一、一株具有志贺菌属相关抗原的大肠埃希菌（论文文献综述）
崔超,涂强,张友明[1]（2021）在《细菌用于靶向治疗肿瘤的研究进展》文中研究指明由于肿瘤独特的病理生理学特性和可预见的耐药性,传统肿瘤疗法如放疗、化疗和免疫治疗等都未能完全根除肿瘤细胞,细菌疗法是一个新的治疗手段,具有较高的靶向性,无论是单独使用还是与传统肿瘤疗法联合使用,都显示出对肿瘤复发和抑制转移的积极作用。在基因工程的帮助下,表达抗癌药物的肿瘤靶向细菌将直接针对肿瘤区域,分泌治疗分子,导致肿瘤细胞死亡,细菌靶向治疗肿瘤具有广阔的应用前景。论文综述了近年来细菌靶向治疗肿瘤的研究进展,介绍了细菌疗法的作用机制和未来的发展方向,尤其是介绍了益生菌大肠埃希菌Nissle 1917（EcN）在靶向抗肿瘤治疗中的研究。
陈伟[2]（2020）在《三种跳虫肠道菌群的多样性分析及其功能研究》文中指出跳虫是一类原生无翅的内口式低等微小型六足总纲节肢动物,种类繁多且分布广泛。它们主要取食土壤中的枯枝落叶、腐殖质、细菌和真菌等,而对这些有机物的分解与利用需要肠道内复杂微生物的协助来完成。为了探究跳虫肠道菌群的多样性及其相关功能,本研究以裸（拟裸）长角跳属成员Sinella（Coecobrya）oligoseta、原等跳属成员Proisotoma minuta和鳞跳属成员Tomocerus missus为供试跳虫,采用16S r DNA扩增子测序法对这3种跳虫成虫的肠道菌群进行分析和比较,并应用Tax4Fun法对其肠道菌群基因进行功能预测。同时,使用传统分离培养法获得可培养跳虫肠道菌,从中筛选能降解可溶性淀粉、羧甲基纤维素钠和果胶的细菌,初步评估其产酶能力,并进行菌种分子鉴定;从中筛选动物肠道常见致病菌气单胞菌,进行多位点序列分型分析、毒力基因及药敏性检测。研究结果发现这3种跳虫成虫中肠道菌群多样性最高的是T.missus,最低的是S.（C.）oligoseta。在门水平上,它们肠道中最主要的菌群均为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,放线菌门（Actinobacteria）也具有较高的丰度;在属水平上,S.（C.）oligoseta肠道中假单胞菌属Pseudomonas的相对丰度（16.21%）明显高于P.minuta和T.missus肠道中的相对丰度（分别为0.87%和1.37%）;P.minuta肠道中弧菌属Vibrio的相对丰度（25.81%）明显高于S.（C.）oligoseta和T.missus肠道中的相对丰度（分别为3.35%和0.004%）。KEGG pathway注释预测出这3种跳虫肠道菌群中相对丰度最高的功能基因涉及碳水化合物与氨基酸代谢,且与人类疾病相关的功能基因中涉及传染性疾病和耐药性的基因相对丰度明显较高。从这3种跳虫肠道内分离得到的106株细菌中有47株可以降解多糖的细菌,其中包括37株产淀粉酶细菌,主要是微杆菌属Microbacterium和芽孢杆菌属Bacillus的一些种类;16株产纤维素酶细菌,主要是纤维菌属Cellulosimicrobium和芽孢杆菌属Bacillus的一些种类;以及3株芽孢杆菌属Bacillus和类芽孢杆菌属Paenibacillus的产果胶酶细菌。菌株Tm-L4同时具有产淀粉酶、纤维素酶和果胶酶活性,经16S r DNA序列比对,发现该菌株与解淀粉类芽孢杆菌Paenibacillus amylolyticus有99.79%的序列相似性。另外,从S.（C.）oligoseta和P.minuta肠道菌中分离得到3株豚鼠气单胞菌Aeromonas caviae,对豚鼠气单胞菌管家基因进行多位点序列分型,结果显示属于新的序列型ST653,对应的等位基因型为gyr B456、gro L438、glt A465、met G462、pps A503和rec A499。对豚鼠气单胞菌基因组中毒力基因PCR扩增后发现,脂肪酶基因lip、弹性蛋白酶基因ela、热敏感细胞肠毒素基因alt、溶血素基因hly A和鞭毛基因fla为阳性。抗生素药敏试验显示豚鼠气单胞菌对氨苄西林、氨苄西林-舒巴坦、四环素和萘啶酮酸均表现为耐药,而对阿奇霉素、氯霉素、阿米卡星等12种抗生素表现为敏感。从上述结果可知,S.（C.）oligoseta,P.minuta和T.missus这3种跳虫成虫肠道菌群在门水平上的核心菌群相同,而在属水平上的优势菌属存在较大的差异,其中跳虫的物种遗传背景及栖息地环境中微生物种类和数量可能是影响其肠道菌群多样性的重要因素;3种跳虫肠道内大多数细菌与能量代谢及营养作用相关,这有利于它们发挥土壤生态系统中分解者的作用,而且所筛选的产酶能力较高可降解淀粉、纤维素和果胶的菌株有望被进一步研制成益生菌、饲料添加剂或酶工程菌,在食品、养殖及酶产业中发挥价值;3种跳虫肠道中可能还存在具有致病性或抗生素耐药性的微生物,已分离得到的新型豚鼠气单胞菌的毒力基因与药敏性试验结果揭示了该菌的潜在致病性及其对抗生素的耐药或敏感性,为跳虫源豚鼠气单胞菌可能引发相关疾病的预防及抗生素使用提供了理论依据。
王艳明[3]（2020）在《基于肠道菌群探讨乳源性复合益生菌诱导结肠GLP-1分泌及M2极化的分子机制研究》文中研究表明目的:肠道菌群与Ⅱ型糖尿病（T2D）发生发展密切相关。肠道菌群的失调会引起肠渗透性的增加,促使脂多糖等毒性物质透过肠粘膜系统进入血液,引起胰岛素敏感器官的低度炎症及胰岛素抵抗,加速糖尿病进程。益生菌能通过调节肠道菌群发挥抗糖尿病作用。前期研究已初步明确乳源性复合益生菌发酵的驼乳能改善链脲佐菌素诱导的糖尿病大鼠血糖及血脂代谢,其可能与促进胰高血糖素样肽-1（GLP-1）分泌有关,但乳源性复合益生菌是否具有抗糖尿病作用以及其可能的抗糖尿病分子机制仍不明确。本研究首先探讨乳源性复合益生菌的抗糖尿病药效学作用;其次探讨乳源性复合益生菌对肠道菌群的影响,最后探讨乳源性复合益生菌诱导结肠GLP-1分泌以及M2极化的分子机制研究。方法:第一部分:以C57BL/Ks小鼠作为正常对照组。以db/db小鼠作为T2D模型组。实验分为正常组、模型组、二甲双胍组、利拉鲁肽组、低剂量及高剂量乳源性复合益生菌组。所有组平行操作干预六周。试剂盒检测各组鼠血糖参数（FBG、OGTT、AUC、Hb Alc、C肽）及血脂（TG、TC、HDL-C、LDL-C）参数指标,HE染色观察胰腺、肝脏、附睾白色脂肪组织形态,验证乳源性复合益生菌的抗糖尿病药效学作用。第二部分:提取各组鼠粪便细菌总DNA,琼脂糖凝胶电泳及核酸蛋白仪检测细菌总DNA纯度及浓度,q RT-PCR构建目标菌群标准曲线及检测目标菌群含量,明确乳源性复合益生菌对肠道菌群的调节作用。第三部分（一）:1)气相色谱法检测粪便中乙酸、丙酸及丁酸含量,Elisa、q RT-PCR及Western blot分别检测血浆GLP-1含量、GLP-1R基因以及GLP-1蛋白表达,q RT-PCR检测结肠组织前胰高血糖素（GCG）、前激素转化酶1/3（PC1/3）、G蛋白偶联受体43（GPR43）、GPR41m RNA表达,明确乳源性复合益生菌是否能通过激活短链脂肪酸受体GPR43及GPR41活性,并上调GCG、PC1/3 m RNA表达,诱导GLP-1分泌;2)Western blot及免疫组化法检测胰腺组织炎症因子（IL-1β、TNF-α、IFN-γ、NF-κB、p-NF-κB、ICAM-1、VCAM-1）表达,Elisa法检测血清抗氧化物酶（SOD、CAT及GSH/GSSG）活性,免疫组化法检测胰腺组织insulin蛋白表达,明确乳源性复合益生菌是否能通过抗炎、抗氧化作用改善胰腺功能;3)Western blot及免疫组化法检测凋亡相关蛋白（Bax、Bcl-2、Caspase-3、PI3K及AKT）表达,明确乳源性复合益生菌是否能通过激活PI3K/AKT信号通路抑制胰腺凋亡。第三部分（二）:1)试剂盒检测粪便及血清中脂多糖（LPS）含量,免疫组化法检测结肠炎症因子（ICAM-1、VCAM-1、NF-κB、p-NF-κB）表达,q RT-PCR及免疫组化法检测紧密连接蛋白及黏蛋白（Claudin-1、Occludin-1、ZO-1、Mucin-2）表达,明确乳源性复合益生菌是否能通过减少LPS生成,抑制炎症因子表达,增加紧密连接蛋白及黏蛋白表达,改善肠屏障功能;2)q RT-PCR检测结肠组织抗氧化酶（CAT、SOD1、GR、GSH-Px等）表达,明确乳源性复合益生菌是否能通过抗氧化作用抑制结肠氧化应激损伤;3)q RT-PCR及western blot检测M1极化因子（IL-1β、TNF-α、IFN-γ等）、M2极化因子（IL-10、Arg-1、TGF-β等）及TLRs/My D88/NF-κB表达,明确乳源性复合益生菌是否能通过TLRs/My D88/NF-κB信号通路诱导结肠M2型极化。结果:第一部分:1)乳源性复合益生菌降低FBG、Hb A1c含量,升高C-肽含量及口服葡萄糖耐受能力,具有降血糖作用;2)乳源性复合益生菌降低TG、TC、LDL-C含量,具有降血脂作用;3)HE染色结果显示,乳源性复合益生菌显着改善db/db鼠胰腺、肝脏及脂肪形态。第二部分:1)乳源性复合益生菌显着减少Firmicutes/Bacteroidetes、革兰氏阴性菌（Gram-negative bacteria）、大肠埃希菌属（Escherichia coli）含量;2)乳源性复合益生菌对革兰氏阳性菌（Gram-positive bacteria）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis）及屎肠球菌（Enterococcus faecium）无影响。3)乳源性复合益生菌显着增加db/db鼠产短链脂肪酸菌,包括乳酸杆菌属（Lactobacillus）、双歧杆菌属（Bifidobacterium）、罗斯伯里氏菌属（Roseburia）、柔嫩梭菌属（Clostridium leptum）、普氏菌属（Prevotella）;第三部分（一）:1)乳源性复合益生菌显着增加丙酸及丁酸含量,上调GPR43、GPR41、GCG、PC1/3m RNA表达,增加结肠GLP-1分泌;2)乳源性复合益生菌抑制炎症因子及黏附分子（NF-κB、p-NF-κB、ICAM-1、VCAM-1）表达,增加血清抗氧化物酶（CAT、SOD、GSH/GSSG）活性,改善胰腺功能;3)乳源性复合益生菌激活PI3K/AKT信号通路抑制胰腺凋亡。第三部分（二）:1)乳源性复合益生菌减少血清及粪便LPS含量,抑制粘附（ICAM-1、VCAM-1）表达、促进紧密连接蛋白及黏蛋白（Claudin-1、Occludin-1、ZO-1、Mucin-2）表达,改善肠道屏障功能;2)乳源性复合益生菌促进结肠抗氧化物酶CAT、SOD1、GSH-Px m RNA表达,下调i NOS及COX-2 m RNA表达,抑制结肠氧化应激损伤;3)乳源性复合益生菌能抑制TLRs/My D88/NF-κB信号通路,诱导结肠由M1型促炎极化转为M2型抗炎极化。结论:1)乳源性复合益生菌有效降低db/db鼠血糖及血脂,改善胰腺、肝脏、附睾白色脂肪形态,具有抗糖尿病药效学的作用;2)乳源性复合益生菌显着增加产短链脂肪酸菌群及其代谢产物丙酸及丁酸,激活GPR43及GPR41活性,并增加GCG及PC1/3m RNA表达,促进GLP-1分泌;3)乳源性复合益生菌能增加血清抗氧化物酶活性,抑制炎症因子表达,以及激活PI3K/AKT信号通路抑制胰腺凋亡,促进胰岛素分泌;4)乳源性复合益生菌显着减少革兰氏阴性菌及其代谢产物LPS含量,增加结肠抗氧化物酶活性,抑制黏附分子表达,上调紧密连接蛋白及黏蛋白表达,改善肠道屏障功能,并通过抑制TLRs/My D88/NF-κB信号通路诱导结肠M2型极化。
杨斓[4]（2019）在《支气管败血波氏杆菌及其噬菌体的分离鉴定与特性研究》文中研究指明支气管败血波氏杆菌（Bordetella bronchiseptica,Bb）是一种呼吸道病原菌,可广泛感染多种动物引起呼吸道疾病,尤其是在动物免疫力较低的情况下,容易与其它病原形成混合感染,导致更为严重的疾病。对养猪业而言,Bb单独感染主要引起猪支气管肺炎或非进行性萎缩性鼻炎（Non-progressive atrophic rhinitis,NPAR）,与产毒素多杀性巴氏杆菌共感染可引起进行性萎缩性鼻炎（progressive atrophic rhinitis,PAR）,降低猪只饲料转化率,使得猪只生长缓慢,造成严重的经济损失。噬菌体（Bacteriophage）是一类特异性感染细菌的病毒。根据噬菌体的寄生方式可将噬菌体分为裂解性噬菌体与溶原性噬菌体。裂解性噬菌体主要用于临床防治多重耐药菌的感染,因溶原性噬菌体具有整合到宿主菌的特性,可改变宿主菌的一些性状,故不用于致病菌的防治。本研究旨在从我国规模化猪场中分离支气管败血波氏杆菌并对其进行药物敏感性分析,了解Bb近两年的耐药情况,为指导临床用药奠定基础。并选用临床分离的Bb作为指示菌进行相关噬菌体的分离鉴定,为进一步研究支气管败血波氏杆菌噬菌体奠定基础。主要研究内容如下:1.猪源支气管败血波氏杆菌的分离鉴定在20162018年期间,从我国广东、贵州、四川、河南、湖北、福建、河北、江西、山西、内蒙古、湖南等地的1735份病死猪肺脏组织中共分离到119株Bb,分离率为6.86%。将临床分离菌株进行药物敏感性测定,结果显示Bb对磺胺甲恶唑、甲氧苄啶敏感性低,对庆大霉素、红霉素、氧氟沙星、多粘菌素B敏感性较高;耐药基因以sul2检出率较高,同时检测到目前国外未报道的sul3基因。2.支气管败血波氏杆菌噬菌体PHB09的生物学分析采用传统的双层平板法,从湖北省某猪场污水中分离到三株支气管败血波氏杆菌噬菌体,将其中一株以Bb01为指示菌分离到的噬菌体命名为vBBbrSPHB09。PHB09在平板上形成形状不规则、浑浊的噬菌斑。经电镜观察确定PHB09有一正多面体的头部,约62.8±1.5 nm,以及一个长的不收缩的尾部,长约177.7±2.3 nm,宽约7.6±2.5 nm。由此可知,PHB09属于有尾噬菌体目,长尾噬菌体科。PHB09能裂解89株Bb（n=119）,而不能裂解其它种属的细菌,如荚膜A型和D型多杀性巴氏杆菌、大肠杆菌DH5α。将PHB09进行全基因组测序分析,结果表明,PHB09基因组为双链线性DNA,基因组长度大小42,129 bp,G+C含量62.8%。预测到PHB09共59个编码区（CDS）,其中25个CDS为功能性蛋白,其它34个CDS为未知蛋白。通过tRNAscan-SE预测到一个tRNA-Met-CAT。另外预测到PHB09含有一个整合酶基因及溶原模块。通过噬菌体末端大亚基进化树分析可知,PHB09处于一个独立的分支,为一株新型噬菌体。3.整合菌株Bb01+与亲本菌株Bb01的表型特征分析通过测序可知,PHB09为溶原性噬菌体,根据PHB09的溶原特性,筛选出一株整合PHB09基因组的细菌,命名Bb01+,将整合菌株Bb01+与亲本菌株Bb01进行基因组测序比对分析,找到PHB09唯一的一个整合位点。将整合菌株Bb01+与亲本菌株Bb01分别测定一步生长曲线,发现两者在体外培养无明显差异,表明PHB09整合到宿主菌后不影响宿主菌的生长。将整合菌株Bb01+与亲本菌株Bb01稀释到0.5麦氏比浊浓度进行药物敏感性测定,发现两者的MIC结果无显着差异,且未预测到PHB09携带耐药基因,表明PHB09整合到宿主菌后不改变宿主菌的耐药性。4.整合菌株Bb01+与亲本菌株Bb01的致病性研究将菌株进行血清抗性试验检测。整合菌株Bb01+与亲本菌株Bb01与小鼠血清分别于37℃作用1 h、2 h。结果表明,整合菌株Bb01+对血清的敏感性高于亲本菌株Bb01对血清的敏感性,说明整合菌株Bb01+更容易被血清清除。使用鼠源巨噬细胞（RAW264.7）以10:1（细菌:细胞）进行细胞吞噬试验。在相同作用时间下,整合菌株Bb01+对吞噬细胞的抗吞噬能力低于亲本菌株Bb01。表明整合菌株Bb01+更容易被吞噬细胞吞噬。使用人喉癌上皮细胞（Hep-2）以100:1（细菌:细胞）进行细胞黏附与侵入试验。与亲本菌株Bb01相比,整合菌株Bb01+的黏附能力和侵入能力都降低,表明PHB09整合到宿主菌后降低了宿主菌的黏附与侵入能力。将整合菌株Bb01+与亲本菌株Bb01分别以107、108 CFU剂量滴鼻接种5周龄BALB/c小鼠,记录死亡情况并计算MLD。结果显示,2×MLD剂量的整合菌株Bb01+对小鼠不致死。说明PHB09整合到宿主菌后大大降低了宿主菌的致病性。
李娜[5]（2019）在《家族性腺瘤性息肉病基因型与表型的研究及家族性腺瘤性息肉病肠道菌群的研究》文中研究表明第一部分家族性腺瘤性息肉病基因型与表型的研究背景:家族性腺瘤性息肉病是遗传性结直肠癌的一种,与APC和MUTYH基因突变有关。患者临床表型及疾病的严重程度与突变基因类型及突变基因位点有关。对FAP患者及其家系成员进行突变基因检测,对遗传咨询、长期监测随访、干预治疗及减少患者癌症发生率和降低死亡率至关重要。目前我国关于家族性腺瘤性息肉病患者基因型与表型关系的研究数据有限。目的:研究家族性腺瘤性息肉病患者基因型与表型关系。方法:通过第二代测序的方法对46名家族性腺瘤性息肉病先证者进行突变基因检测。同时收集所有先证者及家系成员的临床资料以评估基因型与表型的关系。结果:91.30%（42/46）的患者检测出基因突变,包括APC基因突变35例,MUTYH基因突变3例,APC和MUTYH双基因突变4例。28.57%（10/35）的APC基因突变为新发突变。在2名患者中检测出APC基因609密码子（c.18271831del）突变,携带此突变的患者存在严重的表型:1名患者在12岁即发现结直肠内超过1000枚腺瘤性息肉,另1名患者在25岁时诊断为CRC,其结直肠内息肉超过1000枚并合并胃窦多发腺瘤性息肉。3例患者检测出MUTYH基因突变,包括1例c.55C>T杂合性突变,1例c.55C>T纯合性突变和1例IVS10-2A>G杂合性突变。c.55C>T杂合突变和纯合突变携带者均表现为结直肠内超过100枚息肉,而且c.55C>T杂合突变携带者在50岁诊断为早期结肠癌。4例患者检测出了 APC和MUTYH双基因突变。对其中1名APC和MUTYH双基因突变患者的家系成员进行基因检测,在6名家系成员中检出了与先证者相同的APC（c.4055 T>C）和MUTYH（IVS10-2A>G）双基因突变。APC和MUTYH双基因突变遗传模式符合常染色体显性遗传,其携带者发病年龄与APC基因突变者相似,早于MUTYH基因突变者,但发生癌变时间较APC基因突变者晚。有56.52%（29/46）先证者有结肠外表现,最常见的为胃底腺息肉。MUTYH基因突变者平均发病年龄为44.67岁（30～65岁）,晚于APC突变者（29.11岁,9～47岁）和APC与MUTYH双基因突变者（29.5岁,24～36岁）,且P<0.05,有统计学意义。APC基因突变者发病年龄同APC和MUTYH双基因突变者相似,无统计学差异。35例APC基因突变者中,12例患者发生CRC,平均癌变年龄为34岁（12～47岁）。23例未发生CRC的APC基因突变者,平均诊断年龄为29岁（12～43岁）。结论:本研究发现了家族性腺瘤性息肉病患者APC基因和MUTYH基因新的突变位点。并且发现携带APC基因609密码子突变（c.18271831del）的患者存在严重表型:较早出现超过1000枚腺瘤性息肉及较早发生CRC。MUTYH基因突变者,杂合性及纯合性突变均可致病,且杂合突变者亦有发生CRC的风险。本研究发现家族性腺瘤性息肉病患者可同时存在APC和MUTYH双基因突变。双基因突变携带者的遗传模式符合常染色体显性遗传。我们建议对FAP患者应同时进行APC和MUTYH基因检测。第二部分家族性腺瘤性息肉病肠道菌群的研究背景:结直肠癌（CRC）的发生是由环境、饮食及生活方式与遗传因素协同作用而引起的一个多因素、多步骤的过程。越来越多的研究表明,散发性CRC患者存在肠道菌群失调,但目前关于与遗传性结直肠癌相关的微生物在很大程度上仍是未知的。FAP是第二常见的遗传性结直肠癌综合征,除了遗传因素,环境因素,特别是肠道菌群是否也参与了 FAP的发生及发展呢?目的:研究FAP患者肠道粘膜组织相关肠道菌群组成的特征,旨在找到某种可能在FAP发病过程中扮演重要角色的关键菌属。方法:收集健康人群、FAP患者、腺瘤患者和CRC患者结肠粘膜组织标本,提取粘膜组织DNA,通过illumina Miseq高通量测序平台对样本16S r RNA V4区进行测序,然后对测序数据进行生物信息学分析。结果:在门的水平,FAP患者的优势菌群同健康人群、腺瘤患者和CRC患者基本一致,主要为厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门。与健康人群相比,FAP患者拟杆菌门（29.11%vs 14.88%,P<0.05）、疣微球菌门（1.11%vs 0.18%,P<0.05）丰度明显增加。与CRC患者相比,FAP患者变形菌门（31.02%vs 18.71%,P<0.05）丰度增加,梭杆菌门丰度减少（14.52%vs 2.87%,P<0.05）。与腺瘤患者相比,FAP患者拟杆菌门丰度增加（29.11%vs 15.87%,P<0.05）。在属水平,同健康人群相比,FAP患者幽门螺杆菌属丰度增加（1.27%vs 0.25%,P<0.05）;与CRC患者相比,FAP患者幽门螺杆菌属（1.27%vs 0.02%,P<0.05）和乳酸菌属（1.09%vs 0.49%,P<0.05）丰度增加,而梭杆菌属（2.61%vs 14.48%,P<0.05）、普雷沃菌属（0.84%vs 7.65%,P<0.05）减少。与腺瘤组相比,FAP患者埃希氏杆菌/志贺氏杆菌属丰度降低（8.82%vs 22.56%,P<0.05）,幽门螺杆菌属（1.27%vs 0.06%,P<0.05）丰度增加。通过秩和检验的方法对不同分组之间进行显着性差异分析发现,在属水平上,幽门螺杆菌、乳酸菌属在FAP患者中富集,而红球菌属减少;梭杆菌属、消化链球菌属、普雷沃菌属和链球菌属在CRC患者中富集;埃希氏杆菌/志贺氏杆菌属、瘤胃球菌属在腺瘤患者中富集;罗氏菌属在健康人群中富集。FAP患者肠道内幽门螺杆菌属丰度无论是同健康人群相比,还是同腺瘤患者亦或是CRC患者相比均明显增高的,幽门螺杆菌可能与FAP的发生发展有关。结论:除遗传因素外FAP的发生可能还与肠道菌群有关。FAP患者结肠粘膜组织道菌群同健康人群、腺瘤患者和结直肠癌患者存在明显差异。幽门螺杆菌可能与FAP的发生有关。
范聪聪[6]（2019）在《肠出血性大肠埃希菌O157:H7噬菌体分离鉴定及初步应用研究》文中研究说明大肠埃希菌O157:H7是一种重要的食源性致病菌,可引起严重的腹泻,出血性结肠炎和溶血性尿毒综合症。大肠埃希菌O157的污染已成为影响全球食品公共安全的重要因素。世界各地每年都会有因食用大肠埃希菌O157污染的蔬菜肉类而导致腹泻甚至死亡的疫情爆发,然而传统食品灭菌剂已不能满足日趋严重食品安全问题。噬菌体因其特异的灭菌方式渐渐受到人们的关注。本研究以大肠埃希菌O157为宿主菌,从医院污水中筛选出两株裂解性噬菌体,分别命名为FEC14,FEC19。生物学特性研究结果表明:两株噬菌体均是裂解性强,宿主谱宽,稳定性高的肌尾病毒科噬菌体,但它们却有明显的不同。透射电子显微镜显示噬菌体FEC19有一个直径约58nm±3nm的正20面体头部和可收缩的尾部,尾丝为针状,而噬菌体FEC14的头部直径约80nm±5nm,尾丝呈现星状。噬菌体FEC14比噬菌体FEC19的裂解谱更宽:噬菌体FEC14能够裂解全部14株大肠埃希菌O157,噬菌体FEC19却只能裂解11株大肠埃希菌O157。噬菌体FEC14和FEC19的最佳感染复数分别为0.001和0.1,潜伏期分别为15min和10min,生长期分别为65min和80min。噬菌体FEC14比FEC19对温度更加敏感。70℃时噬菌体FEC14逐渐在40min内丧失全部活力,而噬菌体FEC19在80℃下20min时才完全失活。噬菌体FEC14在酸碱环境下比噬菌体FEC19的稳定性要高。噬菌体FEC14在pH 3-12条件下仍有活性,而噬菌体FEC19只能在pH 4-11的条件下存活。噬菌体FEC19的基因可被3种限制性核酸内切酶（EcoRⅤ,HindⅢ,XbaⅠ）切开,噬菌体FEC14不能被实验室常用的十种核酸内切酶切开。推测其原因为噬菌体FEC14的DNA被修饰导致基因组对限制性内切酶产生抗性。噬菌体FEC14和FEC19进行全基因组测序并分别上传至Genbank,序列号为MG383452和MH816966。由于噬菌体FEC14比噬菌体FEC19的基因信息含量大且丰富,因此只选取噬菌体FEC14的基因组进行深入分析。噬菌体FEC14的基因组全长158639bp,GC含量为44.6%,基因组含有210个ORF,4个tRNA,其中预测为已知功能的ORF有73个,目前尚未检测出毒力基因和耐药基因。进化分析显示它属于肌尾噬菌体科,Tevenvirinae亚科,Vilvirus属。总结出该属噬菌体有着区别于其他肌尾噬菌体的显着特征包括:噬菌体的形态、基因组大小、基因同线形、使用非规范碱基等。对两株噬菌体在人工污染牛肉上杀菌效果进行评估,结果显示:在染菌牛肉上单独使用FEC14、FEC19噬菌体或鸡尾酒法都能有效的降低宿主菌数量,其中噬菌体FEC19的防控效果强于噬菌体FEC14,4℃的防控效果强于室温,单一施用噬菌体与鸡尾酒法防控效果相当,但考虑宿主菌耐受问题,最好选用鸡尾酒法进行宿主菌的防控。综上,本实验得到的两株裂解性噬菌体FEC14和FEC19在控制食品中大肠埃希菌O157污染的应用中具有很大潜力,将来可以开发为产品用于食品安全领域。
朱阵[7]（2018）在《牛肠道菌群携带耐药基因分析与志贺菌分离、分型及耐药性研究》文中提出抗生素的发现与应用对人类的文明发展具有不可磨灭的贡献,但随着抗生素的不合理使用和滥用,抗生素残留和耐药性的广泛传播已严重危害畜牧业健康发展和公共卫生安全。近年来科学家们已经意识到耐药菌的流行病学研究和耐药基因水平转移的重要性,并对细菌耐药性的传播机制进行了探索。本文分两条主线对耐药性进行研究,一是从宏基因组角度,分析了不同养殖环境下牛肠道菌群耐药基因的差异;二是从病原菌角度,分析牛源志贺菌的流行病学以及耐药谱、耐药基因和毒力基因的流行特征。1.通过宏基因组方法,从宏观角度对来自甘肃不同地区和养殖环境下的牦牛、肉牛、奶牛肠道菌群结构及耐药基因储存库进行了综合研究。无论是在肠道菌群携带耐药基因的多样性还是丰度水平上,牦牛组均显着低于奶牛和肉牛组。2.分离鉴定了临床样品中的志贺菌,并确定了血清型。通过SS和麦康凯选择培养基筛选,16S rDNA、API20E生化试验、血清凝集试验、多重PCR血清鉴定法共鉴定得到136株志贺菌,其中福氏志贺菌54株、宋内志贺菌44株、痢疾志贺菌38株。填补了西北地区牛源志贺菌研究的空白,也为之后动物源志贺菌的研究奠定了基础。3.建立了分别针对福氏志贺菌、宋内志贺菌、痢疾志贺菌的脉冲场电泳分型（PFGE）、多位点序列分型（MLST）、多位点可变数串联重复分型（MLVA）三种分子分型方法,从不同方面揭示了不同来源菌株之间的亲缘关系和流行背景,以及分型特点与不同耐药表型菌株的内在联系。4.毒力基因流行性研究表明,ipaH、ial、sen、set1A、set1B、stx、ipaBCD 7个毒力基因检出率最高的是ipaH（100%）和ipaBCD（94.85%）,其次为ial（75%）和sen（66.91%）。同时发现,set1A和set1B基因只存在于福氏志贺菌中,而stx基因只存在于痢疾志贺菌中。5.耐药基因检测与分型研究表明,51株三代头孢菌素耐药志贺菌中只检测到了TEM（100%）、OXA（81.48%）、CTX-M（90.2%）三种β-内酰胺酶型,其中TEM和OXA型只有一个亚型,分别为TEM-1和OXA-1,CTX-M基因分为三个亚型,分别为CTX-M-3、CTX-M-14和CTX-M-79,其中CTX-M-14亚型检出率最高为78.43%（40/51）;55株氟喹诺酮类耐药菌株中,只检测到gyrA和parC两个基因上的5个基因位点发生突变。其中gyrA基因突变分别为Ser83Leu（100%）、Asp87Asn/Tyr（63.46%）、His211Tyr（50.91%）;parC基因突变分别为Ser80Ile（50.91%）、Ser83Leu（56.36%）;3种质粒介导的耐药基因检出率分别为aac（6′）-Ib-cr（100%）、qnr（25.45%）、qepA（3.64%）。6.痢疾志贺菌Sd170912株基因组包括1染色体和3个质粒序列。基因组共包含4796个基因,其中毒力相关基因有467个,耐药相关基因有96个。基因组组分分析发现,在23个基因岛中有6个耐药基因岛和13个毒力基因岛;8个前噬菌体序列中,3个携带耐药基因,7个携带毒力基因。
王伟[8]（2017）在《贵州省仔猪细菌性腹泻流行病学调查及病原相关基因研究》文中研究说明近年来,由于仔猪腹泻而导致仔猪死亡率剧增,给我国养猪业造成了巨大的经济损失。仔猪腹泻是由多种因素导致的,包括传染性病原感染以及非传染性因素等,且发病率高、死亡率高。引起仔猪腹泻的传染性因素包括细菌、病毒以及其他病原的感染等,前期研究调查表明,由细菌引起的仔猪腹泻在仔猪感染性腹泻中占有较大比重,且近几年,贵州省部分地区规模化养猪场仔猪出现了不同程度的腹泻,发病率及死亡率均有升高。因此,本研究主要开展了贵州省仔猪感染性腹泻流行病学调查、建立分子生物学方法对主要致病菌进行分离鉴定、主要致病菌血清型与毒力基因、耐药表型与耐药基因型等研究与分析,以期为贵州省仔猪细菌性腹泻的科学诊断和综合防控提供重要依据。1.贵州省仔猪感染性腹泻流行病学调查:采用常规流行病学调查方法从病原种类、感染类型、发病季节及地域分布等方面对2011～2015年贵州省9个地（州、市）41个规模化养猪场271例仔猪感染性腹泻病例进行流行情况调查分析,结果表明:①2011～2015年间引起贵州省仔猪腹泻的感染性因素中细菌性感染占48.3%（131/271）,病毒性感染占31.0%（84/271）,混合感染占20.7%（56/271）;②仔猪感染性腹泻主要病原中,分离鉴定的主要细菌性病原菌有大肠埃希氏菌、沙门氏菌、链球菌等,占85.2%（231/271）;检测到的主要病毒性病原有猪流行性腹泻病毒、猪瘟病毒、猪传染性胃肠炎病毒等,占57.9%（157/271）;③仔猪感染性腹泻主要疫病中,细菌性腹泻多发生在春季和夏季,占30.6%（83/271）,病毒性腹泻多发生在冬季和春季,占34.7%（94/271）,且我省仔猪感染性腹泻的主要疫病的地域分布贵阳地区高于其他地区,占19.0%（48/271）。2.仔猪腹泻主要病原菌三重PCR检测方法的建立:本研究根据Genbank提供的大肠埃希氏菌、沙门氏菌和志贺氏菌通用鉴定基因参考序列,设计3对特异性引物,以3种细菌阳性菌株基因组DNA为模板,建立了大肠埃希氏菌、沙门氏菌和志贺氏菌三重PCR检测方法,并对其进行了反应条件的优化。结果显示,所建立的三重PCR反应体系最佳退火温度均为58℃,最适引物浓度分别为0.16μM、0.16μM和0.16μM;大肠埃希氏菌、沙门氏菌和志贺氏菌最低DNA模板检出量分别为0.3pg/μL、0.22pg/μL、1.24pg/μL,所建立的检测方法特异性、敏感性良好。3.仔猪腹泻主要致病菌的分离鉴定:采集贵州省5个地（州、市）13个规模化养猪场共128份腹泻发病仔猪肠道内容物,通过传统病原学分离鉴定、分子生物学检测以及动物致病性试验等方法进行了主要致病菌的分离鉴定。结果显示:①从腹泻仔猪肠道内容物中共分离鉴定到致病性大肠埃希氏菌78株,分离率60.9%（78/128）,与分子生物学鉴定方法相比,大肠埃希氏菌鉴定符合率为85.2%（109/128）;②从腹泻仔猪肠道内容物中共分离鉴定到致病沙门氏菌21株,分离率16.4%%（21/128）,与分子生物学鉴定方法相比,沙门氏菌鉴定符合率72.4%（21/29）;③分离鉴定到葡萄球菌32株,分离率25.0%（32/128）,链球菌19株,分离率14.8%（14/128）,志贺氏菌4株,分离率3.1%（4/128）、以及其他病原菌如沙雷氏菌、克雷伯氏菌、弯曲杆菌、枸橼酸杆菌、芽抱杆菌、耶尔森菌共31株,分离率 33.6%（53/128）。4.仔猪腹泻主要致病菌血清型与毒力基因型研究:采用血清学方法及分子生物学方法对分离鉴定的致病性大肠埃希氏菌与沙门氏菌进行血清型及毒力基因型的鉴定与析,结果表明:①分离鉴定的78株致病性大肠埃希氏菌,除27株未定型,共测定了 51株致病大肠埃希氏菌血清型,定型株共覆盖8个血清型,以0138、087为主,共31株,占定型菌株的60.8%（31/51）;共62株检出毒力基因,检出率79.5%（62/78）,其中毒力基因 eaeA、escV、elt 检出率最高,分别为 38.4%（30/78）、21.8%（17/78）、28.2%（22/78）可分为9种毒力基因类型,以elt、eaeA、eaeA+escV3种为主要毒力基因类型,根据毒力基因类型可将致病大肠埃希氏菌分为3种类型肠致病型大肠埃希氏菌（EPEC）、产肠毒素型大肠埃希氏菌（ETEC）、肠集聚型大肠埃希氏菌（EAEC）;②分离鉴定的21株致病性沙门氏菌,除4株未定型外,共测定了 17株沙门氏菌血清型,其中鼠伤寒沙门氏菌、肠炎沙门氏菌居多,分离率为42.9%（9/21）;共18株沙门氏菌检出毒力基因,检出率为85.7%（18/21）,其中毒力基因 hilA、siiE、sopB 检出率居高,分别为 42.9%（9/21）、76.2%（16/21）、76.2%（16/21）,可分为7种毒力基因型,其中以同时携带siiE/sopB、siiE/sopB/hilA为主要毒力基因型。5.仔猪细菌性腹泻主要致病菌耐药性研究:采用药敏纸片法对分离鉴定的78株致病性大肠埃希氏菌和21株沙门氏菌进行12种抗菌药物的耐药表型测定,并利用PCR扩增技术检测各菌株14种耐药相关基因,分析细菌耐药表型和耐药基因型相关性。结果显示:①分离鉴定的78株致病大肠埃希氏菌对青霉素、氨苄西林、庆大霉素高度耐药,耐药率分别达到94.9%（74/78）)、92.3%（72/73）、89.7%（70/78）,且分离株均多重耐药;14种耐药基因共检出12种,耐药基因aaC2、aphA、TEM和SHV检出率最,分别为82.1%（64/78）、71.8%（56/78）、44.9%（35/78）、47.1%（37/78）;致病大肠埃希氏菌对β酰胺类、氨基糖苷类、磺胺类、喹诺酮类药物耐药表型与耐药基因型的符合率分别为66.2%（49/74）、82.9%（58/70）、72.9%（35/48）和 75.9%（41/54）;②分离鉴定的 21 株沙门氏菌对丁胺卡那、卡那霉素和磺胺甲恶唑高度耐药,耐药率分别为61.9%（12/21）、57.1%（10/21）和47.6%（9/21）,且分离株均多重耐药;14种耐药基因共检出10种,耐药基因 aaC2、aaC4、sul1 和 SHV 检出率最高,分别为 66.7%（14/21）、66.7%（14/21）、52.4%（11/21）和42.9%（9/21）;沙门氏菌对β酰胺类、氨基糖苷类、磺胺类和喹诺酮类药物耐药表型与耐药基因型的符合率分别为100%（9/9）、62.8%（5/8）、81.8%（9/11）和73.3%（11/15）。结论:1.明确了引起我省仔猪感染性腹泻的主要类型为细菌性感染,与其他感染类型相比所占比例较高;仔猪细菌性腹泻多发生春季和夏季;我省仔猪感染性腹泻主要疫病地域分布存在着显着差异。2.本研究成功建立了大肠埃希氏菌、沙门氏菌和志贺氏菌三重PCR检测方法,且该方法敏感性高、特异性好,能用于临床诊断。3.明确了致病性大肠埃希氏菌与沙门氏菌为引起我省仔猪细菌性腹泻的主要致病菌,并通过分子生物学方法和传统方法可准确鉴定两种主要致病菌,鉴定符合率较高。4.研究表明贵州省仔猪细菌性腹泻主要致病菌血清型和毒力基因型种类多样,其中致病性大肠埃希氏菌中EPEC、ETEC是导致我省仔猪腹泻的最重要的大肠埃希氏菌病原,且血清型以0138、087居多;引起我省仔猪腹泻沙门氏菌中毒力基因以siiE、sopB检出最多,血清型以鼠伤寒沙门氏菌、肠炎沙门氏菌为主要血清型。5.贵州省仔猪腹泻主要致病菌存在广泛耐药,多重耐药种类达8种以上;检出的耐药基因种类众多,且耐药表型和耐药基因型符合率高度统一。
孙阳[9]（2017）在《鲍氏志贺菌临床株的毒力基因检测和分子分型》文中研究说明目的:研究2015年夏季门诊收集到的9株鲍氏志贺菌,对其菌株采用生化鉴定、药敏鉴定、PCR扩增毒力基因和PFGE技术了解鲍氏志贺菌临床分离株毒力基因分布、耐药性、分子分型及菌株间流行病学相关性。方法:1、从2015年夏季天津某综合三甲医院腹泻病门诊就诊患者粪便中分离培养志贺菌,经常规生化鉴定和血清学分型证实。2、药物敏感性分析:采用K-B纸片扩散法进行抗生素药物敏感实验,共包含13种药物:氨苄西林（AMP）、头孢他啶（CTZ）、链霉素（STR）、庆大霉素（GM）、复方新诺明（SMZco）、头孢噻肟（CTX）、头孢曲松（CTR）、四环素（TE）、诺氟沙星（NOR）、左氧氟沙星（LVP）、阿米卡星（AMK）、头孢哌酮-舒巴坦（CSL）和亚胺培南（IMP）。3、毒力基因检测:采用聚合酶链反应PCR技术扩增染色体以及质粒上携带的的毒力基因:ipa H,ial,,set1A,set1B,sen,vir A,ics A,sat,pic,sep A,Sig A.4、采用多位点序列分型（multilocus sequence typing,MLST）技术和脉冲场凝胶电泳（Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE）技术分析9株鲍氏志贺菌之间的亲缘关系。结果:1、血清分型及生化鉴定结果9株鲍氏志贺菌分为3个亚型:Ⅰ型1株（C2）,Ⅱ型3株（C10、C12、C13）,Ⅳ型5株（C4、C8、C14、C15、C16）。2、药敏试验结果:9株鲍氏志贺菌均为多重耐药菌。其中,AMP的耐药率为9/9,TE、NOR、LVP的耐药率为6/9,CTX、CTR的耐药率为5/9,STR、GM、SMZco的耐药率为4/9,CTZ的耐药率1/9,9株鲍氏志贺菌全部对AMK、CSL和IMP敏感。3、毒力基因检测结果9株鲍氏志贺菌中,ipaH的检出率为9/9,pic的检出率为4/9（C8、C14、C15、C16）,sep A的检出率为5/9（C8、C12、C14、C15、C16）,sat的检出率为7/9（C4、C10、C12、C13、C14、C15、C16）,sen、set1A、set1B、ial、vir A、ics A、Sig A的检出率均为0。其中3株菌同时携带pic、sat、sep A,1株菌同时携带pic和sep A,1株菌同时携带sat和sep A。4、PFGE和多位点序列分析结果:9株鲍氏志贺菌共分为8个带型,相似性在63.21%96.72%。以相似度>90%判断为同一克隆群:C10和C13属于同一型,相似率为100%,其余菌株各为一型。MLST库分析显示,两株（C10和C13）属于ST131:adk（53）、fum C（40）、gyr B（47）、icd（13）、mdh（36）、pur A（28）、rec A（29）;6株（C4、C8、C12、C14、C15、C16）属于ST648:adk（92）、fum C（4）、gyr B（87）、icd（96）、mdh（70）、pur A（58）、rec A（2）;1株（C2）为ST10:adk（10）、fum C（11）、gyr B（4）、icd（8）、mdh（8）、pur A（8）、rec A（2）结论:1.本次分离的鲍氏志贺菌生化反应结果和大肠杆菌十分相似。2.本次分离的鲍氏志贺菌均为多重耐药菌,耐药情况严重。3.本次分离的鲍氏志贺菌均可检测到侵入性质粒相关抗原ipa H,与其他志贺菌血清型比较结果一致。4.通过PFGE和MLST分析发现,本次分离的鲍氏志贺菌流行病学相关性低,结合病人的就诊时间、临床症状,判断感染可能属散发。虽然其分离数量有所上升,但是我们缺乏一定的流行病学资料,对于分离率上升的原因还需进一步探究
孙阳,张豪杰,郭文学,王哲,贾宇驰,祁伟[10]（2016）在《鲍氏志贺菌临床分离株的毒力基因检测及分子分型》文中指出目的了解鲍氏志贺菌临床分离株毒力基因分布、耐药性、分子分型及菌株间流行病学相关性。方法从我院2015年6月—10月间门诊就诊腹泻病患者的粪便中分离收集9株鲍氏志贺菌。采用K-B纸片扩散法行抗生素药敏试验,聚合酶链反应技术检测毒力基因,脉冲场凝胶电泳技术及多位点序列分型确定分子分型,分析菌株间流行病学相关性。结果 9株鲍氏志贺菌共分为3个血清亚型:Ⅰ型1株,Ⅱ型3株,Ⅳ型5株。9株菌均为多重耐药菌:对氨苄西林耐药率为9/9,对头孢他啶、链霉素、庆大霉素、复方新诺明、头孢噻肟、头孢曲松、四环素、诺氟沙星和左氧氟沙星的耐药率分别为1/9、4/9、4/9、4/9、5/9、5/9、6/9、6/9、6/9,未发现阿米卡星、头孢哌酮-舒巴坦和亚胺培南耐药株;ipa H的检出率为100%,sen、set1A、set1B、ial、vir A、ics A、sig A的检出率均为0,pic、sep A、sat的检出率分别为4/9、5/9、7/9;9株鲍氏志贺菌通过脉冲场凝胶电泳共分为8种谱型,相似性在63.21%100%。多位点序列分析结果显示6株为ST648,2株为ST131、1株为ST10。结论本院分离的9株鲍氏志贺菌共分3个血清亚型,多重耐药情况严重,菌株间亲缘关系相对较远,属非暴发病例。
二、一株具有志贺菌属相关抗原的大肠埃希菌（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、一株具有志贺菌属相关抗原的大肠埃希菌（论文提纲范文）
（1）细菌用于靶向治疗肿瘤的研究进展（论文提纲范文）
| 1 细菌在靶向治疗肿瘤中的应用 |
| 2 表达靶向抗肿瘤药物的细菌在靶向治疗肿瘤中的应用 |
| 2.1 提高安全性 |
| 2.2 增强肿瘤靶向性 |
| 3 细菌在肿瘤治疗中的免疫作用 |
| 4 细菌毒素在肿瘤治疗中的作用 |
| 5 基因工程Ec N靶向治疗肿瘤的研究 |
| 5.1 Ec N的属性 |
| 5.2 Ec N靶向抗肿瘤的作用机制 |
| 5.1.1 Ec N特定遗传背景的靶向抗肿瘤作用机制 |
| 5.2.2 利用基因工程手段增强Ec N的靶向抗肿瘤作用机制 |
| 5.3 Ec N在肿瘤靶向治疗中的应用 |
| 6 细菌疗法与传统肿瘤治疗方法相结合 |
| 6.1 细菌疗法与化疗联合治疗肿瘤 |
| 6.2 细菌疗法与放疗联合治疗肿瘤 |
| 6.3 细菌疗法与免疫疗法联合治疗肿瘤 |
| 7 展望 |
（2）三种跳虫肠道菌群的多样性分析及其功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 前言 |
| 1.1 跳虫的分类地位与生物学特征 |
| 1.2 跳虫肠道菌群研究现状 |
| 1.3 肠道菌群功能研究简述 |
| 1.3.1 肠道菌群对多糖类物质的降解 |
| 1.3.2 肠道菌群中毒力基因的检测 |
| 1.3.3 肠道菌群中的抗生素耐药性 |
| 1.4 肠道菌群的主要研究方法 |
| 1.4.1 分离培养与鉴定 |
| 1.4.2 16SrDNA扩增子测序 |
| 1.4.3 多位点序列分型 |
| 1.5 本课题研究目的与意义 |
| 1.6 本课题主要研究内容 |
| 1.7 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 主要仪器及试剂 |
| 2.2.1 主要仪器 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 跳虫的实验室饲养与鉴定 |
| 2.3.2 跳虫的解剖与肠道内容物的收集 |
| 2.3.3 跳虫肠道菌群的16SrDNA扩增子测序 |
| 2.3.4 可培养跳虫肠道菌的分离与纯化培养 |
| 2.3.5 降解多糖细菌的筛选与产酶能力评估 |
| 2.3.6 气单胞菌的分子特征与药敏性检测 |
| 3 结果 |
| 3.1 三种跳虫肠道菌群的测序分析 |
| 3.1.1 测序数据质量及OTUs分布 |
| 3.1.2 三种跳虫肠道菌群α和β多样性分析 |
| 3.1.3 三种跳虫肠道菌群的结构特点 |
| 3.1.4 三种跳虫肠道菌群基因的功能预测 |
| 3.2 可培养跳虫肠道菌中筛选的降解多糖细菌 |
| 3.2.1 筛选的产淀粉酶菌株及其产酶能力 |
| 3.2.2 筛选的产纤维素酶菌株及其产酶能力 |
| 3.2.3 筛选的产果胶酶菌株及其产酶能力 |
| 3.3 气单胞菌的分子特征与药敏性 |
| 3.3.1 气单胞菌的筛选与鉴定结果 |
| 3.3.2 气单胞菌的多位点序列分型分析 |
| 3.3.3 气单胞菌的毒力基因扩增结果 |
| 3.3.4 气单胞菌的药敏性检测结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 跳虫肠道菌群结构的相似性与差异性 |
| 4.2 跳虫肠道菌群与代谢及人类疾病的相关性 |
| 4.3 产酶能力较高可降解多糖细菌的应用潜力 |
| 4.4 新型豚鼠气单胞菌的毒力与药敏性 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
（3）基于肠道菌群探讨乳源性复合益生菌诱导结肠GLP-1分泌及M2极化的分子机制研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 乳源性复合益生菌的抗糖尿病药效学研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.3 统计学处理 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二部分 乳源性复合益生菌对DB/DB鼠肠道菌群影响 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.3 统计学处理 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三部分 乳源性复合益生菌的抗糖尿病分子机制研究 |
| (一)乳源性复合益生菌诱导结肠GLP-1分泌的分子机制研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.3 统计学处理 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| (二)乳源性复合益生菌诱导结肠M2极化的分子机制研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.3 统计学处理 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 Ⅱ型糖尿病与肠道菌群的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间获得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 导师评阅表 |
（4）支气管败血波氏杆菌及其噬菌体的分离鉴定与特性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表(Abbreviation) |
| 1 文献综述 |
| 1.1 支气管败血波氏杆菌 |
| 1.1.1 病原学 |
| 1.1.2 支气管败血波氏杆菌的危害及流行特点 |
| 1.1.3 支气管败血波氏杆菌的耐药性 |
| 1.2 噬菌体 |
| 1.2.1 噬菌体的形态及分类 |
| 1.2.2 噬菌体进化 |
| 1.2.3 噬菌体的溶原性转换 |
| 1.2.4 噬菌体转导 |
| 1.2.5 噬菌体改变毒素的产生和分泌 |
| 1.3 支气管败血波氏杆菌噬菌体研究进展 |
| 2 目的与意义 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 实验所用菌株、细胞 |
| 3.1.2 酶和试剂 |
| 3.1.3 主要培养基及试剂配制 |
| 3.1.4 主要实验器材 |
| 3.1.5 实验动物 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 病料的来源 |
| 3.2.2 支气管败血波氏杆菌的分离鉴定 |
| 3.2.3 支气管败血波氏杆菌的药物敏感性分析 |
| 3.2.4 支气管败血波氏杆菌耐药基因的扩增 |
| 3.2.5 支气管败血波氏杆菌噬菌体的分离鉴定 |
| 3.2.6 支气管败血波氏杆菌噬菌体的生物学特性分析 |
| 3.2.7 噬菌体的全基因组测序与分析 |
| 3.2.8 噬菌体整合菌株的筛选 |
| 3.2.9 整合菌株Bb01+与亲本菌株Bb01 生物学特性分析 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 支气管败血波氏杆菌的分离鉴定 |
| 4.2 支气管败血波氏杆菌药物敏感性分析 |
| 4.3 支气管败血波氏杆菌耐药基因的扩增 |
| 4.4 支气管败血波氏杆菌噬菌体的分离鉴定 |
| 4.5 支气管败血波氏杆菌噬菌体的生物学特性分析 |
| 4.5.1 支气管败血波氏杆菌噬菌体的电镜观察 |
| 4.5.2 支气管败血波氏杆菌噬菌体的裂解谱测定 |
| 4.6 噬菌体的全基因组测序与分析 |
| 4.7 噬菌体整合菌株的筛选 |
| 4.8 整合菌株Bb01+与亲本菌株Bb01 生物学特性分析 |
| 4.8.1 生长特性 |
| 4.8.2 药物敏感性试验 |
| 4.8.3 血清敏感性试验 |
| 4.8.4 细胞吞噬试验 |
| 4.8.5 细胞黏附与侵入试验 |
| 4.8.6 小鼠MLD的测定 |
| 5 讨论 |
| 5.1 支气管败血波氏杆菌的分离鉴定 |
| 5.2 支气管败血波氏杆菌的耐药性分析 |
| 5.3 支气管败血波氏杆菌噬菌体的生物学分析 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 附录1 |
| 附录2 |
| 致谢 |
（5）家族性腺瘤性息肉病基因型与表型的研究及家族性腺瘤性息肉病肠道菌群的研究（论文提纲范文）
| 主要英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一部分 家族性腺瘤性息肉病基因型与表型的研究 |
| 研究背景 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 附图 |
| 附表 |
| 附件 |
| 参考文献 |
| 第二部分 家族性腺瘤性息肉病患者肠道菌群的研究 |
| 研究背景 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 附图 |
| 附表 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表文章的情况 |
| 致谢 |
（6）肠出血性大肠埃希菌O157:H7噬菌体分离鉴定及初步应用研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 中英文缩写对照词表 |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 食源性疾病与食品安全 |
| 1.1.1 食源性疾病与致病菌 |
| 1.1.2 大肠埃希菌O157的研究进展 |
| 1.1.3 传统食品杀菌方法 |
| 1.2 噬菌体在食品安全中的应用 |
| 1.2.1 噬菌体简介 |
| 1.2.2 噬菌体作用机制 |
| 1.2.3 噬菌体在食品上的应用 |
| 1.2.4 噬菌体应用的优缺点 |
| 1.3 展望 |
| 第2章 大肠埃希菌O157噬菌体的生物学特性分析 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 菌株与污水样品 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要试剂的制备 |
| 2.1.4 主要仪器 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 细菌的复苏 |
| 2.2.2 出血性大肠埃希菌O157:H7的鉴定 |
| 2.2.3 污水的采集及处理 |
| 2.2.4 裂解性噬菌体的初步筛选 |
| 2.2.5 噬菌体的纯化及其滴度测定 |
| 2.2.6 噬菌体宿主范围的测定 |
| 2.2.7 噬菌体最佳感染复数(MOI)的测定 |
| 2.2.8 噬菌体一步生长曲线及爆发量的测定 |
| 2.2.9 噬菌体稳定性的测定 |
| 2.2.10 噬菌体形态观察 |
| 2.2.11 噬菌体基因组的提取与鉴定 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 出血性大肠埃希菌O157:H7的鉴定 |
| 2.3.2 噬菌体的分离及其滴度测定 |
| 2.3.3 噬菌体宿主范围的测定 |
| 2.3.4 噬菌体最佳感染复数(MOI)的测定 |
| 2.3.5 噬菌体一步生长曲线及爆发量的测定 |
| 2.3.6 噬菌体稳定性的测定 |
| 2.3.7 噬菌体形态观察 |
| 2.3.8 噬菌体酶切电泳 |
| 2.4 讨论 |
| 第3章 大肠埃希菌O157噬菌体基因组分析 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 噬菌体全基因组测序 |
| 3.2.2 噬菌体FEC14基因组组分分析 |
| 3.2.3 噬菌体FEC14基因预测与功能注释 |
| 3.2.4 噬菌体FEC14进化分析 |
| 3.2.5 噬菌体FEC14比较基因组分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 噬菌体基因组组分分析 |
| 3.3.2 噬菌体FEC14基因预测与功能注释 |
| 3.3.3 噬菌体FEC14进化分析 |
| 3.3.4 噬菌体FEC14比较基因组分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第4章 大肠埃希O157噬菌体在污染牛肉中的杀菌应用 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 菌株及噬菌体 |
| 4.1.2 试剂 |
| 4.1.3 主要仪器 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 细菌污染牛肉模型的制备 |
| 4.2.2 不同温度单一噬菌体对染菌牛肉杀菌效果评价 |
| 4.2.3 不同温度鸡尾酒噬菌体对染菌牛肉杀菌效果评价 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 不同温度单一噬菌体对染菌牛肉杀菌效果评价 |
| 4.3.2 不同温度鸡尾酒噬菌体对染菌牛肉杀菌效果评价 |
| 4.4 讨论 |
| 第5章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 |
| 致谢 |
（7）牛肠道菌群携带耐药基因分析与志贺菌分离、分型及耐药性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩略表 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 抗生素耐药性 |
| 1.1.1 抗生素耐药性的起源与发展 |
| 1.1.2 环境微生物中的耐药性及危害 |
| 1.1.3 人类活动对抗生素耐药性的影响 |
| 1.1.4 抗生素对环境微生物的影响 |
| 1.1.5 小结与展望 |
| 1.2 测序技术的发展 |
| 1.2.1 一代测序技术 |
| 1.2.2 二代测序技术 |
| 1.2.3 三代测序技术 |
| 1.3 志贺菌研究 |
| 1.3.1 志贺菌生物学特征 |
| 1.3.2 生化特征 |
| 1.3.3 血清型特征 |
| 1.3.4 基因组特征 |
| 1.3.5 动物源志贺菌研究 |
| 1.4 研究目的于意义 |
| 第二章 牛肠道菌群耐药基因的宏基因组学研究 |
| 2.1 样品及试剂、仪器 |
| 2.1.1 样品采集 |
| 2.1.2 主要试剂与仪器 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 粪便样品基因组总DNA提取 |
| 2.2.2 DNA样品检测 |
| 2.2.3 DNA文库构建 |
| 2.2.4 测序 |
| 2.2.5 信息分析流程 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 基因组提取结果 |
| 2.3.2 测序数据 |
| 2.3.3 序列组装 |
| 2.3.4 基因预测 |
| 2.3.5 物种注释 |
| 2.3.6 耐药基因注释及分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 牛源志贺菌分离与鉴定 |
| 3.1 材料及仪器 |
| 3.1.1 病料来源 |
| 3.1.2 培养基及试剂 |
| 3.1.3 主要仪器 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 样品采集及预处理 |
| 3.2.2 细菌分离及初步鉴定 |
| 3.2.3 16SrDNA鉴定 |
| 3.2.4 生化鉴定 |
| 3.2.5 血清型鉴定 |
| 3.2.6 其他病原菌鉴定 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 细菌分离鉴定结果 |
| 3.3.2 志贺菌生化鉴定 |
| 3.3.3 志贺菌血清型鉴定 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 牛源志贺菌分子分型 |
| 4.1 材料与仪器 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 仪器 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 PFGE |
| 4.2.2 MLST |
| 4.2.3 MLVA |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 福氏志贺菌分型结果 |
| 4.3.2 宋内志贺菌分型结果 |
| 4.3.3 痢疾志贺菌分型结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 志贺菌分离株毒力及耐药性分析 |
| 5.1 材料及仪器 |
| 5.1.1 试验菌株 |
| 5.1.2 试验动物 |
| 5.1.3 主要试剂 |
| 5.1.4 药敏纸片 |
| 5.2 试验方法 |
| 5.2.1 动物致病性试验 |
| 5.2.2 毒力基因检测 |
| 5.2.3 药敏试验 |
| 5.2.4 耐药基因检测 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 动物致病性试验结果 |
| 5.3.2 毒力基因检测结果 |
| 5.3.3 药敏试验结果 |
| 5.3.4 耐药基因检测 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 痢疾志贺菌SD170912基因组分析 |
| 6.1 样品及仪器 |
| 6.2 试验方法 |
| 6.2.1 细菌DNA提取 |
| 6.2.2 文库构建及测序 |
| 6.2.3 生物信息分析 |
| 6.3 测序结果及分析 |
| 6.3.1 数据概况 |
| 6.3.2 基因组概况 |
| 6.3.3 基因组组分分析 |
| 6.3.4 基因功能分析 |
| 6.3.5 毒力和致病性分析 |
| 6.3.6 耐药基因分析 |
| 6.4 讨论 |
| 6.5 小结 |
| 第七章 全文结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（8）贵州省仔猪细菌性腹泻流行病学调查及病原相关基因研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略表 |
| 文献综述 |
| 第一章 贵州省仔猪感染性腹泻流行病学调查 |
| 1 材料 |
| 1.1 材料 |
| 2 方法 |
| 2.1 仔猪腹泻主要感染类型调查 |
| 2.2 仔猪腹泻主要病原种类调查 |
| 2.3 仔猪腹泻主要疫病季节分布调查 |
| 2.4 仔猪腹泻主要疫病地域分布调查 |
| 3 结果 |
| 3.1 仔猪腹泻主要感染类型调查结果 |
| 3.2 仔猪腹泻主要病原种类调查结果 |
| 3.3 仔猪腹泻主要疫病季节分布调查结果 |
| 3.4 仔猪腹泻主要疫病地域分布调查结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 关于仔猪腹泻病原种类与感染类型 |
| 4.2 关于仔猪腹泻主要疫病地域分布与发病季节 |
| 第二章 仔猪细菌性腹泻主要病原菌三重PCR检测方法的建立 |
| 1 材料 |
| 1.1 试验菌株 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 细菌培养 |
| 2.2 引物设计与合成 |
| 2.3 细菌基因组DNA提取 |
| 2.4 细菌 DNA 浓度测定 |
| 2.5 大肠埃希氏菌、沙门氏菌和志贺氏菌单重 PCR 检测方法的建立及条件优化 |
| 2.6 单重 PCR 产物的回收鉴定 |
| 3 结果 |
| 3.1 主要病原菌单重PCR检测方法的建立与优化结果 |
| 3.2 主要病原菌三重PCR检测方法的建立与优化结果 |
| 3.3 主要病原菌三重PCR检测方法的验证结果 |
| 3.5 3 种主要病原菌三重 PCR 检测方法验证结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 关于仔猪细菌性腹泻主要病原菌多重 PCR 检测方法 |
| 4.2 关于仔猪细菌性腹泻主要病原菌多重 PCR 技术关键因素 |
| 第三章 仔猪细菌性腹泻主要致病菌分离鉴定 |
| 1 材料 |
| 1.1 病料采集 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 实验动物 |
| 1.4 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 仔猪细菌性腹泻主要病原菌分离培养 |
| 2.2 仔猪细菌性腹泻主要病原菌传统方法鉴定 |
| 2.3 仔猪细菌性腹泻主要病原菌分子生物学方法鉴定 |
| 2.4 仔猪细菌性腹泻主要病原菌动物致病性试验 |
| 3 结果 |
| 3.1 仔猪细菌性腹泻主要病原菌传统方法分离鉴定结果 |
| 3.2 仔猪细菌性腹泻主要病原菌分子生物学方法鉴定结果 |
| 3.3 仔猪细菌性腹泻主要病原菌致病性试验结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 关于仔猪腹泻致病菌 |
| 4.2 关于传统方法与现代分子生物学方法鉴定病原菌 |
| 第四章 仔猪细菌性腹泻主要致病菌血清型及毒力基因鉴定与分析 |
| 1 材料 |
| 1.1 主要菌株 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.4 实验仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 引物设计与合成 |
| 2.2 细菌基因组DNA提取 |
| 2.3 致病性大肠埃希氏菌血清型与毒力基因型鉴定 |
| 2.4 致病性沙门氏菌血清型与毒力基因型鉴定 |
| 3 结果 |
| 3.1 致病性大肠埃希氏菌血清型与毒力基因鉴定结果 |
| 3.2 致病性沙门氏菌血清型与毒力基因型定结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 关于引起仔猪腹泻的致病性大肠埃希氏菌血清型与毒力基因 |
| 4.2 关于引起仔猪腹泻的致病性沙门氏菌血清型与毒力基因 |
| 第五章 仔猪细菌性腹泻主要致病菌耐药表型与耐药基因型研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 实验菌株 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 药敏纸片 |
| 1.4 实验仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 主要致病菌药物敏感性实验 |
| 2.2 主要致病菌相关耐药基因检测 |
| 3 结果 |
| 3.1 主要致病菌药物敏感性实验结果 |
| 3.2 主要致病菌耐药基因型检测结果 |
| 3.3 主要致病菌耐药表型与耐药基因型相关性分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 关于细菌耐药表型 |
| 4.2 关于细菌耐药基因 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录一 攻读研究生期间参与发表文章 |
| 附录二 各种培养基、溶液及试剂的配制 |
| 致谢 |
（9）鲍氏志贺菌临床株的毒力基因检测和分子分型（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略语/符号说明 |
| 前言 |
| 研究现状、成果 |
| 研究目的、方法 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 发表论文和参加科研情况说明 |
| 综述 志贺菌的III型分泌系统 |
| 综述参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（10）鲍氏志贺菌临床分离株的毒力基因检测及分子分型（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1材料 |
| 1.1.1菌株及来源 |
| 1.1.2主要仪器与试剂 |
| 1.2方法 |
| 1.2.1血清分型及生化鉴定 |
| 1.2.2抗生素敏感(药敏)试验 |
| 1.2.3毒力基因检测 |
| 1.2.4 PFGE及MLST分型 |
| 2 结果 |
| 2.1 血清分型及生化鉴定结果 |
| 2.2 药敏试验结果 |
| 2.3 毒力基因检测结果 |
| 2.4 PFGE和MLST分析结果 |
| 3 讨论 |
四、一株具有志贺菌属相关抗原的大肠埃希菌（论文参考文献）
- [1]细菌用于靶向治疗肿瘤的研究进展[J]. 崔超,涂强,张友明. 中国抗生素杂志, 2021(05)
- [2]三种跳虫肠道菌群的多样性分析及其功能研究[D]. 陈伟. 东北农业大学, 2020(04)
- [3]基于肠道菌群探讨乳源性复合益生菌诱导结肠GLP-1分泌及M2极化的分子机制研究[D]. 王艳明. 新疆医科大学, 2020(03)
- [4]支气管败血波氏杆菌及其噬菌体的分离鉴定与特性研究[D]. 杨斓. 华中农业大学, 2019
- [5]家族性腺瘤性息肉病基因型与表型的研究及家族性腺瘤性息肉病肠道菌群的研究[D]. 李娜. 中国人民解放军医学院, 2019(02)
- [6]肠出血性大肠埃希菌O157:H7噬菌体分离鉴定及初步应用研究[D]. 范聪聪. 吉林大学, 2019(11)
- [7]牛肠道菌群携带耐药基因分析与志贺菌分离、分型及耐药性研究[D]. 朱阵. 中国农业科学院, 2018(01)
- [8]贵州省仔猪细菌性腹泻流行病学调查及病原相关基因研究[D]. 王伟. 贵州大学, 2017(05)
- [9]鲍氏志贺菌临床株的毒力基因检测和分子分型[D]. 孙阳. 天津医科大学, 2017(03)
- [10]鲍氏志贺菌临床分离株的毒力基因检测及分子分型[J]. 孙阳,张豪杰,郭文学,王哲,贾宇驰,祁伟. 天津医药, 2016(10)