容与方法1.利用体内外功能实验探究EBV-miR-BART22在鼻咽癌中的生物学功能及分子机制2.利用生物信息学,双荧光素酶报告实验和Ago2-RIP免疫沉淀检测EBV-miR-BART22 靶基因3.通过EMSA、ChIP、双荧光素酶报告和Western Blot实验检测MAP2K4是否通过下调PI3K/AKT/c-Jun来抑制MYH9表达4.探索MYH9是否调控GSK3β泛素化及激活Wnt/β-catenin通路的机制(1)利用Co-IP和免疫荧光实验检测鼻咽癌细胞中MYH9与GSK3β的相互作用及定位;(2)利用放线菌酮追踪法检测MYH9对GSK3β蛋白半衰期的影响;(3)利用Co-IP实验检测MYH9对GSK3β泛素化的影响;(5)利用免疫荧光实验检测MYH9对β-catenin核浆分离的影响。5.探索MYH9是否可以通过PI3K/AKT/c-Jun调节泛素Ubiquitin表达的机制(1)利用生物信息学,荧光定量PCR,EMSA,ChIP和双荧光素酶实验检测c-Jun是否调节Ubiquitin的转录;(2)Western Blot实验检测在过表达MYH9或加入抑制剂的鼻咽癌细胞中下游蛋白变化;(3)ChIP实验证明加入信号通路抑制剂之后,c-Jun与Ubiquitin的启动子结合量是否有改变;6.利用体外功能实验探究MAP2K4是否拮抗EBV-miR-BART22在鼻咽癌中的生物学功能及其分子机制7.利用体外功能实验探究沉默MYH9是否拮抗EBV-miR-BART22在鼻咽癌中的生物学功能及其分子机制8.分析EBV-miR-BART22,MAP2K4在鼻咽癌组织中的表达量、表达相关性、对预后的影响及与临床病理参数的关系结论(1)EBV-miR-BART22 激活 PI3K/AKT/c-Jun 和 GSK3β/β-catenin 信号通路,促进鼻咽癌细胞干性,侵袭转移以及对顺铂的耐药抵抗;(2)EBV-miR-BART22 直接靶向 MAP2K4;(3)MAP2K4通过下调PI3K/AKT/c-Jun介导的信号通路抑制MYH9转录调控;(4)MYH9与GSK3β相互作用并促进GSK3β蛋白泛素化降解;(5)MAP2K4拮抗EBV-miR-BART22在鼻咽癌中的功能;(6)沉默 MYH9 拮抗 EBV-miR-BART22 的功能;(7)EBV-miR-BART22在鼻咽癌患者组织中呈相对高表达,MAP2K4在鼻咽癌患者组织中呈相对低表达;高表达的EBV-miR-BART22与低表达的MAP2K4的患者预后最差。
吴沛德[10](2020)在《鼻咽解毒颗粒干预EB病毒感染者鼻咽癌变及抑制CNE2裸鼠移植瘤研究》文中研究表明目的:临床研究鼻咽解毒颗粒对EB病毒感染者鼻咽癌变的干预作用;实验研究鼻咽解毒颗粒对鼻咽癌细胞CNE2裸鼠移植瘤的抑制作用。方法:临床研究:以2007年1月至2013年12月中山市中医院门诊、体检、住院首次发现EB病毒抗体阳性者642例作为研究对象,鼻咽解毒颗粒组口服鼻咽解毒颗粒或相应的中药汤剂,抗体阳性期间累计每年服用1月及以上,抗体阴性期间无需服药;未用中药干预组未口服鼻咽解毒颗粒或相应的中药汤剂,只是定期观察。对两组患者追踪观察5年及以上,观察指标包括患鼻咽癌情况、血清EB病毒抗体变化情况等,分析未用中药干预的EB病毒感染者鼻咽癌变率及经鼻咽解毒颗粒干预后的EB病毒感染者鼻咽癌变率。实验研究:鼻咽癌CNE2细胞接种于18只5周龄裸鼠右侧腋窝下部建立人鼻咽癌细胞CNE2裸鼠移植瘤模型,待瘤体积为80mm3—150mm3之间开始分组并用药,随机分成鼻咽解毒颗粒组、顺铂组和阴性对照组,定期测量移植瘤的长径和短径,按公式计算瘤体积;定期称取裸鼠的体重;所有裸鼠均在最后一批裸鼠给药完21天,颈椎脱臼处死,解剖裸鼠,剥取瘤块称重,按公式计算抑瘤率。用免疫组化方法检测瘤体组织Ki67表达水平。用TUNEL法检测瘤体组织调亡情况。结果:EB病毒感染者经5年及以上观察,未用中药干预的男性EB病毒感染者鼻咽癌变率为4.82%,女性为3.95%,经比较未用中药干预的男女EB病毒感染者鼻咽癌变率无显着性差异(P=0.814>0.05)。未用中药干预下,年龄20-29岁EB病毒感染者鼻咽癌变率为4.26%,30-39岁EB病毒感染者鼻咽癌变率为4.67%,40-49岁EB病毒感染者鼻咽癌变率为6.98%,50-59岁EB病毒感染者鼻咽癌变率为5.66%,60岁以上EB病毒感染者鼻咽癌变率为1.33%,经比较,未用中药干预的不同年龄段EB病毒感染者鼻咽癌变率无显着性差异(Kruskal-Wallis χ2=3.096,P=0.542>0.05)。未用中药干预的EB病毒抗体持续阳性的患者鼻咽癌变率为11.29%,EB病毒抗体阳性反复的患者鼻咽癌变率为5.88%,EB病毒抗体阳性转阴的患者鼻咽癌变率为2.60%,经比较未用中药干预的EB病毒不同感染状态的EB病毒感染者鼻咽癌变率有显着性差异(Kruskal-Wallis X2=7.519,P=0.023<0.05)。总体未用中药干预组鼻咽癌变率为4.54%,经鼻咽解毒颗粒干预后鼻咽癌变率为1.12%,两组鼻咽癌变率有显着性差异(P=0.035<0.05)。动物实验显示:移植瘤成功后,经鼻咽解毒中药治疗,并以生理盐水及抗癌药顺铂作为对照,鼻咽解毒颗粒组、顺铂组、阴性对照组瘤重分别为0.28±0.08g、0.21±0.10g、0.40±0.10g,鼻咽解毒颗粒组瘤重显着小于阴性对照组瘤重(P<0.05);顺铂组瘤重显着小于阴性对照组瘤重(P<0.01);鼻咽解毒颗粒组与顺铂组瘤重相比无显着性差异(P>0.05);鼻咽解毒颗粒组、顺铂组的抑瘤率分别为:30.69%、47.25%。鼻咽解毒颗粒可抑制鼻咽癌移植瘤生长。增殖指标Ki67在鼻咽解毒颗粒组、顺铂组、阴性对照组中的表达分别为162.99±46.62、68.18±22.49、217.42±85.15,三组增殖指标Ki67统计显示有显着性差异(Welch=15.559,P=0.002<0.01),两两比较显示鼻咽解毒颗粒组比阴性对照组增殖降低,但无显着性差异(P=0.473>0.05)。TUNEL检测凋亡细胞数在鼻咽解毒颗粒组、顺铂组、阴性对照组中的表达分别为105.47±28.63、280.56±48.44、94.47±17.37,三组凋亡细胞数统计显示有显着性差异(Welch=30.086,P=0.000<0.01),两两比较显示鼻咽解毒颗粒组比阴性对照组调亡增加,但无显着性差异(P=0.844>0.05)。结论:1.EB病毒感染者存在一定的鼻咽癌变风险,癌变率为4.54%,癌变与EB病毒持续感染有关。2.鼻咽解毒颗粒对EB病毒感染者鼻咽癌变有一定的干预作用,可明显降低EB病毒感染者鼻咽癌变率,可为鼻咽癌的一级预防提供服务。3.动物实验证实,鼻咽解毒颗粒可抑制鼻咽癌移植瘤生长。
二、MTA1基因在鼻咽癌中表达与肿瘤转移和EB病毒感染的关系(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、MTA1基因在鼻咽癌中表达与肿瘤转移和EB病毒感染的关系(论文提纲范文)
(1)1、DNA拷贝数异常改变作为膀胱癌预后判断相关分子标志物的研究 2、EB病毒相关上皮性恶性肿瘤中病毒miRNA与宿主相互作用的分子机制及其意义(论文提纲范文)
英语缩略词 |
摘要 |
Abstract |
第一章 DNA拷贝数异常改变作为膀胱癌预后判断相关分子标志物的研究 |
导论 |
1. 膀胱癌概述 |
2. 基因拷贝数变异的生物学意义 |
3. 基因拷贝数变异与恶性肿瘤的关系 |
4. 膀胱癌中的基因拷贝数异常 |
5. 问题与展望 |
6. 本项研究的目的和基本策略 |
结果 |
第一节 本研究入组病例及其临床病理特征 |
1. 膀胱癌肿瘤组织病例 |
1.1 膀胱癌肿瘤组织病例的临床病理特征 |
1.2 膀胱癌肿瘤组织病例随访情况 |
2. 膀胱癌尿样本 |
2.1 膀胱癌尿样本病例的临床病理特征 |
2.2 膀胱癌尿样本病例随访情况 |
第二节 膀胱癌组织中DNA拷贝数异常改变辅助膀胱癌预后判断 |
1. DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的相关性分析 |
1.1 膀胱癌肿瘤组织中的DNA拷贝数异常 |
1.2 膀胱癌肿瘤组织中DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的关系 |
2. DNA拷贝数异常与患者预后的相关性分析 |
2.1 DNA拷贝数异常与非肌层浸润性膀胱癌预后的相关性 |
2.2 DNA拷贝数异常与肌层浸润性膀胱癌预后的相关性 |
3. 基于临床病理风险因素与DNA拷贝数异常的预后预测模型 |
3.1 Cox风险比例回归分析影响膀胱癌患者无瘤生存期的独立预后因素 |
3.2 基于膀胱癌独立预后因素构建预后预测模型 |
3.2.1 构建非肌层浸润性膀胱癌患者预后预测模型 |
3.2.2 构建肌层浸润性膀胱癌患者预后预测模型 |
3.2.3 高风险非肌层浸润性膀胱癌患者预后预测 |
第三节 基于Real-time PCR方法检测膀胱癌术前尿脱落细胞中DNA拷贝数异常改变辅助膀胱癌预后判断 |
1. 膀胱癌患者尿样本中DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的相关性分析 |
1.1 膀胱癌患者术前尿样本中的DNA拷贝数异常改变 |
1.2 术前尿样本中DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的关系 |
2. 膀胱癌患者术前尿样本中DNA拷贝数异常与预后的相关性分析 |
2.1 术前尿样本中DNA拷贝数异常与预后的关系 |
2.2 术前尿样本中DNA拷贝数异常与非肌层浸润性膀胱癌短期肿瘤复发的相关性 |
2.3 构建非肌层浸润性膀胱癌短期肿瘤复发预测模型 |
第四节 基于3D数字PCR方法检测膀胱癌术前尿脱落细胞中DNA拷贝数异常改变辅助膀胱癌预后判断 |
1. 膀胱癌患者术前尿样本中DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的相关性分析 |
1.1 膀胱癌患者术前尿样本中的DNA拷贝数异常改变 |
1.2 术前尿样本中DNA拷贝数异常与临床病理风险因素的关系 |
2. 3D数字PCR与real-time PCR对尿液中拷贝数变异分子的检测效能比较 |
2.1 受试者工作曲线分析比较两者检测效能 |
2.2 构建基于3D数字PCR的术前尿样本诊断模型 |
3. 膀胱癌患者术前尿样本中DNA拷贝数异常与预后的相关性分析 |
3.1 尿样本中DNA拷贝数异常与非肌层浸润性膀胱癌预后的相关性 |
3.2 尿样本中DNA拷贝数异常与肌层浸润性膀胱癌预后的相关性 |
讨论 |
1. 膀胱癌相关分子标志物研究的策略 |
2. 组织中膀胱癌预后相关分子标志物 |
3. 尿液中膀胱癌预后相关分子标志物 |
4. 3D数字PCR在膀胱癌患者尿液检测中的应用 |
5. CEP63、FOSL2及PAQR6的异常改变与肿瘤的关系 |
6. 本项研究的局限性 |
本章小结 |
材料与方法 |
一、研究病例和实验材料 |
1. 膀胱癌患者及其生物学样品 |
2. 生物样品收集、制备和鉴定所需试剂 |
3. 实时荧光定量PCR |
4. 3D数字PCR |
5. 引物序列 |
6. 主要仪器和设备 |
7. 主要分析软件 |
二、实验方法 |
1. 尿沉渣DNA提取 |
2. 实时荧光定量PCR |
3. 扩增产物质量检测 |
4. 引物扩增标准曲线 |
5. 3D数字PCR |
6. 统计学方法 |
第二章 EB病毒相关上皮性恶性肿瘤中病毒miRNA与宿主相互作用的分子机制及其意义 |
导论 |
1. EB病毒概述 |
2. EB病毒相关的上皮性恶性肿瘤 |
3. EB病毒编码基因及其变异与恶性肿瘤的关系 |
4. EB病毒编码的小RNA与恶性肿瘤的关系 |
5. 本项研究的目的和策略 |
结果 |
第一节 EB病毒编码的miRNA在胃癌中的表达及其医学生物学意义 |
一、研究入组病例及其临床病理特征 |
二、EB病毒相关胃癌中病毒及宿主miRNA的表达 |
1. EB病毒相关胃癌中病毒miRNA的表达谱 |
1.1 miRNA芯片质量控制 |
1.2 EB病毒相关胃癌肿瘤组织中病毒miRNA的表达谱 |
1.3 EB病毒相关胃癌细胞系中病毒miRNA的表达谱 |
1.4 EB病毒相关胃癌中高表达的病毒miRNA |
1.5 探索EB病毒相关胃癌中高表达病毒miRNA的靶基因及其功能 |
2. EB病毒相关胃癌中宿主miRNA的表达 |
2.1 EB病毒相关胃癌组织中宿主miRNA的差异表达分析 |
2.2 EB病毒相关胃癌细胞系中宿主miRNA的差异表达分析 |
2.3 EB病毒相关胃癌中与病毒有关的宿主miRNA |
3. EB病毒编码的miRNA与宿主miRNA的相关性分析 |
3.1 探索EB编码的miRNA与宿主细胞miRNA表达的相关性 |
3.2 探索与EB病毒miRNA与相关宿主miRNA结构的相关性 |
3.3 探索与EB病毒相关的宿主miRNA的靶基因及其功能 |
三、EB病毒相关胃癌中病毒miRNA对宿主基因表达的影响 |
1. EB病毒相关胃癌中差异表达的宿主基因 |
1.1 转录组测序EB病毒相关胃癌组织中宿主基因的差异表达 |
1.2 公共数据库中EB病毒相关胃癌组织中宿主基因的差异表达 |
1.3 EB病毒相关胃癌与EB病毒阴性胃癌中宿主基因的差异表达 |
2. 差异表达的宿主基因与病毒miRNA的相关性 |
2.1 从差异表达的宿主基因中筛选病毒与宿主miRNA的共同靶基因 |
2.2 病毒与宿主miRNA共同靶基因KEGG信号通路富集 |
四、EB病毒相关胃癌中病毒miRNA的功能研究 |
1. 瞬时转染后细胞中miR-BART1-3p和miR-BART7-3p的表达变化 |
2. EB病毒miRNA对胃癌细胞增殖能力的影响 |
2.1 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p过表达对细胞增殖能力的影响 |
2.2 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p敲降对细胞增殖能力的影响 |
3. EB病毒miRNA对胃癌细胞周期的影响 |
3.1 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p过表达对细胞周期的影响 |
3.2 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p敲降对细胞周期的影响 |
4. EB病毒miRNA对胃癌细胞迁移能力的影响 |
4.1 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p过表达对细胞迁移能力的影响 |
4.2 miR-BART1-3p及miR-BART7-3p敲降对细胞迁移能力的影响 |
第二节 EB病毒编码的miRNA在鼻咽癌中的表达及其医学生物学意义 |
一、研究入组病例及其临床病理特征 |
二、鼻咽癌中EB病毒miRNA的表达 |
三、鼻咽癌中EB病毒miR-BART7-3p的功能研究 |
1. 瞬时转染后细胞中miR-BART7-3p的表达变化 |
2. miR-BART7-3p对鼻咽癌细胞增殖能力的影响 |
2.1 miR-BART7-3p过表达对鼻咽癌细胞增殖能力的影响 |
2.2 miR-BART7-3p敲降对鼻咽癌细胞增殖能力的影响 |
3. miR-BART7-3p对鼻咽癌细胞周期的影响 |
3.1 miR-BART7-3p过表达对鼻咽癌细胞周期的影响 |
3.2 miR-BART7-3p敲降对鼻咽癌细胞周期的影响 |
4. miR-BART7-3p对鼻咽癌细胞迁移能力的影响 |
4.1 miR-BART7-3p过表达对鼻咽癌细胞迁移能力的影响 |
4.2 miR-BART7-3p敲降对鼻咽癌细胞迁移能力的影响 |
讨论 |
1. 临床相关研究质量控制 |
2. EB病毒相关胃癌中病毒miRNA的研究 |
3. 本项研究中病毒miRNA在EB病毒相关胃癌中的表达及其意义 |
4. 鼻咽癌中病毒miRNA的研究 |
5. 本项研究中病毒miRNA在鼻咽癌中的表达及其意义 |
本章小结 |
材料与方法 |
一、实验材料 |
1. EB病毒相关胃癌患者及其生物学样品 |
2. 鼻咽癌相关患者及其生物学样品 |
3. 临床样品收集、制备和鉴定所需试剂 |
4. 主要试剂盒 |
5. 实时定量荧光PCR试剂 |
6. 细胞培养和miRNA转染 |
7. 常用试剂配制 |
8. 细胞培养用主要器皿 |
9. 主要仪器 |
10. 主要分析软件 |
二、实验方法 |
1. 基因表达谱芯片技术 |
2. 芯片数据读取 |
3. 芯片数据预处理和标准化 |
4. 第二代测序 |
5. miRNA实时定量荧光PCR |
6. 总RNA样品的提取、制备及质量鉴定 |
7. 细胞生物学实验方法 |
参考文献 |
基金资助 |
致谢 |
(2)基于转录组测序分析的鼻咽癌相关EB病毒变异亚型及预后模型的研究(论文提纲范文)
英语缩略词 |
摘要 |
Abstract |
第一章 与鼻咽癌相关的EBV基因变异及其医学生物学功能 |
第一节 导论 |
1.EBV概述 |
1.1 EBV的基本生物学特征 |
1.2 EBV潜伏感染 |
1.3 EBV潜伏基因 |
2 鼻咽癌概述 |
3.鼻咽癌中EBV基因的变异 |
4.本项研究的目的和基本策略 |
第二节 结果 |
1.纳入转录组测序分析的鼻咽癌病例入组及其基本特征 |
2.入组样品的转录组测序分析 |
3.鼻咽癌组织中EBV基因变异的分析 |
3.1 鼻咽癌组织中EBER2和LMP2携带高频变异 |
3.2 EBER2变异与鼻咽癌 |
4.鼻咽癌中EBER2变异亚型及其临床意义 |
4.1 EBER2亚型与鼻咽癌患者临床特征的关系 |
4.2 EBER2亚型与鼻咽癌患者预后的关系 |
5.EBER变异在鼻咽癌独立样本中的实验验证 |
5.1 在EBV阳性细胞中验证EBER的变异 |
5.2 在鼻咽癌组织中验证EBER的变异 |
5.3 独立样本验证中EBER2亚型分布及与临床表型的关系 |
6.EBER2亚型对应宿主基因的表达分析 |
7.鼻咽癌组织中LMP2B的变异位点 |
8.LMP2B-C666和LMP2B-Raji在鼻咽癌细胞中的生物学功能 |
8.1 稳定表达外源性LMP2B-C666和LMP2B-Raji的鼻咽癌细胞的构建 |
8.2 LMP2B-C666和LMP2B-Raji对鼻咽癌细胞表型的影响 |
8.3 LMP2B-C666的蛋白稳定性 |
9.LMP2B变异与EBER2亚型的关联 |
第三节 讨论 |
1.临床相关研究的质量控制 |
2.以转录组测序数据分析EBV基因变异 |
3.EBER2的变异与鼻咽癌患者预后的关系 |
4.EBER变异的独立样本验证与细胞定位 |
5.LMP2B在鼻咽癌中的生物学功能 |
本章小结 |
第二章 鼻咽癌预后评估模型的建立 |
第一节 导论 |
1.鼻咽癌概述 |
2.与鼻咽癌预后相关的分子标志物 |
3.免疫微环境与鼻咽癌预后的关系 |
3.1 鼻咽癌与免疫治疗 |
3.2 浸润免疫细胞与鼻咽癌预后 |
4.本项研究的目的和基本策略 |
第二节 结果 |
1.鼻咽癌“复发转移组”和“非复发转移组”的特征性基因表达谱 |
1.1 入组的鼻咽癌病例及其临床信息 |
1.2 转录组测序数据的主成分分析(principal component analysis,PCA) |
1.3 机器学习方法筛选两组鼻咽癌病例肿瘤组织的特征基因 |
1.4 两组鼻咽癌患者肿瘤组织中的差异表达mRNA |
2.筛选出的13个特征基因与鼻咽癌预后的关系 |
2.1 13个特征基因与鼻咽癌患者无进展生存的关系 |
2.2 13个特征基因与鼻咽癌患者总生存的关系 |
3.鼻咽癌预后模型的建立 |
3.1 13个特征基因分别对于鼻咽癌预后的影响 |
3.2 多因素Cox比例风险回归模型 |
3.3 4-gene signature预后预测能力的评估 |
3.4 基于4-gene signature的风险评分与其预后能力的关联 |
3.5 基于4-gene signature的风险评分是否为预后的独立因素 |
4.4-gene signature的生物学功能 |
5.肿瘤免疫浸润和鼻咽癌预后的关系 |
5.1 本组鼻咽癌病例肿瘤组织中浸润免疫细胞与鼻咽癌预后的关系 |
5.2 GEO数据中浸润免疫细胞与鼻咽癌预后的关系 |
6.4-mRNA signature表达水平与肿瘤浸润免疫细胞的关系 |
第三节 讨论 |
1.筛选与鼻咽癌预后相关的基因 |
2.干扰素在鼻咽癌发生发展中的作用 |
3.鼻咽癌4-gene signature预后评估模型及其生物学功能 |
4.免疫微环境与鼻咽癌预后的关系 |
本章小结 |
第三章 材料与方法 |
第一节 研究对象和实验材料 |
1.鼻咽癌病例及其组织样品 |
2.细胞系 |
3.菌株和质粒载体 |
4.抗体 |
5.主要试剂与耗材 |
6.细胞培养的器皿 |
7.常用试剂的配制 |
8.主要仪器 |
9.主要分析软件及网站 |
第二节 实验方法 |
1.分子生物学实验方法 |
2.细胞生物学实验方法 |
3.生物学信息分析 |
4.统计学方法 |
参考文献 |
基金资助 |
致谢 |
个人简历 |
(3)鼻咽癌相关非编码RNA的筛选和生物信息学分析(论文提纲范文)
英文缩写词对照表 |
摘要 |
英文摘要 |
1 引言 |
第一部分 鼻咽癌相关miRNA-mRNA调控网络的筛选和生物信息学分析 |
2 研究材料与方法 |
3 结果 |
4 讨论 |
5 结论 |
第二部分 基于生物信息学分析circPVT1 在鼻咽癌中的分子机制研究 |
2 研究材料 |
3 研究方法 |
4 结果 |
5 讨论 |
6 结论 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
综述 环状RNA与肿瘤转移研究进展 |
参考文献 |
(4)EBV-EBNA1通过募集Treg细胞构建鼻咽癌免疫抑制微环境的机制研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
实验材料与实验方法 |
一、实验材料 |
二、实验方法 |
第一章 EBV-EBNA1在鼻咽癌患者中的表达特征、临床病理联系及其与肿瘤浸润性Treg细胞募集的相关性分析 |
一、结果 |
1、临床组织标本中EBV-EBNA1表达丰度的鉴定及其临床病理特征 |
2、临床组织标本中EBV-EBNA1感染状态与肿瘤浸润性Treg细胞募集相关 |
二、讨论 |
第二章 EBV-EBNA1通过激活TGFβ1通路促进Treg细胞向鼻咽癌微环境迁移 |
一、结果 |
1、TGFβ1在EBNA1阳性的鼻咽癌细胞和EBNA1高表达的鼻咽癌组织中表达上调 |
2、磷酸化SMAD3在EBNA1阳性的鼻咽癌细胞和EBNA1高表达的鼻咽癌组织中表达上调 |
3 、TGFβ1信号的激活促进Treg细胞在EBV-EBNA1高表达的鼻咽癌微环境中募集 |
二、讨论 |
第三章 EBV-EBNA1-TGFβ1-SMAD3轴通过抑制miR-200a来募集Treg细胞构建鼻咽癌免疫抑制微环境 |
一、结果 |
1、由EBV-EBNA1诱导的TGFβ1通过自分泌效应抑制miR-200a表达 |
2、miR-200a是TGFβ1-SMAD3信号轴的下游因子 |
3、动物模型体内验证EBV-EBNA1-TGFβ1-SMAD3轴通过抑制miR-200a来募集Treg细胞构建鼻咽癌免疫抑制微环境 |
二、讨论 |
第四章 miR-200a直接靶向调控CXCL12 3‘UTR区域,并与CXCL12形成负性反馈调控环路,共同调节Treg细胞向鼻咽癌迁移 |
一、结果 |
1、生物信息学预测CXCL12是miR-200a的靶基因 |
2、验证CXCL12是miR-200a的靶基因,miR-200a通过转录后调控机制抑制CXCL12表达及由CXCL12介导的Treg迁移 |
3、CXCL12可反向负性调控miR-200a表达 |
4、体内验证CXCL12调控Treg细胞向鼻咽癌微环境迁移 |
5、临床样本验证CXCL12调控Treg细胞向鼻咽癌微环境募集 |
二、讨论 |
第五章 c-JUN直接靶向调控miR-200a启动子区域并与CXCL12互为正性调控 |
一、结果 |
1、生物信息学预测c-JUN直接与miR-200a启动子区域结合 |
2、CXCL12通过正性调控PI3K/AKT/c-JUN信号通路来反向负性调控miR-200a表达 |
3、c-JUN通过直接结合和间接结合miR-200a启动子的方式负性调控miR-200a转录 |
4、c-JUN与CXCL12互为正性调控并形成CXCL12-PI3K-AKT-c-JUN-miR-200a-CXCL12反馈调控环路 |
5、临床样本验证c-JUN调控Treg细胞向鼻咽癌微环境募集 |
二、讨论 |
第六章 TGFβ1通过促进c-JUN表达及增强SMAD3/c-JUN蛋白-蛋白复合体的相互作用程度来抑制miR-200a转录 |
一、结果 |
1、TGFβ1通过上调SMAD3-c-JUN轴来抑制下游的miR-200a转录表达,形成TGFβ1-SMAD3-c-JUN-miR-200a调控轴 |
2、EBV-EBNA1以TGFβ1依赖性的方式调控SMAD3/c-JUN蛋白-蛋白相互作用复合体的丰度 |
3、临床样本验证c-JUN与TGFβ1-SMAD3轴的关系 |
二、讨论 |
第七章 TGFβ1以miR-200a依赖性方式正性调控CXCL12表达及由CXCL12介导的Treg细胞趋向性迁移 |
一、结果 |
1、TGFβ1可正性调控CXCL12表达 |
2、TGFβ1以miR-200a依赖性的方式调控CXCL12表达及由CXCL12介导的Treg细胞趋向性迁移 |
3、临床样本验证CXCL12与TGFβ1-SMAD3信号轴的关系 |
二、讨论 |
第八章 CXCL12通过上调Treg细胞的CXCR4受体来招募Treg向鼻咽癌微环境富集,且CXCL12-CXCR4-Treg轴在实体瘤免疫抑制微环境的构建中具有普遍适用性 |
一、结果 |
1、CXCL12-CXCR4配体受体调控轴调节Treg细胞的趋向性迁移 |
2、CXCL12-CXCR4配体受体调控轴在构建以Treg细胞介导的实体瘤免疫抑制微环境中具有普遍适用性 |
二、讨论 |
全文小结 |
课题创新性 |
References |
附录 |
Western Blot原始图片 |
中英文缩略词 |
致谢 |
博士期间发表论文 |
(5)PIK3CA基因在鼻咽癌发生发展及放疗抵抗中的作用机制研究(论文提纲范文)
中英文缩略词对照表 |
摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
第一部分 PIK3CA基因表达模式及其对鼻咽癌发生发展和细胞生物学行为的作用研究 |
1 研究内容与方法 |
1.1 研究对象 |
1.2 实验方法 |
1.3 质量控制 |
1.4 统计分析 |
1.5 技术路线图 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
第二部分 miR-515-5p在 PIK3CA诱导的鼻咽癌细胞增殖、凋亡和放疗抵抗中作用研究 |
1 研究内容与方法 |
1.1 研究对象 |
1.2 使用试剂与仪器 |
1.3 实验方法 |
1.4 统计学分析 |
1.5 技术路线图 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
第三部分 NPC细胞中PVT1/miR-515-5p-PIK3CA轴调控机制研究 |
1 研究内容与方法 |
1.1 研究对象 |
1.2 试剂与仪器 |
1.3 研究方法 |
1.4 统计学处理 |
1.5 技术路线图 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
结论 |
致谢 |
参考文献 |
综述 PIK3CA 基因与头颈部肿瘤发病相关性研究进展 |
参考文献 |
攻读博士学位期间获得的学术成果 |
个人简历 |
导师评阅表 |
(6)向心组装蛋白STIL基因敲除用于鼻咽癌治疗的探索研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
英文缩写词表 |
第一章 绪论 |
1 引言 |
1.1 鼻咽癌 |
1.1.1 鼻咽癌的病因及风险因素 |
1.1.2 鼻咽癌的治疗进展 |
1.1.3 鼻咽癌的分子遗传学研究 |
1.2 STIL中心粒组装蛋白的相关研究 |
1.2.1 STIL基因的结构 |
1.2.2 STIL基因与中心粒 |
1.2.2.1 中心粒与肿瘤 |
1.2.2.2 STIL 在中心粒中的作用 |
1.2.3 STIL基因与肿瘤 |
1.2.4 STIL与全脑先天性畸形(HPE) |
1.3 本研究的目的和意义 |
1.4 本研究的创新点 |
第二章 材料与方法 |
2.1 基于公共数据库TCGA分析STIL与肿瘤的关系 |
2.1.1 分析STIL在其他肿瘤中的表达 |
2.1.2 分析STIL对肿瘤生存率的影响 |
2.2 STIL干扰细胞在动物水平的验证 |
2.2.1 实验耗材 |
2.2.2 实验步骤 |
2.3 STIL干扰后细胞生物特性检测 |
2.3.1 STIL RNA干扰慢病毒感染细胞 |
2.3.2 qPCR内源检测RNAi效率 |
2.3.3 STIL干扰细胞的Affymetrix芯片检测 |
2.3.4 Western Blot下游基因检测 |
2.3.5 qPCR下游基因检测 |
2.4 STIL干扰后对肿瘤侵袭和迁移的影响 |
2.4.1 Transwell检测细胞迁移 |
2.4.2 侵袭小室检测侵袭能力 |
2.5 鼻咽癌转移样本的蛋白质组学研究 |
2.5.1 鼻咽癌血清样本的DIA质谱检测 |
2.5.2 差异蛋白的ELISA检测 |
第三章 结果与讨论 |
3.1 结果 |
3.1.1 基于TCGA公共数据库对STIL与肿瘤关系的分析 |
3.1.2 动物水平验证STIL干扰后鼻咽癌的增殖 |
3.1.3 STIL基因干扰后细胞生物特性 |
3.1.4 STIL干扰后细胞的侵袭和迁移能力 |
3.1.5 鼻咽癌转移血清样本的蛋白组学分析 |
3.2 讨论与总结 |
结论与展望 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
答辩委员签名的答辩决议书 |
(7)侵袭转移相关标志物ELMO1、ROCK1和ROCK2在鼻咽癌组织中的表达及临床意义(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
引言 |
材料与方法 |
1.研究对象 |
2.实验试剂 |
3.实验设备 |
4.实验方法 |
5.染色结果判读 |
6.统计方法 |
结果 |
1.ELMO1在鼻咽癌组织中的表达 |
2.ROCK1在鼻咽癌组织中的表达 |
3. ROCK2 在鼻咽癌组织中表达结果 |
讨论 |
1.ELMO1的生物学特点和临床意义 |
2.ROCK1、ROCK2 的生物学特点和临床意义 |
3.ELMO1、ROCK1、ROCK2 在鼻咽癌组织中的表达特点及临床意义 |
4.本研究的缺点及展望 |
结论 |
参考文献 |
综述 |
综述一 鼻咽癌的研究进展 |
综述一参考文献 |
综述二 复发鼻咽癌挽救性手术方法研究进展 |
综述二参考文献 |
综述三 棒球之神与鼻咽癌的抗争 |
综述三参考文献 |
综述四 ELMO1、ROCK1、ROCK2 与肿瘤侵袭转移性的研究进展 |
综述四参考文献 |
攻读学位期间的研究成果 |
缩略词表(附录) |
致谢 |
(8)血清EGFL7、MTA1表达与鼻咽癌患者临床特征及预后的关系(论文提纲范文)
1 资料与方法 |
1.1 一般资料 |
1.2 方法 |
1.2.1 临床资料收集 |
1.2.2 血清EGFL7、MTA1蛋白表达检测 |
1.2.3 微血管密度(MVD)、淋巴管密度(LVD)水平测定 |
1.3 统计学分析 |
2 结果 |
2.1 3组EGFL7、MTA1、MVD、LVD水平比较 |
2.2 血清EGFL7、MTA1表达与鼻咽癌患者临床特征的关系 |
2.3 血清EGFL7、MTA1表达与MVD、LVD的相关性 |
2.4 血清EGFL7、MTA1表达与鼻咽癌患者预后的关系 |
3 讨论 |
(9)EBV-miR-BART22通过靶向MAP2K4促进MYH9/GSK-3β/β-catenin信号通路诱导鼻咽癌顺铂耐药(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
参考文献 |
第一章 EBV-miR-BART2在鼻咽癌中促进肿瘤干性,侵袭转移以及对顺铂的耐药抵抗 |
1.1 材料和方法 |
1.1.1 材料 |
1.1.2 实验方法 |
1.2 结果 |
1.3 讨论 |
参考文献 |
第二章 验证miR-BART22靶基因 |
2.1 材料和方法 |
2.1.1 材料 |
2.1.2 实验方法 |
2.2 结果 |
2.3 讨论 |
参考文献 |
第三章 MAP2K4通过PI3K/AKT/c-Jun抑制MYH9转录 |
3.1 材料和方法 |
3.1.1 材料 |
3.1.2 方法 |
3.2 结果 |
3.3 讨论 |
参考文献 |
第四章 MYH9与GSK3β相互作用并促进GSK3β蛋白泛素降解 |
4.1 材料和方法 |
4.1.1 材料 |
4.1.2 材料 |
4.2 结果 |
4.3 讨论 |
参考文献 |
第五章 MAP2K4在鼻咽癌中拮抗EBV-miR-BART22的功能 |
5.1 材料和方法 |
5.1.1 材料 |
5.1.2 实验方法 |
5.2 结果 |
5.3 讨论 |
第六章 沉默MYH9逆转EBV-miR-BART22的功能 |
6.1 材料和方法 |
6.1.1 材料 |
6.1.2 实验方法 |
6.2 结果 |
6.3 讨论 |
第七章 分析EBV-miR-BART22、MAP2K4在鼻咽癌组织中的表达特性,表达相关性及对预后的影响 |
7.1 材料和方法 |
7.1.1 材料 |
7.1.2 实验方法 |
7.2 结果 |
7.3 讨论 |
全文小结 |
参考文献 |
中英文缩略词 |
博士期间发表论文 |
致谢 |
(10)鼻咽解毒颗粒干预EB病毒感染者鼻咽癌变及抑制CNE2裸鼠移植瘤研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
引言 |
第一章 文献研究 |
1.1 EB病毒与鼻咽癌 |
1.1.1 EB病毒结构及潜伏期基因表达 |
1.1.2 EB病毒感染与鼻咽癌发生机制研究 |
1.1.3 EB病毒的血清学检测 |
1.1.4 西药拮抗EB病毒,预防鼻咽癌发生 |
1.2 中医癌变机理及中医对鼻咽癌的研究 |
1.2.1 癌基因理论与中医癌变机理 |
1.2.2 鼻咽癌高危人群及鼻咽癌变过程的体质调查 |
1.2.3 中医药防治鼻咽癌相关研究 |
1.3 鼻咽癌细胞裸鼠移植瘤模型的构建 |
1.3.1 鼻咽癌动物模型分型及特点研究 |
1.3.2 鼻咽癌细胞裸鼠移植瘤模型成瘤相关影响因素 |
1.4 KI67与鼻咽癌的相关性研究 |
1.5 TUNEL技术检测肿瘤细胞调亡的原理 |
第二章 未用中药干预的EB病毒感染者的临床调查 |
2.1 资料与方法 |
2.1.1 资料 |
2.1.2 方法 |
2.2 结果 |
2.2.1 不同性别的未用中药干预的EB病毒感染者鼻咽癌变情况 |
2.2.2 不同年龄段的未用中药干预的EB病毒感染者鼻咽癌变情况 |
2.2.3 不同感染状态的未用中药干预的EB病毒感染者鼻咽癌变情况 |
第三章 鼻咽解毒颗粒对EB病毒感染者鼻咽癌变的影响 |
3.1 资料与方法 |
3.1.1 资料 |
3.1.2 方法 |
3.2 结果 |
第四章 鼻咽解毒颗粒对鼻咽癌CNE2裸鼠移植瘤的影响 |
4.1 鼻咽解毒颗粒对CNE2裸鼠移植瘤生长情况的影响 |
4.1.1 材料 |
4.1.2 实验方法 |
4.1.3 结果 |
4.2 鼻咽解毒颗粒对CNE2裸鼠移植瘤组织细胞增殖与调亡的影响 |
4.2.1 材料与仪器 |
4.2.2 实验方法 |
4.2.3 结果 |
第五章 讨论 |
5.1 鼻咽解毒颗粒组成及方解 |
5.2 探讨鼻咽解毒颗粒对EB病毒感染者鼻咽癌变的影响 |
5.2.1 不同性别的未用中药干预的EB病毒感染者鼻咽癌变情况 |
5.2.2 不同年龄段的未用中药干预的EB病毒感染者鼻咽癌变情况 |
5.2.3 不同感染状态的未用中药干预的EB病毒感染者鼻咽癌变情况 |
5.2.4 鼻咽解毒颗粒对EB病毒感染者鼻咽癌变的影响 |
5.3 探讨鼻咽解毒颗粒对CNE2裸鼠移植瘤的影响 |
5.3.1 鼻咽解毒颗粒对裸鼠移植瘤生长情况的影响 |
5.3.2 鼻咽解毒颗粒对移植瘤组织细胞增殖及调亡的影响 |
结语 |
参考文献 |
在校期间发表论文情况 |
政谢 |
统计学审核证明 |
四、MTA1基因在鼻咽癌中表达与肿瘤转移和EB病毒感染的关系(论文参考文献)
- [1]1、DNA拷贝数异常改变作为膀胱癌预后判断相关分子标志物的研究 2、EB病毒相关上皮性恶性肿瘤中病毒miRNA与宿主相互作用的分子机制及其意义[D]. 蔡曌. 北京协和医学院, 2021
- [2]基于转录组测序分析的鼻咽癌相关EB病毒变异亚型及预后模型的研究[D]. 赵爽. 北京协和医学院, 2021
- [3]鼻咽癌相关非编码RNA的筛选和生物信息学分析[D]. 郭伟茜. 安徽医科大学, 2021(01)
- [4]EBV-EBNA1通过募集Treg细胞构建鼻咽癌免疫抑制微环境的机制研究[D]. 霍少芬. 南方医科大学, 2020(06)
- [5]PIK3CA基因在鼻咽癌发生发展及放疗抵抗中的作用机制研究[D]. 韩艳艳. 新疆医科大学, 2020(03)
- [6]向心组装蛋白STIL基因敲除用于鼻咽癌治疗的探索研究[D]. 欧阳颖. 华南理工大学, 2020(02)
- [7]侵袭转移相关标志物ELMO1、ROCK1和ROCK2在鼻咽癌组织中的表达及临床意义[D]. 徐文瑞. 青岛大学, 2020(01)
- [8]血清EGFL7、MTA1表达与鼻咽癌患者临床特征及预后的关系[J]. 冯睡,尹金淑,谢洪,姬巍,刘艾竹,彭洪. 分子诊断与治疗杂志, 2020(05)
- [9]EBV-miR-BART22通过靶向MAP2K4促进MYH9/GSK-3β/β-catenin信号通路诱导鼻咽癌顺铂耐药[D]. 刘祎祎. 南方医科大学, 2020(01)
- [10]鼻咽解毒颗粒干预EB病毒感染者鼻咽癌变及抑制CNE2裸鼠移植瘤研究[D]. 吴沛德. 广州中医药大学, 2020(06)